## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606185.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606185.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606185.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:27:41 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 206 113 103 21 1429023 270.810684 265.335838 17267183 FR 57 105 143 177 207 255 1125 2611 5889 11245 39027 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 24 7 25 3 26 4 27 10 28 5 29 19 30 20 31 129 32 150 33 146 34 130 35 131 36 145 37 150 38 151 39 127 40 184 41 186 42 166 43 181 44 158 45 177 46 194 47 209 48 208 49 256 50 271 51 288 52 344 53 362 54 425 55 545 56 671 57 860 58 1007 59 1196 60 1569 61 2001 62 2437 63 2922 64 3467 65 4250 66 5012 67 5956 68 7435 69 8446 70 9981 71 11814 72 13576 73 15542 74 17405 75 19340 76 21491 77 24109 78 26520 79 29559 80 32039 81 35643 82 38966 83 42064 84 45420 85 48251 86 51250 87 54771 88 57610 89 60931 90 64224 91 67547 92 70756 93 73668 94 77366 95 80123 96 81940 97 84068 98 86823 99 88694 100 90491 101 92636 102 94449 103 96313 104 98031 105 98206 106 99491 107 100240 108 100756 109 101221 110 100651 111 101374 112 102122 113 102991 114 102812 115 102720 116 101172 117 101694 118 100543 119 100222 120 98989 121 98685 122 97537 123 96984 124 96597 125 96520 126 95300 127 93981 128 92761 129 91455 130 90438 131 89076 132 88503 133 87128 134 86074 135 84688 136 84361 137 82928 138 81799 139 80294 140 78842 141 78176 142 76932 143 75260 144 74375 145 73376 146 72734 147 71032 148 69707 149 69138 150 68263 151 66673 152 65597 153 64493 154 63270 155 62611 156 61730 157 60779 158 60098 159 58528 160 57734 161 57230 162 55740 163 54808 164 54015 165 53493 166 52740 167 51409 168 50473 169 50094 170 49176 171 48694 172 47994 173 46992 174 46812 175 45794 176 45538 177 45092 178 44592 179 43768 180 42673 181 42258 182 41359 183 40867 184 40852 185 40113 186 39601 187 39002 188 38313 189 38006 190 37522 191 36851 192 36637 193 36048 194 35727 195 35099 196 34614 197 34565 198 33860 199 33588 200 33225 201 32838 202 32370 203 31729 204 31314 205 31187 206 30581 207 30076 208 30250 209 29565 210 28935 211 28876 212 28064 213 27970 214 27858 215 27493 216 26796 217 27001 218 26332 219 26220 220 25753 221 25709 222 25165 223 24859 224 24654 225 24507 226 24028 227 23642 228 23704 229 23262 230 22735 231 22376 232 22416 233 22248 234 21404 235 21153 236 21500 237 20940 238 20568 239 20486 240 20002 241 19760 242 19559 243 19151 244 18930 245 18727 246 18573 247 18605 248 18018 249 17999 250 17616 251 17531 252 17197 253 17049 254 16924 255 16543 256 16465 257 16109 258 16015 259 15784 260 15678 261 15297 262 15190 263 15106 264 15081 265 14675 266 14409 267 14221 268 14288 269 13716 270 13846 271 13513 272 13545 273 13400 274 13188 275 13106 276 12937 277 12697 278 12455 279 12502 280 12347 281 12125 282 12088 283 11725 284 11763 285 11561 286 11430 287 11308 288 11054 289 11098 290 10847 291 10637 292 10508 293 10421 294 10551 295 10338 296 10046 297 10095 298 9970 299 9693 300 9602 301 9609 302 9585 303 9332 304 9334 305 9181 306 8983 307 8956 308 8746 309 8741 310 8723 311 8650 312 8521 313 8518 314 8218 315 8226 316 8121 317 8123 318 8040 319 7877 320 7833 321 7807 322 7666 323 7579 324 7537 325 7310 326 7396 327 7436 328 7295 329 7052 330 7015 331 7019 332 6845 333 6825 334 7040 335 6935 336 6557 337 6710 338 6557 339 6392 340 6440 341 6434 342 6293 343 6395 344 6155 345 6068 346 6137 347 6119 348 5925 349 5981 350 5890 351 5850 352 5717 353 5642 354 5555 355 5646 356 5538 357 5634 358 5450 359 5343 360 5532 361 5371 362 5229 363 5316 364 5254 365 5236 366 5440 367 5148 368 5194 369 5072 370 5135 371 5078 372 4931 373 4986 374 4959 375 4875 376 4909 377 4711 378 4806 379 4848 380 4798 381 4733 382 4744 383 4677 384 4593 385 4666 386 4518 387 4517 388 4540 389 4415 390 4513 391 4414 392 4435 393 4587 394 4383 395 4359 396 4252 397 4275 398 4321 399 4347 400 4317 401 4211 402 4201 403 4318 404 4165 405 4167 406 4207 407 4250 408 4237 409 4032 410 4138 411 4071 412 4103 413 4002 414 4053 415 4030 416 3916 417 4074 418 4025 419 3960 420 3964 421 3957 422 3937 423 3962 424 3894 425 3991 426 3853 427 3919 428 3911 429 3829 430 3769 431 3797 432 3738 433 3759 434 3754 435 3659 436 3729 437 3685 438 3640 439 3590 440 3614 441 3565 442 3671 443 3550 444 3569 445 3573 446 3471 447 3545 448 3569 449 3493 450 3420 451 3464 452 3506 453 3640 454 3535 455 3420 456 3477 457 3282 458 3301 459 3380 460 3462 461 3401 462 3317 463 3327 464 3319 465 3354 466 3329 467 3357 468 3434 469 3388 470 3291 471 3339 472 3273 473 3329 474 3304 475 3265 476 3300 477 3356 478 3235 479 3351 480 3338 481 3172 482 3179 483 3300 484 3134 485 3189 486 3196 487 3168 488 3337 489 3240 490 3247 491 3123 492 3183 493 3200 494 3209 495 3200 496 3133 497 3080 498 3244 499 3166 500 3162 501 3190 502 3173 503 3159 504 3115 505 3249 506 3055 507 3054 508 3061 509 2982 510 3061 511 3143 512 3049 513 3134 514 2989 515 3014 516 3099 517 3047 518 3075 519 3010 520 2987 521 3144 522 3151 523 3056 524 3038 525 3029 526 2982 527 2970 528 2966 529 3042 530 2945 531 2994 532 3019 533 2984 534 3039 535 2968 536 2885 537 2917 538 2940 539 2940 540 2937 541 2973 542 2955 543 2955 544 3029 545 3005 546 3108 547 2905 548 2918 549 2993 550 3055 551 2994 552 3000 553 3069 554 3017 555 3008 556 2992 557 2977 558 2899 559 3067 560 3029 561 2982 562 2899 563 2979 564 2940 565 2960 566 2896 567 2867 568 2986 569 2993 570 2944 571 2914 572 2979 573 2909 574 2873 575 2950 576 2897 577 2889 578 2873 579 2817 580 2865 581 2786 582 2892 583 2969 584 2888 585 2886 586 2934 587 2843 588 2881 589 2872 590 2912 591 2804 592 2885 593 2874 594 2843 595 2942 596 2796 597 2901 598 2844 599 2820 600 2952 601 2964 602 2990 603 2908 604 2919 605 2979 606 2925 607 2856 608 2821 609 2999 610 2907 611 2884 612 2870 613 2869 614 2943 615 2834 616 2807 617 2949 618 2833 619 2900 620 2903 621 2961 622 2782 623 2869 624 2963 625 2910 626 2905 627 2857 628 2743 629 2898 630 2710 631 2941 632 2913 633 2902 634 2794 635 2878 636 2881 637 2853 638 2722 639 2811 640 2863 641 2822 642 2889 643 2797 644 2887 645 2816 646 2823 647 2887 648 2913 649 2873 650 2795 651 2793 652 2782 653 2835 654 2851 655 2777 656 2801 657 2834 658 2811 659 2776 660 2785 661 2802 662 2851 663 2875 664 2859 665 2836 666 2759 667 2855 668 2793 669 2873 670 2757 671 2772 672 2803 673 2810 674 2786 675 2800 676 2892 677 2834 678 2833 679 2787 680 2816 681 2842 682 2827 683 2769 684 2812 685 2884 686 2902 687 2781 688 2842 689 2789 690 2831 691 2872 692 2800 693 2933 694 2868 695 2741 696 2792 697 2824 698 2824 699 2798 700 2844 701 2827 702 2803 703 2856 704 2763 705 2790 706 2922 707 2911 708 2804 709 2927 710 2870 711 2867 712 2905 713 2862 714 2883 715 2866 716 2841 717 2851 718 2731 719 2854 720 2835 721 2797 722 2828 723 2808 724 2919 725 2859 726 2788 727 2791 728 2724 729 2787 730 2731 731 2802 732 2884 733 2831 734 2800 735 2766 736 2775 737 2730 738 2802 739 2767 740 2708 741 2797 742 2810 743 2896 744 2781 745 2716 746 2831 747 2747 748 2785 749 2770 750 2808 751 2760 752 2747 753 2645 754 2750 755 2833 756 2858 757 2935 758 2916 759 2859 760 2745 761 2789 762 2739 763 2836 764 2813 765 2764 766 2796 767 2897 768 2831 769 2771 770 2742 771 2727 772 2775 773 2899 774 2769 775 2796 776 2783 777 2808 778 2633 779 2807 780 2790 781 2756 782 2652 783 2789 784 2789 785 2792 786 2691 787 2693 788 2857 789 2805 790 2670 791 2753 792 2861 793 2801 794 2858 795 2761 796 2731 797 2653 798 2723 799 2827 800 2722 801 2770 802 2719 803 2750 804 2750 805 2839 806 2776 807 2648 808 2750 809 2678 810 2851 811 2756 812 2623 813 2766 814 2803 815 2767 816 2736 817 2717 818 2778 819 2739 820 2754 821 2808 822 2658 823 2638 824 2778 825 2755 826 2787 827 2759 828 2617 829 2796 830 2765 831 2779 832 2809 833 2786 834 2752 835 2779 836 2857 837 2781 838 2737 839 2867 840 2787 841 2738 842 2803 843 2730 844 2865 845 2867 846 2796 847 2798 848 2772 849 2758 850 2861 851 2770 852 2776 853 2904 854 2815 855 2848 856 2775 857 2820 858 2890 859 2883 860 2787 861 2838 862 2771 863 2770 864 2803 865 2669 866 2814 867 2777 868 2869 869 2742 870 2748 871 2806 872 2840 873 2802 874 2820 875 2806 876 2788 877 2815 878 2785 879 2718 880 2729 881 2737 882 2837 883 2732 884 2786 885 2766 886 2660 887 2775 888 2756 889 2714 890 2701 891 2704 892 2709 893 2695 894 2727 895 2683 896 2727 897 2716 898 2739 899 2708 900 2783 901 2692 902 2660 903 2634 904 2575 905 2626 906 2772 907 2706 908 2675 909 2716 910 2673 911 2721 912 2719 913 2682 914 2628 915 2666 916 2697 917 2667 918 2679 919 2608 920 2721 921 2732 922 2684 923 2550 924 2622 925 2722 926 2621 927 2620 928 2647 929 2686 930 2647 931 2603 932 2627 933 2723 934 2679 935 2703 936 2621 937 2586 938 2670 939 2574 940 2694 941 2703 942 2560 943 2644 944 2636 945 2656 946 2617 947 2571 948 2520 949 2687 950 2565 951 2548 952 2497 953 2581 954 2526 955 2559 956 2495 957 2540 958 2528 959 2590 960 2636 961 2517 962 2492 963 2519 964 2518 965 2465 966 2623 967 2409 968 2551 969 2518 970 2431 971 2487 972 2455 973 2524 974 2441 975 2466 976 2493 977 2420 978 2514 979 2518 980 2531 981 2491 982 2481 983 2460 984 2495 985 2427 986 2447 987 2434 988 2410 989 2511 990 2465 991 2450 992 2439 993 2460 994 2384 995 2434 996 2388 997 2448 998 2466 999 2518 1000 2417 1001 2373 1002 2446 1003 2272 1004 2552 1005 2447 1006 2391 1007 2390 1008 2391 1009 2473 1010 2350 1011 2467 1012 2401 1013 2424 1014 2395 1015 2413 1016 2471 1017 2414 1018 2424 1019 2388 1020 2395 1021 2383 1022 2386 1023 2420 1024 2244 1025 2374 1026 2399 1027 2404 1028 2406 1029 2433 1030 2348 1031 2424 1032 2404 1033 2423 1034 2441 1035 2447 1036 2380 1037 2415 1038 2338 1039 2511 1040 2373 1041 2281 1042 2372 1043 2396 1044 2383 1045 2373 1046 2402 1047 2376 1048 2367 1049 2321 1050 2490 1051 2413 1052 2391 1053 2361 1054 2363 1055 2373 1056 2379 1057 2285 1058 2329 1059 2384 1060 2380 1061 2373 1062 2347 1063 2441 1064 2310 1065 2407 1066 2282 1067 2378 1068 2385 1069 2422 1070 2424 1071 2389 1072 2471 1073 2385 1074 2348 1075 2467 1076 2374 1077 2356 1078 2444 1079 2403 1080 2426 1081 2307 1082 2461 1083 2315 1084 2402 1085 2395 1086 2444 1087 2444 1088 2444 1089 2413 1090 2432 1091 2496 1092 2388 1093 2386 1094 2400 1095 2323 1096 2398 1097 2472 1098 2429 1099 2401 1100 2435 1101 2395 1102 2370 1103 2276 1104 2445 1105 2387 1106 2395 1107 2408 1108 2448 1109 2410 1110 2416 1111 2385 1112 2415 1113 2353 1114 2488 1115 2445 1116 2381 1117 2430 1118 2467 1119 2509 1120 2407 1121 2444 1122 2414 1123 2407 1124 2295 1125 2365 1126 2433 1127 2371 1128 2370 1129 2510 1130 2402 1131 2311 1132 2502 1133 2480 1134 2392 1135 2431 1136 2401 1137 2420 1138 2507 1139 2362 1140 2367 1141 2337 1142 2279 1143 2399 1144 2325 1145 2378 1146 2372 1147 2305 1148 2380 1149 2434 1150 2391 1151 2251 1152 2358 1153 2387 1154 2389 1155 2297 1156 2390 1157 2345 1158 2304 1159 2341 1160 2358 1161 2315 1162 2365 1163 2242 1164 2300 1165 2279 1166 2347 1167 2387 1168 2320 1169 2377 1170 2254 1171 2373 1172 2308 1173 2360 1174 2256 1175 2388 1176 2186 1177 2259 1178 2343 1179 2311 1180 2337 1181 2258 1182 2354 1183 2264 1184 2285 1185 2292 1186 2169 1187 2160 1188 2294 1189 2251 1190 2224 1191 2281 1192 2242 1193 2292 1194 2235 1195 2238 1196 2237 1197 2226 1198 2295 1199 2238 1200 2283 1201 2242 1202 2230 1203 2269 1204 2257 1205 2275 1206 2230 1207 2250 1208 2201 1209 2326 1210 2179 1211 2268 1212 2292 1213 2201 1214 2286 1215 2230 1216 2357 1217 2260 1218 2280 1219 2241 1220 2235 1221 2249 1222 2313 1223 2290 1224 2261 1225 2236 1226 2228 1227 2251 1228 2284 1229 2234 1230 2180 1231 2310 1232 2257 1233 2224 1234 2254 1235 2174 1236 2234