## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606187.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606187.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606187.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:06:19 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 204 113 102 20 2596025 266.852256 260.194982 36415805 FR 55 101 141 173 205 249 1051 2521 5737 10913 38175 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 21 1 22 2 23 4 24 6 25 7 26 17 27 17 28 29 29 30 30 40 31 343 32 342 33 307 34 325 35 340 36 330 37 322 38 345 39 362 40 413 41 423 42 381 43 431 44 426 45 459 46 484 47 519 48 509 49 589 50 657 51 728 52 893 53 944 54 1202 55 1394 56 1564 57 1946 58 2437 59 3129 60 3839 61 4782 62 5946 63 7280 64 8688 65 10284 66 12394 67 14979 68 17631 69 20616 70 24810 71 28424 72 33108 73 37458 74 41434 75 46810 76 52137 77 57211 78 62984 79 69280 80 76216 81 83417 82 90844 83 97639 84 103603 85 110431 86 116465 87 123566 88 130869 89 136749 90 144143 91 150239 92 157963 93 164282 94 170453 95 175005 96 178606 97 183872 98 187791 99 191326 100 195514 101 199468 102 203091 103 206276 104 209079 105 209405 106 211723 107 212669 108 213735 109 213974 110 214436 111 213477 112 214343 113 215239 114 213993 115 213528 116 212540 117 211072 118 210048 119 207992 120 206342 121 204461 122 203625 123 201422 124 201240 125 198782 126 197445 127 194406 128 192754 129 189584 130 187354 131 185132 132 182498 133 180238 134 178740 135 176870 136 174124 137 171450 138 169002 139 167024 140 164016 141 161378 142 159480 143 156951 144 154966 145 152648 146 150555 147 148288 148 145421 149 143616 150 141240 151 139617 152 137239 153 134192 154 133131 155 130966 156 128917 157 126605 158 124723 159 122863 160 120818 161 118691 162 117257 163 115129 164 113421 165 111928 166 111105 167 109117 168 106912 169 105627 170 104485 171 102067 172 100765 173 99366 174 99098 175 96947 176 95473 177 94360 178 93178 179 91709 180 90626 181 88992 182 88265 183 86607 184 85712 185 84802 186 83364 187 82518 188 81603 189 80635 190 79775 191 78979 192 77582 193 76682 194 75757 195 74724 196 73995 197 72692 198 72002 199 70994 200 70089 201 69597 202 68442 203 67644 204 66341 205 65942 206 65346 207 64526 208 63852 209 62623 210 62313 211 61826 212 60592 213 60004 214 59540 215 58898 216 57919 217 57165 218 56422 219 55613 220 55275 221 54604 222 53532 223 52975 224 52504 225 51502 226 51225 227 50928 228 50306 229 48884 230 48727 231 47896 232 47492 233 46794 234 46492 235 45892 236 45280 237 44764 238 44600 239 44007 240 43249 241 42369 242 42070 243 41099 244 41185 245 40098 246 39752 247 39802 248 38727 249 38358 250 37903 251 37795 252 37156 253 36624 254 36151 255 35986 256 35541 257 34829 258 34213 259 34186 260 33646 261 33224 262 33013 263 32252 264 32071 265 31273 266 31288 267 31110 268 30711 269 30301 270 29692 271 29032 272 29110 273 28748 274 28167 275 28148 276 27847 277 27295 278 27346 279 26709 280 26628 281 25998 282 26028 283 25813 284 25356 285 25097 286 24485 287 23972 288 24186 289 23990 290 23337 291 23206 292 22842 293 22732 294 22430 295 22380 296 22012 297 21457 298 21251 299 21286 300 21073 301 20870 302 20663 303 20656 304 20187 305 19859 306 19664 307 19491 308 19187 309 18535 310 18857 311 18708 312 18291 313 18474 314 18167 315 17859 316 17541 317 17307 318 17008 319 17259 320 16786 321 16714 322 16495 323 16467 324 16268 325 15770 326 16046 327 15576 328 15484 329 15487 330 15195 331 14966 332 14893 333 14698 334 14638 335 14359 336 14359 337 14345 338 14122 339 13945 340 13948 341 13745 342 13760 343 13476 344 13499 345 13288 346 13329 347 12887 348 12856 349 13069 350 12503 351 12383 352 12638 353 12350 354 12312 355 12047 356 12173 357 12000 358 11805 359 11981 360 11748 361 11561 362 11366 363 11437 364 11281 365 11383 366 11265 367 11068 368 11034 369 11040 370 10815 371 10850 372 10656 373 10669 374 10720 375 10699 376 10463 377 10187 378 10412 379 10366 380 10272 381 10128 382 9883 383 9998 384 9984 385 9680 386 9990 387 9792 388 9844 389 9636 390 9751 391 9574 392 9514 393 9540 394 9338 395 9296 396 9188 397 9421 398 9302 399 9225 400 9232 401 9152 402 9062 403 9236 404 9126 405 8746 406 8921 407 8852 408 8943 409 8864 410 8722 411 8749 412 8801 413 8610 414 8622 415 8692 416 8636 417 8538 418 8521 419 8499 420 8318 421 8410 422 8392 423 8206 424 8195 425 8274 426 8306 427 8147 428 8058 429 8002 430 8034 431 8112 432 8058 433 7955 434 7932 435 7842 436 7905 437 7854 438 7771 439 7658 440 7777 441 7723 442 7630 443 7815 444 7578 445 7699 446 7608 447 7476 448 7535 449 7459 450 7451 451 7402 452 7316 453 7341 454 7493 455 7298 456 7310 457 7492 458 7347 459 7140 460 7246 461 7165 462 7262 463 7026 464 7103 465 7251 466 7061 467 7030 468 7235 469 7178 470 7052 471 7134 472 7006 473 7012 474 7044 475 7115 476 6861 477 6868 478 6960 479 7082 480 6957 481 6686 482 6941 483 6929 484 6956 485 6881 486 6782 487 6790 488 6877 489 6721 490 6852 491 6710 492 6752 493 6853 494 6654 495 6660 496 6711 497 6650 498 6570 499 6763 500 6580 501 6505 502 6530 503 6578 504 6572 505 6511 506 6482 507 6624 508 6436 509 6472 510 6436 511 6333 512 6537 513 6289 514 6509 515 6448 516 6417 517 6469 518 6425 519 6500 520 6388 521 6423 522 6426 523 6389 524 6401 525 6485 526 6279 527 6242 528 6370 529 6319 530 6226 531 6251 532 6307 533 6377 534 6368 535 6399 536 6327 537 6202 538 6411 539 6190 540 6277 541 6295 542 6397 543 6304 544 6248 545 6179 546 6386 547 6070 548 6226 549 6188 550 6322 551 6218 552 6217 553 6306 554 6317 555 6164 556 6278 557 6077 558 6129 559 6263 560 6155 561 6168 562 6109 563 6165 564 6090 565 6211 566 6118 567 6142 568 6186 569 6115 570 6267 571 6125 572 6173 573 5995 574 6109 575 6215 576 6113 577 6128 578 6066 579 6126 580 6145 581 6046 582 6078 583 6149 584 6121 585 6033 586 6153 587 6137 588 6160 589 6171 590 6190 591 6144 592 6046 593 6152 594 6155 595 6211 596 6217 597 6116 598 6043 599 6073 600 6110 601 6169 602 6069 603 6219 604 6046 605 6147 606 6114 607 6034 608 6193 609 6001 610 6221 611 6222 612 6068 613 6168 614 6029 615 6160 616 6201 617 6053 618 6008 619 6009 620 5889 621 6085 622 6022 623 5969 624 6075 625 6007 626 6062 627 6016 628 6130 629 6075 630 6023 631 5982 632 5865 633 6004 634 6056 635 5998 636 6044 637 6118 638 5945 639 5965 640 6070 641 6030 642 5922 643 5974 644 5837 645 5987 646 5879 647 5815 648 5932 649 5985 650 6028 651 5889 652 5762 653 5891 654 5865 655 5902 656 5897 657 5929 658 5840 659 5851 660 5830 661 5863 662 6009 663 5981 664 5801 665 6025 666 5942 667 5862 668 6055 669 5947 670 5945 671 5891 672 5880 673 6029 674 5918 675 6088 676 5933 677 5899 678 5856 679 5758 680 5858 681 5945 682 5854 683 5994 684 5867 685 5942 686 5921 687 5905 688 5985 689 5890 690 5918 691 5929 692 5876 693 5910 694 6004 695 6039 696 5927 697 5941 698 6007 699 5914 700 5889 701 5941 702 5965 703 5962 704 5884 705 5799 706 6024 707 5849 708 5997 709 5872 710 6003 711 5924 712 5980 713 5991 714 5923 715 5874 716 5908 717 6039 718 5787 719 5838 720 5996 721 5944 722 5725 723 5945 724 5901 725 5870 726 5932 727 5900 728 5857 729 5855 730 5718 731 5704 732 5842 733 5864 734 5772 735 5890 736 5853 737 5737 738 5855 739 5749 740 5867 741 6023 742 5777 743 5670 744 5733 745 5841 746 5897 747 5817 748 5732 749 5822 750 5921 751 5737 752 5792 753 5896 754 5835 755 5774 756 5897 757 5970 758 5848 759 5906 760 5894 761 5890 762 5904 763 5884 764 5929 765 5814 766 5837 767 5747 768 5860 769 5698 770 5732 771 5686 772 5812 773 5866 774 5735 775 5885 776 5856 777 5752 778 5850 779 5701 780 5801 781 5864 782 5651 783 5627 784 5765 785 5795 786 5852 787 5731 788 5756 789 5777 790 5755 791 5713 792 5870 793 5679 794 5853 795 5760 796 5911 797 5867 798 5715 799 5778 800 5670 801 5717 802 5750 803 5668 804 5733 805 5636 806 5812 807 5711 808 5647 809 5724 810 5759 811 5636 812 5736 813 5750 814 5740 815 5728 816 5793 817 5673 818 5770 819 5801 820 5747 821 5885 822 5838 823 5798 824 5625 825 5709 826 5807 827 5691 828 5805 829 5767 830 5806 831 5842 832 5777 833 5694 834 5802 835 5713 836 5793 837 5861 838 6049 839 5722 840 5858 841 5856 842 5662 843 5707 844 5725 845 5850 846 5898 847 5822 848 5852 849 5910 850 5928 851 5866 852 5898 853 5744 854 5810 855 5795 856 5892 857 5969 858 5922 859 5694 860 5877 861 5887 862 5907 863 5886 864 5771 865 5797 866 5899 867 5769 868 5837 869 5904 870 5762 871 5746 872 5844 873 5828 874 5820 875 5819 876 5870 877 5753 878 5799 879 5737 880 5766 881 5693 882 5602 883 5723 884 5711 885 5687 886 5654 887 5795 888 5779 889 5892 890 5619 891 5652 892 5652 893 5583 894 5549 895 5701 896 5648 897 5687 898 5606 899 5691 900 5628 901 5552 902 5586 903 5652 904 5667 905 5499 906 5710 907 5604 908 5735 909 5786 910 5604 911 5521 912 5652 913 5578 914 5531 915 5560 916 5572 917 5422 918 5478 919 5444 920 5494 921 5591 922 5519 923 5538 924 5541 925 5473 926 5636 927 5487 928 5463 929 5483 930 5397 931 5471 932 5444 933 5368 934 5413 935 5457 936 5378 937 5529 938 5468 939 5474 940 5520 941 5438 942 5342 943 5365 944 5356 945 5480 946 5456 947 5354 948 5405 949 5448 950 5428 951 5194 952 5250 953 5246 954 5369 955 5405 956 5223 957 5395 958 5238 959 5359 960 5327 961 5266 962 5195 963 5253 964 5212 965 5333 966 5306 967 5405 968 5203 969 5249 970 5198 971 5187 972 5192 973 5307 974 5225 975 5184 976 5084 977 5181 978 5259 979 5173 980 5303 981 5198 982 5160 983 5096 984 5110 985 5114 986 5289 987 5164 988 5083 989 5122 990 5116 991 4950 992 5109 993 5076 994 5205 995 5062 996 5157 997 5157 998 5069 999 5190 1000 5130 1001 5148 1002 5166 1003 5024 1004 5000 1005 4947 1006 5050 1007 5114 1008 5080 1009 5094 1010 5039 1011 4943 1012 5019 1013 4988 1014 5068 1015 5034 1016 4861 1017 5038 1018 5111 1019 5070 1020 5073 1021 4937 1022 5144 1023 4989 1024 5169 1025 4921 1026 5029 1027 4951 1028 4938 1029 5022 1030 4955 1031 5022 1032 4919 1033 5033 1034 4923 1035 4989 1036 4923 1037 4895 1038 4955 1039 4848 1040 4961 1041 4922 1042 4930 1043 5073 1044 4827 1045 5045 1046 5106 1047 5054 1048 4932 1049 4951 1050 5043 1051 4981 1052 4979 1053 4975 1054 5007 1055 5065 1056 4965 1057 4970 1058 5025 1059 5008 1060 4848 1061 4957 1062 4999 1063 5017 1064 5013 1065 5019 1066 4966 1067 5036 1068 4996 1069 5049 1070 5027 1071 4932 1072 4928 1073 5065 1074 4919 1075 4919 1076 4962 1077 5043 1078 4948 1079 5044 1080 4970 1081 5055 1082 4949 1083 5004 1084 4951 1085 4945 1086 5076 1087 4922 1088 4992 1089 4909 1090 5063 1091 4996 1092 4976 1093 5055 1094 5014 1095 4937 1096 5120 1097 5063 1098 5048 1099 5035 1100 4989 1101 4983 1102 4951 1103 5037 1104 5138 1105 5000 1106 5031 1107 5015 1108 5080 1109 5055 1110 5051 1111 4954 1112 4883 1113 4989 1114 4879 1115 4935 1116 5037 1117 4805 1118 4897 1119 5066 1120 5010 1121 5067 1122 4967 1123 5010 1124 4991 1125 4925 1126 4934 1127 4994 1128 4956 1129 4935 1130 4975 1131 4953 1132 5060 1133 4954 1134 4992 1135 5009 1136 4984 1137 4866 1138 4910 1139 4858 1140 4965 1141 5036 1142 5038 1143 4858 1144 4918 1145 4896 1146 4873 1147 4891 1148 4936 1149 4837 1150 5021 1151 4881 1152 4786 1153 4925 1154 4818 1155 4753 1156 4830 1157 4876 1158 4800 1159 4822 1160 4944 1161 4842 1162 4869 1163 4722 1164 4847 1165 4818 1166 4823 1167 4784 1168 4775 1169 4763 1170 4720 1171 4844 1172 4834 1173 4844 1174 4809 1175 4850 1176 4705 1177 4662 1178 4631 1179 4799 1180 4757 1181 4741 1182 4735 1183 4691 1184 4736 1185 4784 1186 4705 1187 4724 1188 4676 1189 4691 1190 4731 1191 4705 1192 4697 1193 4567 1194 4772 1195 4712 1196 4603 1197 4587 1198 4575 1199 4765 1200 4588 1201 4671 1202 4711 1203 4788 1204 4719 1205 4678 1206 4540 1207 4640 1208 4564 1209 4539 1210 4469 1211 4585 1212 4487 1213 4731 1214 4639 1215 4814 1216 4696 1217 4594 1218 4663 1219 4626 1220 4531 1221 4586 1222 4662 1223 4722 1224 4567