## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606188.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606188.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606188.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:02:44 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 208 112 105 22 3080487 275.78649 270.835274 25015007 FR 57 105 145 179 211 255 1061 2507 5681 10743 37213 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 4 23 2 24 8 25 6 26 15 27 17 28 18 29 28 30 46 31 248 32 207 33 192 34 220 35 184 36 229 37 212 38 229 39 263 40 260 41 270 42 281 43 262 44 303 45 300 46 325 47 330 48 326 49 369 50 398 51 452 52 567 53 635 54 657 55 889 56 1012 57 1266 58 1497 59 1837 60 2266 61 2813 62 3613 63 4245 64 5235 65 6266 66 7430 67 8807 68 10585 69 12629 70 14779 71 17422 72 20391 73 22924 74 25783 75 29295 76 32841 77 36275 78 40288 79 44437 80 49197 81 53893 82 58479 83 63760 84 67862 85 72319 86 77169 87 81299 88 86737 89 90551 90 95628 91 100004 92 104354 93 109423 94 113075 95 116262 96 119804 97 121982 98 125295 99 127998 100 131227 101 133021 102 135605 103 138310 104 139194 105 140247 106 141729 107 142336 108 143063 109 143480 110 143190 111 143636 112 145099 113 145043 114 143664 115 144002 116 142997 117 142399 118 142321 119 140961 120 139883 121 138717 122 137820 123 136401 124 136171 125 135094 126 133443 127 131475 128 130657 129 129163 130 127509 131 126216 132 124846 133 123633 134 121224 135 120400 136 119071 137 117803 138 114962 139 114290 140 112102 141 110100 142 109370 143 107108 144 106150 145 104336 146 102969 147 101694 148 99791 149 98644 150 97193 151 95259 152 94313 153 92707 154 91429 155 89773 156 88391 157 86909 158 85906 159 84832 160 83690 161 82151 162 81424 163 79835 164 78492 165 77551 166 76423 167 75007 168 73682 169 73686 170 71738 171 70777 172 70325 173 68885 174 67829 175 66859 176 65977 177 65788 178 64292 179 63930 180 62939 181 61939 182 61145 183 60376 184 59997 185 59072 186 58316 187 57169 188 56927 189 55860 190 55489 191 54902 192 54451 193 53316 194 53005 195 52377 196 51298 197 50807 198 50039 199 49573 200 49276 201 48366 202 47697 203 47217 204 46676 205 46315 206 45450 207 45261 208 44371 209 43830 210 43245 211 43459 212 42284 213 42150 214 41570 215 41218 216 40024 217 39684 218 39624 219 38835 220 38392 221 37987 222 37781 223 36824 224 36925 225 36380 226 36143 227 35450 228 35105 229 34676 230 34156 231 33855 232 33494 233 32993 234 32413 235 32515 236 31967 237 31564 238 31268 239 30596 240 30102 241 30122 242 29795 243 29049 244 29008 245 27966 246 28032 247 28064 248 27262 249 27082 250 26575 251 26252 252 26069 253 26048 254 25634 255 24983 256 25055 257 24797 258 24218 259 24104 260 23615 261 23474 262 22961 263 23086 264 22742 265 22146 266 21971 267 21956 268 21597 269 21304 270 20795 271 20919 272 20539 273 20399 274 20271 275 19827 276 19533 277 19456 278 19126 279 18936 280 18622 281 18486 282 18526 283 18055 284 17897 285 17542 286 17552 287 17148 288 17005 289 16821 290 16763 291 16488 292 16238 293 15976 294 16037 295 15792 296 15583 297 15479 298 15297 299 15170 300 14721 301 14860 302 14462 303 14420 304 14220 305 13808 306 14124 307 13786 308 13522 309 13260 310 13189 311 13225 312 13052 313 12960 314 12731 315 12619 316 12631 317 12302 318 12356 319 12069 320 12012 321 11894 322 11739 323 11650 324 11545 325 11344 326 11202 327 11111 328 11065 329 11024 330 10813 331 10689 332 10707 333 10464 334 10479 335 10375 336 10417 337 10041 338 9832 339 9707 340 10038 341 9632 342 9503 343 9480 344 9616 345 9232 346 9518 347 9288 348 9066 349 9062 350 8912 351 8993 352 8782 353 8689 354 8727 355 8500 356 8565 357 8556 358 8350 359 8307 360 8319 361 8157 362 8183 363 8265 364 7978 365 8030 366 8054 367 7831 368 7762 369 7974 370 7787 371 7667 372 7553 373 7676 374 7566 375 7532 376 7463 377 7390 378 7317 379 7413 380 7463 381 7005 382 7114 383 7166 384 7077 385 6941 386 7013 387 7056 388 6995 389 6818 390 6906 391 6768 392 6926 393 6743 394 6728 395 6676 396 6542 397 6689 398 6476 399 6556 400 6503 401 6434 402 6406 403 6355 404 6319 405 6388 406 6298 407 6272 408 6207 409 6189 410 6262 411 6119 412 6268 413 6171 414 6152 415 6107 416 6158 417 6196 418 6027 419 5961 420 5943 421 6094 422 5925 423 5918 424 6056 425 5917 426 5852 427 5849 428 5885 429 5577 430 5677 431 5866 432 5715 433 5717 434 5597 435 5561 436 5703 437 5528 438 5471 439 5511 440 5469 441 5568 442 5549 443 5406 444 5434 445 5473 446 5484 447 5443 448 5405 449 5440 450 5266 451 5311 452 5128 453 5285 454 5391 455 5242 456 5067 457 5158 458 5184 459 5133 460 5098 461 5151 462 5119 463 5053 464 5271 465 4924 466 5076 467 4904 468 5051 469 5062 470 5041 471 5117 472 5058 473 5031 474 5121 475 4964 476 4929 477 4911 478 4921 479 4998 480 4968 481 4899 482 4955 483 4842 484 4931 485 4822 486 4627 487 4979 488 4748 489 4844 490 4778 491 4846 492 4742 493 4903 494 4646 495 4849 496 4765 497 4607 498 4698 499 4747 500 4663 501 4729 502 4739 503 4695 504 4797 505 4645 506 4556 507 4588 508 4539 509 4694 510 4606 511 4540 512 4533 513 4627 514 4508 515 4608 516 4593 517 4584 518 4512 519 4571 520 4611 521 4604 522 4409 523 4448 524 4462 525 4459 526 4494 527 4431 528 4531 529 4455 530 4565 531 4632 532 4592 533 4385 534 4547 535 4443 536 4470 537 4481 538 4330 539 4384 540 4484 541 4345 542 4367 543 4482 544 4432 545 4577 546 4405 547 4435 548 4423 549 4204 550 4477 551 4426 552 4423 553 4443 554 4375 555 4467 556 4426 557 4339 558 4514 559 4459 560 4393 561 4354 562 4380 563 4406 564 4387 565 4411 566 4243 567 4349 568 4292 569 4165 570 4360 571 4391 572 4328 573 4369 574 4391 575 4364 576 4385 577 4257 578 4352 579 4408 580 4349 581 4441 582 4220 583 4438 584 4296 585 4317 586 4358 587 4351 588 4307 589 4314 590 4272 591 4242 592 4302 593 4300 594 4209 595 4217 596 4271 597 4407 598 4263 599 4282 600 4337 601 4304 602 4276 603 4340 604 4194 605 4300 606 4215 607 4353 608 4266 609 4204 610 4271 611 4352 612 4249 613 4411 614 4277 615 4170 616 4326 617 4274 618 4213 619 4259 620 4256 621 4237 622 4245 623 4298 624 4286 625 4356 626 4249 627 4308 628 4324 629 4352 630 4314 631 4186 632 4259 633 4177 634 4356 635 4354 636 4054 637 4092 638 4213 639 4116 640 4320 641 4180 642 4161 643 4198 644 4151 645 4239 646 4252 647 4219 648 4113 649 4114 650 4081 651 4091 652 4084 653 4084 654 4178 655 4280 656 4270 657 4282 658 4184 659 4227 660 4194 661 4173 662 4148 663 4081 664 4035 665 4114 666 4159 667 4242 668 4166 669 4111 670 4061 671 4079 672 4089 673 4241 674 4109 675 4075 676 4161 677 4061 678 4132 679 4128 680 4091 681 4203 682 4193 683 4166 684 4104 685 4175 686 4178 687 4217 688 4222 689 4204 690 4189 691 4262 692 4139 693 4292 694 4152 695 4179 696 4214 697 4121 698 4236 699 4276 700 4241 701 4187 702 4124 703 4238 704 4189 705 4129 706 4170 707 4110 708 4157 709 4151 710 4093 711 4095 712 4121 713 4079 714 4232 715 4238 716 4089 717 4114 718 4259 719 4183 720 4196 721 4139 722 4194 723 4134 724 4088 725 4041 726 4097 727 4209 728 4202 729 4054 730 4110 731 4134 732 4234 733 4092 734 4144 735 4129 736 4275 737 3962 738 4111 739 4117 740 4084 741 4087 742 4090 743 4133 744 4170 745 4059 746 4179 747 4113 748 4169 749 4004 750 4204 751 4065 752 4043 753 4154 754 4108 755 4069 756 3979 757 4080 758 3977 759 4141 760 4099 761 4067 762 4107 763 4100 764 4080 765 4193 766 4024 767 4077 768 4061 769 4030 770 4013 771 4050 772 3993 773 3989 774 4008 775 4100 776 3868 777 3963 778 4056 779 3995 780 4089 781 3981 782 4117 783 4034 784 4043 785 4030 786 3996 787 4068 788 4044 789 4042 790 4047 791 4074 792 4026 793 4039 794 3984 795 4159 796 3881 797 3913 798 3944 799 4061 800 4024 801 3996 802 4013 803 3938 804 4125 805 4057 806 3907 807 4114 808 3933 809 4194 810 3998 811 4059 812 3987 813 4054 814 4020 815 3993 816 3961 817 3951 818 4163 819 3991 820 4133 821 4051 822 4055 823 4001 824 3926 825 4068 826 3947 827 3919 828 4172 829 4092 830 4004 831 4087 832 4022 833 3990 834 4128 835 4087 836 4116 837 4199 838 4071 839 4121 840 4133 841 4060 842 4086 843 4143 844 3968 845 4053 846 4084 847 4130 848 4135 849 3989 850 4045 851 4165 852 4075 853 3986 854 4147 855 4226 856 4097 857 4148 858 4161 859 4188 860 4096 861 4009 862 4158 863 4024 864 4115 865 4023 866 4060 867 4030 868 4076 869 4221 870 4021 871 3947 872 4097 873 3934 874 4076 875 3950 876 3992 877 4120 878 3958 879 4115 880 3993 881 4009 882 3970 883 4020 884 4083 885 4031 886 4061 887 3936 888 3926 889 3988 890 3982 891 3899 892 3819 893 3934 894 3913 895 3841 896 4022 897 3955 898 3876 899 3938 900 3854 901 3856 902 3995 903 3876 904 3917 905 3936 906 3955 907 3875 908 3997 909 3890 910 3971 911 3803 912 3942 913 3949 914 3821 915 4013 916 3832 917 3701 918 3766 919 3780 920 3888 921 3831 922 3833 923 3879 924 3737 925 3809 926 3884 927 3793 928 3853 929 3861 930 3766 931 3868 932 3682 933 3823 934 3857 935 3882 936 3888 937 3808 938 3859 939 3845 940 3712 941 3751 942 3737 943 3694 944 3767 945 3798 946 3803 947 3737 948 3707 949 3745 950 3608 951 3731 952 3787 953 3755 954 3662 955 3731 956 3685 957 3717 958 3781 959 3648 960 3698 961 3691 962 3691 963 3655 964 3749 965 3577 966 3698 967 3677 968 3645 969 3634 970 3561 971 3649 972 3633 973 3693 974 3650 975 3653 976 3614 977 3634 978 3623 979 3643 980 3636 981 3562 982 3669 983 3531 984 3706 985 3567 986 3557 987 3633 988 3625 989 3518 990 3594 991 3594 992 3584 993 3553 994 3586 995 3550 996 3601 997 3587 998 3594 999 3649 1000 3446 1001 3589 1002 3508 1003 3551 1004 3616 1005 3450 1006 3562 1007 3539 1008 3554 1009 3461 1010 3518 1011 3640 1012 3543 1013 3529 1014 3404 1015 3543 1016 3619 1017 3507 1018 3367 1019 3527 1020 3408 1021 3505 1022 3529 1023 3525 1024 3536 1025 3507 1026 3504 1027 3455 1028 3496 1029 3448 1030 3505 1031 3437 1032 3541 1033 3506 1034 3506 1035 3541 1036 3469 1037 3473 1038 3435 1039 3486 1040 3421 1041 3488 1042 3409 1043 3530 1044 3457 1045 3413 1046 3462 1047 3489 1048 3437 1049 3470 1050 3537 1051 3342 1052 3537 1053 3469 1054 3525 1055 3468 1056 3410 1057 3407 1058 3421 1059 3363 1060 3560 1061 3413 1062 3412 1063 3363 1064 3482 1065 3407 1066 3522 1067 3559 1068 3467 1069 3411 1070 3376 1071 3396 1072 3576 1073 3392 1074 3416 1075 3532 1076 3446 1077 3362 1078 3537 1079 3522 1080 3548 1081 3414 1082 3506 1083 3441 1084 3521 1085 3342 1086 3475 1087 3529 1088 3542 1089 3479 1090 3506 1091 3528 1092 3499 1093 3554 1094 3498 1095 3568 1096 3502 1097 3566 1098 3472 1099 3533 1100 3451 1101 3565 1102 3415 1103 3436 1104 3488 1105 3508 1106 3474 1107 3496 1108 3439 1109 3497 1110 3544 1111 3440 1112 3375 1113 3535 1114 3539 1115 3392 1116 3442 1117 3396 1118 3538 1119 3450 1120 3474 1121 3543 1122 3463 1123 3570 1124 3482 1125 3521 1126 3431 1127 3451 1128 3492 1129 3521 1130 3520 1131 3547 1132 3501 1133 3365 1134 3429 1135 3480 1136 3336 1137 3475 1138 3448 1139 3463 1140 3542 1141 3452 1142 3380 1143 3388 1144 3477 1145 3547 1146 3581 1147 3419 1148 3461 1149 3390 1150 3536 1151 3501 1152 3441 1153 3388 1154 3374 1155 3374 1156 3420 1157 3416 1158 3368 1159 3401 1160 3386 1161 3434 1162 3418 1163 3351 1164 3382 1165 3342 1166 3289 1167 3349 1168 3413 1169 3335 1170 3362 1171 3410 1172 3291 1173 3314 1174 3451 1175 3299 1176 3311 1177 3294 1178 3360 1179 3389 1180 3252 1181 3405 1182 3308 1183 3368 1184 3319 1185 3325 1186 3365 1187 3325 1188 3278 1189 3251 1190 3266 1191 3241 1192 3245 1193 3244 1194 3228 1195 3297 1196 3318 1197 3297 1198 3246 1199 3285 1200 3299 1201 3221 1202 3239 1203 3189 1204 3214 1205 3279 1206 3119 1207 3233 1208 3311 1209 3336 1210 3273 1211 3256 1212 3190 1213 3279 1214 3252 1215 3175 1216 3279 1217 3271 1218 3231 1219 3281 1220 3298 1221 3330 1222 3240 1223 3220 1224 3223 1225 3271 1226 3301 1227 3353 1228 3143 1229 3195 1230 3150 1231 3318 1232 3278 1233 3237 1234 3225 1235 3234 1236 3320 1237 3177 1238 3210 1239 3269 1240 3242 1241 3232 1242 3251 1243 3191 1244 3344 1245 3224 1246 3227 1247 3168 1248 3107 1249 3167 1250 3237 1251 3227 1252 3117 1253 3226 1254 3108 1255 3122 1256 3224 1257 3215 1258 3191