## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606184.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606184.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606184.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 00:44:10 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 209 116 104 21 1294642 274.312895 267.712657 33725155 FR 55 103 143 177 209 257 1125 2615 5891 11201 38641 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 2 24 2 25 6 26 7 27 10 28 13 29 16 30 40 31 157 32 158 33 167 34 158 35 176 36 179 37 168 38 179 39 191 40 214 41 203 42 217 43 218 44 237 45 228 46 270 47 260 48 294 49 297 50 361 51 447 52 502 53 566 54 656 55 852 56 1036 57 1315 58 1632 59 2001 60 2588 61 3292 62 4023 63 4967 64 6180 65 7517 66 9030 67 11068 68 13082 69 15105 70 17871 71 20358 72 23698 73 27240 74 30774 75 35125 76 38714 77 43467 78 47826 79 52322 80 57501 81 62668 82 68848 83 74072 84 80254 85 86199 86 91989 87 97552 88 103832 89 108636 90 114691 91 119912 92 126395 93 131521 94 136960 95 142347 96 148096 97 152208 98 155874 99 159096 100 162928 101 167063 102 170060 103 172791 104 176366 105 179091 106 181748 107 183489 108 185488 109 185934 110 187186 111 187311 112 188879 113 189420 114 190537 115 190336 116 191385 117 191063 118 190577 119 189328 120 188371 121 187928 122 187225 123 185792 124 185714 125 185006 126 182431 127 182456 128 180521 129 179718 130 176556 131 175170 132 173235 133 171905 134 170358 135 169420 136 167352 137 165577 138 163305 139 161004 140 159334 141 156610 142 154682 143 151894 144 150219 145 147720 146 146530 147 144817 148 142413 149 140972 150 137781 151 136025 152 133948 153 131652 154 129989 155 126875 156 126080 157 124732 158 122690 159 120395 160 119388 161 116661 162 115187 163 112831 164 111823 165 110365 166 108683 167 107070 168 105856 169 104421 170 102475 171 100574 172 98813 173 96810 174 95614 175 94733 176 93656 177 92084 178 90914 179 89547 180 88444 181 86986 182 85664 183 84582 184 83615 185 82298 186 81136 187 80319 188 79276 189 78081 190 77322 191 76406 192 74933 193 74016 194 72923 195 71706 196 71321 197 70566 198 69058 199 68181 200 68076 201 67115 202 66023 203 64989 204 64168 205 63512 206 62787 207 61792 208 61096 209 60447 210 59857 211 59117 212 58651 213 57360 214 56692 215 55975 216 55195 217 54213 218 53686 219 53427 220 52704 221 51977 222 51317 223 50585 224 50291 225 49386 226 48820 227 48558 228 47102 229 46478 230 46282 231 45616 232 45740 233 44920 234 44197 235 43916 236 43300 237 42648 238 42084 239 41694 240 40959 241 40560 242 40167 243 39605 244 39114 245 38560 246 38070 247 37266 248 37101 249 36402 250 36118 251 35653 252 35300 253 35105 254 34471 255 33824 256 33735 257 33044 258 32502 259 32332 260 31785 261 31197 262 31215 263 30710 264 30223 265 29935 266 29230 267 29274 268 29221 269 28443 270 28321 271 27752 272 27432 273 27105 274 27115 275 26627 276 25829 277 25876 278 25536 279 24905 280 25113 281 24835 282 24138 283 23914 284 23700 285 23334 286 23091 287 23116 288 22263 289 22165 290 22172 291 21818 292 21804 293 21401 294 21112 295 20777 296 20774 297 20574 298 20256 299 19902 300 19673 301 19376 302 19188 303 18822 304 18859 305 18776 306 18274 307 18327 308 18120 309 17765 310 17677 311 17130 312 17134 313 17067 314 16823 315 16542 316 16310 317 16229 318 15970 319 15706 320 15804 321 15744 322 15343 323 15465 324 15202 325 15050 326 14818 327 14769 328 14620 329 14219 330 14147 331 14095 332 14086 333 13830 334 13912 335 13301 336 13401 337 13254 338 13033 339 12994 340 13009 341 12796 342 12563 343 12355 344 12461 345 12194 346 12308 347 11899 348 11936 349 11849 350 11637 351 11830 352 11396 353 11385 354 11216 355 11231 356 11131 357 10891 358 10818 359 10905 360 10733 361 10809 362 10592 363 10350 364 10419 365 10395 366 10222 367 10274 368 10247 369 10091 370 9966 371 9944 372 9917 373 9547 374 9719 375 9608 376 9593 377 9557 378 9586 379 9206 380 9383 381 9279 382 9266 383 9132 384 9251 385 9012 386 9204 387 8924 388 8864 389 8814 390 8776 391 8856 392 8738 393 8668 394 8689 395 8625 396 8520 397 8490 398 8509 399 8379 400 8408 401 8396 402 8504 403 8332 404 8286 405 8164 406 8246 407 7963 408 8043 409 7987 410 7933 411 7979 412 7931 413 7861 414 7985 415 7855 416 7740 417 7759 418 7886 419 7565 420 7614 421 7621 422 7565 423 7664 424 7545 425 7583 426 7585 427 7518 428 7526 429 7383 430 7283 431 7338 432 7433 433 7309 434 7312 435 7392 436 7202 437 7134 438 7064 439 7376 440 7277 441 7061 442 6993 443 7105 444 7080 445 6882 446 7045 447 6928 448 6909 449 6734 450 6839 451 6723 452 6935 453 6822 454 6818 455 6857 456 6711 457 6603 458 6683 459 6683 460 6647 461 6513 462 6464 463 6579 464 6570 465 6443 466 6556 467 6455 468 6534 469 6481 470 6403 471 6453 472 6432 473 6373 474 6339 475 6465 476 6292 477 6446 478 6394 479 6213 480 6467 481 6396 482 6231 483 6266 484 6319 485 6262 486 6318 487 6266 488 6220 489 6131 490 6266 491 6103 492 6210 493 6195 494 6157 495 6151 496 6211 497 6050 498 6153 499 6034 500 6083 501 6124 502 6076 503 6076 504 6048 505 5894 506 6000 507 6006 508 5959 509 5907 510 5997 511 6056 512 5856 513 5990 514 5984 515 5941 516 5902 517 5958 518 5896 519 5994 520 5956 521 5822 522 5856 523 5854 524 5821 525 5809 526 5901 527 5788 528 5811 529 5807 530 5775 531 5835 532 5887 533 5775 534 5767 535 5775 536 5741 537 5756 538 5763 539 5662 540 5780 541 5650 542 5713 543 5657 544 5694 545 5776 546 5716 547 5855 548 5731 549 5781 550 5768 551 5678 552 5645 553 5698 554 5668 555 5759 556 5789 557 5695 558 5594 559 5661 560 5724 561 5696 562 5682 563 5596 564 5728 565 5759 566 5616 567 5581 568 5630 569 5530 570 5495 571 5556 572 5532 573 5639 574 5618 575 5672 576 5517 577 5519 578 5467 579 5582 580 5625 581 5612 582 5569 583 5680 584 5516 585 5693 586 5577 587 5392 588 5566 589 5648 590 5548 591 5551 592 5512 593 5528 594 5692 595 5617 596 5607 597 5704 598 5612 599 5524 600 5486 601 5626 602 5690 603 5471 604 5727 605 5607 606 5540 607 5659 608 5683 609 5599 610 5772 611 5592 612 5510 613 5764 614 5693 615 5618 616 5597 617 5555 618 5462 619 5462 620 5643 621 5488 622 5554 623 5394 624 5529 625 5546 626 5534 627 5463 628 5506 629 5578 630 5554 631 5467 632 5472 633 5527 634 5665 635 5452 636 5422 637 5563 638 5515 639 5434 640 5445 641 5560 642 5696 643 5483 644 5621 645 5471 646 5470 647 5389 648 5461 649 5449 650 5450 651 5488 652 5468 653 5680 654 5549 655 5452 656 5399 657 5422 658 5442 659 5483 660 5473 661 5403 662 5465 663 5525 664 5410 665 5415 666 5439 667 5459 668 5674 669 5508 670 5340 671 5437 672 5388 673 5483 674 5506 675 5358 676 5418 677 5340 678 5243 679 5488 680 5440 681 5469 682 5315 683 5414 684 5484 685 5439 686 5448 687 5522 688 5363 689 5567 690 5319 691 5369 692 5393 693 5538 694 5434 695 5408 696 5444 697 5633 698 5450 699 5393 700 5458 701 5390 702 5459 703 5605 704 5430 705 5464 706 5520 707 5481 708 5451 709 5469 710 5471 711 5520 712 5553 713 5519 714 5449 715 5374 716 5445 717 5387 718 5443 719 5494 720 5507 721 5447 722 5491 723 5421 724 5455 725 5596 726 5382 727 5548 728 5558 729 5466 730 5401 731 5390 732 5353 733 5537 734 5457 735 5462 736 5480 737 5373 738 5350 739 5402 740 5405 741 5292 742 5228 743 5420 744 5447 745 5511 746 5410 747 5377 748 5433 749 5344 750 5317 751 5300 752 5309 753 5367 754 5434 755 5361 756 5382 757 5330 758 5347 759 5483 760 5402 761 5361 762 5476 763 5366 764 5369 765 5418 766 5471 767 5467 768 5460 769 5293 770 5409 771 5546 772 5449 773 5451 774 5431 775 5471 776 5327 777 5366 778 5428 779 5365 780 5303 781 5267 782 5462 783 5421 784 5419 785 5445 786 5281 787 5351 788 5440 789 5288 790 5463 791 5312 792 5369 793 5342 794 5294 795 5341 796 5419 797 5291 798 5321 799 5302 800 5158 801 5272 802 5452 803 5284 804 5361 805 5336 806 5268 807 5335 808 5247 809 5179 810 5343 811 5259 812 5380 813 5273 814 5195 815 5359 816 5415 817 5338 818 5266 819 5155 820 5393 821 5333 822 5302 823 5182 824 5295 825 5305 826 5230 827 5331 828 5315 829 5356 830 5405 831 5389 832 5387 833 5331 834 5481 835 5360 836 5402 837 5329 838 5383 839 5385 840 5337 841 5284 842 5314 843 5284 844 5378 845 5270 846 5399 847 5415 848 5340 849 5464 850 5260 851 5442 852 5451 853 5483 854 5255 855 5352 856 5442 857 5448 858 5481 859 5489 860 5459 861 5316 862 5502 863 5467 864 5470 865 5356 866 5369 867 5415 868 5421 869 5342 870 5441 871 5344 872 5379 873 5305 874 5283 875 5428 876 5433 877 5315 878 5407 879 5516 880 5399 881 5509 882 5350 883 5392 884 5326 885 5296 886 5311 887 5318 888 5341 889 5274 890 5437 891 5286 892 5371 893 5230 894 5312 895 5288 896 5387 897 5421 898 5182 899 5288 900 5346 901 5309 902 5115 903 5320 904 5306 905 5236 906 5355 907 5326 908 5246 909 5273 910 5118 911 5117 912 5333 913 5238 914 5170 915 5181 916 5215 917 5251 918 5130 919 5172 920 5054 921 5276 922 5171 923 5083 924 5202 925 5029 926 5025 927 5175 928 5107 929 4881 930 5151 931 5098 932 5176 933 5121 934 5086 935 5109 936 5054 937 5081 938 5177 939 5083 940 5093 941 5046 942 5089 943 5180 944 4949 945 5212 946 5104 947 5049 948 5054 949 5113 950 5032 951 5006 952 4967 953 5088 954 4962 955 5081 956 5000 957 4906 958 4940 959 5018 960 4952 961 5072 962 4975 963 5038 964 4936 965 5021 966 4860 967 4981 968 4918 969 4956 970 4951 971 4873 972 4900 973 4758 974 4898 975 4900 976 4835 977 4803 978 4924 979 4834 980 4930 981 4751 982 4826 983 4782 984 4748 985 4741 986 4808 987 4800 988 4893 989 4780 990 4906 991 4865 992 4863 993 4663 994 4832 995 4710 996 4823 997 4749 998 4737 999 4792 1000 4664 1001 4679 1002 4639 1003 4861 1004 4664 1005 4847 1006 4777 1007 4814 1008 4744 1009 4662 1010 4737 1011 4611 1012 4723 1013 4685 1014 4795 1015 4670 1016 4712 1017 4727 1018 4686 1019 4496 1020 4805 1021 4733 1022 4676 1023 4688 1024 4667 1025 4686 1026 4537 1027 4799 1028 4677 1029 4523 1030 4593 1031 4624 1032 4761 1033 4855 1034 4618 1035 4740 1036 4722 1037 4682 1038 4686 1039 4662 1040 4662 1041 4756 1042 4598 1043 4616 1044 4655 1045 4628 1046 4612 1047 4697 1048 4621 1049 4758 1050 4649 1051 4661 1052 4660 1053 4582 1054 4700 1055 4688 1056 4661 1057 4682 1058 4614 1059 4646 1060 4668 1061 4705 1062 4701 1063 4619 1064 4628 1065 4655 1066 4476 1067 4610 1068 4490 1069 4522 1070 4647 1071 4665 1072 4608 1073 4665 1074 4657 1075 4629 1076 4755 1077 4636 1078 4496 1079 4681 1080 4712 1081 4736 1082 4701 1083 4732 1084 4509 1085 4641 1086 4743 1087 4751 1088 4613 1089 4687 1090 4599 1091 4644 1092 4613 1093 4618 1094 4665 1095 4666 1096 4674 1097 4669 1098 4693 1099 4630 1100 4764 1101 4672 1102 4590 1103 4751 1104 4686 1105 4756 1106 4675 1107 4793 1108 4611 1109 4739 1110 4650 1111 4618 1112 4712 1113 4682 1114 4626 1115 4708 1116 4541 1117 4801 1118 4584 1119 4701 1120 4597 1121 4649 1122 4700 1123 4674 1124 4592 1125 4622 1126 4661 1127 4725 1128 4717 1129 4662 1130 4571 1131 4602 1132 4720 1133 4632 1134 4663 1135 4751 1136 4825 1137 4609 1138 4817 1139 4725 1140 4822 1141 4685 1142 4728 1143 4588 1144 4750 1145 4583 1146 4675 1147 4611 1148 4539 1149 4550 1150 4608 1151 4667 1152 4527 1153 4528 1154 4559 1155 4552 1156 4598 1157 4476 1158 4623 1159 4513 1160 4528 1161 4535 1162 4528 1163 4503 1164 4555 1165 4507 1166 4665 1167 4679 1168 4552 1169 4655 1170 4543 1171 4449 1172 4532 1173 4519 1174 4501 1175 4455 1176 4448 1177 4552 1178 4466 1179 4536 1180 4544 1181 4415 1182 4567 1183 4409 1184 4442 1185 4414 1186 4463 1187 4435 1188 4354 1189 4457 1190 4322 1191 4445 1192 4305 1193 4433 1194 4431 1195 4403 1196 4413 1197 4399 1198 4370 1199 4366 1200 4442 1201 4301 1202 4423 1203 4384 1204 4308 1205 4336 1206 4437 1207 4407 1208 4310 1209 4411 1210 4255 1211 4403 1212 4387 1213 4313 1214 4317 1215 4401 1216 4486 1217 4441 1218 4296 1219 4435 1220 4372 1221 4485 1222 4368 1223 4456 1224 4376 1225 4403 1226 4330 1227 4327 1228 4260 1229 4438 1230 4340 1231 4355 1232 4403 1233 4420 1234 4361 1235 4397 1236 4312 1237 4431 1238 4285 1239 4367 1240 4326 1241 4416 1242 4380 1243 4476 1244 4208 1245 4341 1246 4266 1247 4372 1248 4349 1249 4320