## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606186.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606186.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606186.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 22:56:53 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 203 113 101 21 1294588 264.039871 256.985395 38262994 FR 55 101 139 173 203 247 1057 2537 5779 11049 38725 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 6 23 9 24 9 25 13 26 20 27 24 28 24 29 29 30 58 31 323 32 363 33 281 34 319 35 318 36 305 37 339 38 382 39 375 40 427 41 365 42 393 43 415 44 453 45 464 46 508 47 512 48 556 49 565 50 615 51 745 52 911 53 923 54 1069 55 1373 56 1658 57 2068 58 2501 59 3203 60 3937 61 5056 62 6152 63 7450 64 8800 65 10922 66 12691 67 15346 68 18677 69 21965 70 25816 71 30198 72 34399 73 39241 74 44410 75 49528 76 55533 77 61236 78 67310 79 73982 80 80607 81 88507 82 96558 83 104251 84 111338 85 117387 86 124287 87 132490 88 140287 89 146144 90 153721 91 161127 92 168300 93 175101 94 180800 95 186221 96 190845 97 194452 98 199638 99 203631 100 207993 101 211351 102 214679 103 218130 104 220899 105 222307 106 223294 107 223968 108 225840 109 225771 110 226059 111 225542 112 226242 113 227155 114 226719 115 225444 116 224656 117 222853 118 221104 119 220546 120 217990 121 217571 122 214318 123 214127 124 212478 125 210276 126 208127 127 205183 128 203222 129 200955 130 198997 131 196068 132 193715 133 191967 134 188704 135 186416 136 184914 137 182570 138 178844 139 176405 140 172772 141 170831 142 168407 143 165950 144 163617 145 160973 146 159161 147 156585 148 153971 149 152282 150 148013 151 146453 152 144415 153 142089 154 140181 155 138271 156 135541 157 132990 158 130966 159 129282 160 127068 161 125603 162 122718 163 121025 164 119411 165 117382 166 116095 167 113733 168 112150 169 110434 170 108288 171 107586 172 105923 173 103904 174 102933 175 101876 176 99869 177 98589 178 97498 179 96219 180 94499 181 92811 182 92462 183 90374 184 89723 185 89075 186 87350 187 86063 188 84703 189 83537 190 82948 191 81336 192 80959 193 79678 194 78723 195 77884 196 76769 197 75916 198 74729 199 74108 200 73004 201 72016 202 71539 203 70213 204 69798 205 69210 206 67658 207 67285 208 66672 209 65656 210 64787 211 64335 212 63466 213 61875 214 62053 215 61196 216 59580 217 59183 218 58745 219 57866 220 57417 221 56671 222 55580 223 55229 224 54227 225 54004 226 53661 227 52038 228 51650 229 51333 230 50733 231 50145 232 49313 233 48775 234 48503 235 47770 236 46991 237 46459 238 45851 239 45408 240 44817 241 44407 242 43743 243 42546 244 42309 245 41722 246 41709 247 41187 248 40356 249 39933 250 39037 251 38772 252 38652 253 38240 254 37776 255 37187 256 36547 257 36589 258 35968 259 35366 260 34877 261 34210 262 34078 263 34029 264 33189 265 32974 266 32880 267 31776 268 31398 269 31195 270 30966 271 30479 272 30051 273 30047 274 29282 275 28751 276 28692 277 28352 278 28165 279 27821 280 27586 281 27163 282 26670 283 26781 284 26103 285 25652 286 25371 287 25504 288 25245 289 24727 290 24597 291 24192 292 23801 293 23493 294 23339 295 22941 296 22534 297 22259 298 22020 299 21739 300 21959 301 21602 302 21056 303 20951 304 20851 305 20676 306 20351 307 20231 308 19744 309 19754 310 19299 311 19156 312 19072 313 18558 314 18577 315 18455 316 18379 317 17956 318 18037 319 17841 320 17406 321 17304 322 17158 323 16837 324 16571 325 16563 326 16593 327 16205 328 16112 329 15790 330 15682 331 15702 332 15497 333 15250 334 15137 335 15072 336 14756 337 14657 338 14673 339 14541 340 14406 341 14212 342 14062 343 13993 344 13844 345 13868 346 13799 347 13429 348 13276 349 13000 350 13069 351 12951 352 12797 353 12748 354 12634 355 12550 356 12508 357 12327 358 12437 359 12150 360 11915 361 11931 362 11718 363 11766 364 11686 365 11642 366 11469 367 11447 368 11224 369 11254 370 11320 371 11258 372 11084 373 10939 374 11041 375 10991 376 10874 377 10876 378 10862 379 10549 380 10733 381 10383 382 10250 383 10182 384 10174 385 10335 386 10335 387 10058 388 10048 389 9819 390 10023 391 9875 392 10075 393 9789 394 9779 395 9871 396 9828 397 9651 398 9623 399 9486 400 9472 401 9396 402 9407 403 9575 404 9312 405 9159 406 9348 407 9149 408 9114 409 9176 410 9256 411 9057 412 9050 413 9056 414 8896 415 8883 416 8799 417 8940 418 8905 419 8734 420 8708 421 8751 422 8546 423 8523 424 8612 425 8475 426 8461 427 8516 428 8245 429 8304 430 8323 431 8276 432 8124 433 8164 434 8145 435 7892 436 8149 437 8047 438 8056 439 7927 440 7874 441 7820 442 7907 443 8024 444 7735 445 7866 446 7700 447 7722 448 7760 449 7915 450 7721 451 7653 452 7648 453 7668 454 7590 455 7596 456 7579 457 7585 458 7487 459 7571 460 7299 461 7464 462 7634 463 7419 464 7406 465 7331 466 7448 467 7216 468 7240 469 7277 470 7324 471 7375 472 7224 473 7222 474 7233 475 7247 476 7241 477 7212 478 7247 479 7266 480 7307 481 7006 482 7285 483 7129 484 7089 485 7045 486 7100 487 7140 488 7106 489 7029 490 7096 491 6910 492 6921 493 7042 494 7166 495 7031 496 6788 497 6823 498 6861 499 6864 500 6874 501 6771 502 6750 503 6682 504 6823 505 6802 506 6767 507 6620 508 6850 509 6865 510 6791 511 6600 512 6806 513 6705 514 6639 515 6652 516 6613 517 6579 518 6718 519 6609 520 6723 521 6733 522 6742 523 6593 524 6646 525 6583 526 6489 527 6625 528 6655 529 6628 530 6714 531 6646 532 6652 533 6500 534 6608 535 6534 536 6602 537 6609 538 6555 539 6554 540 6508 541 6572 542 6602 543 6655 544 6528 545 6559 546 6482 547 6494 548 6553 549 6434 550 6559 551 6401 552 6631 553 6492 554 6431 555 6558 556 6595 557 6345 558 6461 559 6380 560 6466 561 6342 562 6619 563 6388 564 6420 565 6331 566 6448 567 6505 568 6347 569 6341 570 6385 571 6365 572 6389 573 6286 574 6269 575 6355 576 6410 577 6278 578 6258 579 6352 580 6302 581 6317 582 6294 583 6243 584 6474 585 6359 586 6417 587 6296 588 6396 589 6342 590 6327 591 6320 592 6338 593 6291 594 6392 595 6354 596 6414 597 6395 598 6276 599 6463 600 6399 601 6260 602 6419 603 6409 604 6304 605 6256 606 6314 607 6241 608 6219 609 6356 610 6357 611 6391 612 6322 613 6343 614 6266 615 6305 616 6271 617 6302 618 6297 619 6261 620 6236 621 6257 622 6080 623 6233 624 6335 625 6171 626 6232 627 6207 628 6294 629 6089 630 6279 631 6222 632 6260 633 6362 634 6315 635 6271 636 6314 637 6189 638 6269 639 6254 640 6236 641 6172 642 6199 643 6290 644 6157 645 6146 646 6257 647 6219 648 6110 649 6306 650 6174 651 6127 652 6163 653 6024 654 6041 655 6226 656 6070 657 6086 658 6146 659 6124 660 6304 661 6062 662 6124 663 6234 664 6098 665 6206 666 6153 667 6209 668 6067 669 6183 670 6028 671 6135 672 6195 673 6214 674 6260 675 6344 676 6110 677 6188 678 6217 679 6177 680 6198 681 6276 682 6235 683 6269 684 6228 685 6249 686 6158 687 6071 688 6113 689 6244 690 6219 691 6157 692 6065 693 6188 694 6258 695 6221 696 6279 697 6092 698 6094 699 6066 700 6059 701 6059 702 6280 703 6328 704 6376 705 6080 706 6149 707 6188 708 6261 709 6245 710 6203 711 6137 712 6050 713 6146 714 6249 715 6171 716 6383 717 6105 718 6145 719 6195 720 6162 721 6117 722 6207 723 6176 724 6054 725 6119 726 6079 727 6066 728 6066 729 5995 730 6134 731 6074 732 6120 733 6094 734 6146 735 6125 736 6030 737 6050 738 6102 739 6134 740 5986 741 6101 742 6021 743 6045 744 6154 745 6124 746 6240 747 6068 748 6153 749 6070 750 6069 751 6115 752 6217 753 6144 754 6147 755 6124 756 6120 757 6187 758 6053 759 6169 760 6163 761 6188 762 6113 763 6049 764 6038 765 6135 766 6104 767 6101 768 6023 769 6083 770 6010 771 6051 772 6043 773 6103 774 6073 775 6195 776 6058 777 6231 778 6064 779 5989 780 5997 781 6025 782 5998 783 6016 784 5956 785 5889 786 5938 787 5954 788 6050 789 5866 790 6124 791 6006 792 6107 793 5898 794 5798 795 6081 796 5946 797 5912 798 6090 799 6029 800 5856 801 6054 802 5925 803 6018 804 5782 805 5862 806 6040 807 6010 808 6013 809 5962 810 6174 811 5907 812 6052 813 5919 814 5982 815 6029 816 5987 817 6044 818 5976 819 6001 820 5952 821 6058 822 6157 823 5894 824 6034 825 6036 826 6031 827 6069 828 5946 829 6021 830 6018 831 5838 832 6133 833 6152 834 6208 835 6112 836 6120 837 6157 838 6182 839 6005 840 6217 841 6031 842 6141 843 6090 844 6087 845 6026 846 6034 847 6074 848 6201 849 6048 850 6118 851 6201 852 6025 853 6146 854 5986 855 6143 856 6180 857 6170 858 6153 859 6014 860 6070 861 6112 862 6135 863 6142 864 6016 865 6053 866 6065 867 6043 868 6097 869 6199 870 6079 871 6129 872 6055 873 6010 874 6031 875 5990 876 6165 877 6036 878 6029 879 6016 880 6041 881 5959 882 6034 883 5975 884 5957 885 6040 886 5916 887 5863 888 6010 889 6050 890 6096 891 5810 892 5962 893 5935 894 5921 895 5761 896 5894 897 5859 898 6023 899 6069 900 5973 901 5938 902 5950 903 5832 904 5797 905 5902 906 5849 907 5847 908 5790 909 5860 910 5886 911 5875 912 5935 913 5770 914 5760 915 5748 916 5738 917 5814 918 5734 919 5691 920 5669 921 5793 922 5866 923 5714 924 5828 925 5837 926 5671 927 5505 928 5770 929 5656 930 5741 931 5901 932 5718 933 5748 934 5801 935 5632 936 5588 937 5744 938 5576 939 5695 940 5759 941 5539 942 5585 943 5636 944 5607 945 5624 946 5538 947 5602 948 5664 949 5563 950 5683 951 5489 952 5660 953 5790 954 5596 955 5533 956 5536 957 5517 958 5516 959 5504 960 5498 961 5515 962 5440 963 5486 964 5523 965 5455 966 5537 967 5607 968 5559 969 5360 970 5346 971 5415 972 5382 973 5519 974 5475 975 5425 976 5414 977 5332 978 5324 979 5308 980 5421 981 5392 982 5466 983 5239 984 5452 985 5354 986 5377 987 5310 988 5369 989 5353 990 5276 991 5332 992 5402 993 5398 994 5414 995 5229 996 5371 997 5331 998 5285 999 5443 1000 5233 1001 5263 1002 5278 1003 5133 1004 5314 1005 5310 1006 5244 1007 5282 1008 5344 1009 5372 1010 5339 1011 5338 1012 5289 1013 5338 1014 5203 1015 5211 1016 5234 1017 5238 1018 5364 1019 5258 1020 5329 1021 5185 1022 5336 1023 5315 1024 5202 1025 5303 1026 5183 1027 5136 1028 5294 1029 5136 1030 5239 1031 5197 1032 5152 1033 5211 1034 5137 1035 5163 1036 5221 1037 5286 1038 5226 1039 5144 1040 5329 1041 5236 1042 5241 1043 5257 1044 5167 1045 5240 1046 5231 1047 5184 1048 5189 1049 5299 1050 5251 1051 5210 1052 5183 1053 5222 1054 5168 1055 5248 1056 5163 1057 5180 1058 5085 1059 5199 1060 5164 1061 5058 1062 5094 1063 5289 1064 5154 1065 5071 1066 5200 1067 5194 1068 5222 1069 5268 1070 5217 1071 5137 1072 5304 1073 5278 1074 5093 1075 5161 1076 5120 1077 5088 1078 5258 1079 5197 1080 5133 1081 5232 1082 5265 1083 5311 1084 5206 1085 5276 1086 5278 1087 4999 1088 5196 1089 5186 1090 5396 1091 5149 1092 5222 1093 5204 1094 5283 1095 5302 1096 5186 1097 5334 1098 5226 1099 5222 1100 5354 1101 5197 1102 5308 1103 5181 1104 5201 1105 5271 1106 5177 1107 5198 1108 5301 1109 5157 1110 5256 1111 5243 1112 5230 1113 5183 1114 5265 1115 5304 1116 5208 1117 5244 1118 5221 1119 5299 1120 5261 1121 5302 1122 5189 1123 5225 1124 5250 1125 5104 1126 5277 1127 5309 1128 5196 1129 5251 1130 5194 1131 5201 1132 5309 1133 5355 1134 5226 1135 5244 1136 5364 1137 5248 1138 5268 1139 5188 1140 5227 1141 5168 1142 5405 1143 5310 1144 5129 1145 5125 1146 5215 1147 5151 1148 5172 1149 5062 1150 5128 1151 5003 1152 5143 1153 5050 1154 5214 1155 5165 1156 4979 1157 5124 1158 4979 1159 5106 1160 5130 1161 5023 1162 5025 1163 5056 1164 5008 1165 4989 1166 4947 1167 5139 1168 5042 1169 5006 1170 4904 1171 4975 1172 5131 1173 5126 1174 5025 1175 5005 1176 5118 1177 5010 1178 4932 1179 5019 1180 4924 1181 4938 1182 4968 1183 4966 1184 4872 1185 4969 1186 4859 1187 4937 1188 4935 1189 4947 1190 4954 1191 4874 1192 4897 1193 4856 1194 4994 1195 4836 1196 4848 1197 4922 1198 4989 1199 4811 1200 4898 1201 4970 1202 4864 1203 4825 1204 4923 1205 4941 1206 4903 1207 4886 1208 4842 1209 4794 1210 4869 1211 4784 1212 4784 1213 4902