## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606183.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606183.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606183.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 22:54:28 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 211 112 109 21 1294603 284.215972 285.330778 32337862 FR 59 111 153 187 219 269 1203 2707 6077 11615 40369 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 1 23 3 24 5 25 8 26 13 27 14 28 19 29 31 30 46 31 284 32 296 33 252 34 298 35 282 36 259 37 283 38 282 39 317 40 314 41 322 42 301 43 305 44 324 45 363 46 371 47 409 48 447 49 458 50 516 51 578 52 794 53 820 54 898 55 1187 56 1391 57 1723 58 2165 59 2736 60 3284 61 4315 62 5340 63 6375 64 7793 65 9203 66 11078 67 13007 68 15010 69 17837 70 20917 71 24071 72 27685 73 30713 74 34570 75 38681 76 42739 77 47430 78 51732 79 57077 80 62440 81 67720 82 74093 83 79442 84 85587 85 90273 86 96512 87 102469 88 108680 89 114378 90 119502 91 125828 92 131953 93 137743 94 143174 95 147531 96 152052 97 155602 98 159994 99 163480 100 168213 101 171824 102 174550 103 176877 104 180403 105 181499 106 183784 107 184361 108 185601 109 186123 110 186840 111 187557 112 188370 113 187752 114 187539 115 187011 116 186236 117 185113 118 184135 119 182468 120 180943 121 180789 122 178892 123 176796 124 175696 125 174613 126 172278 127 170581 128 168651 129 166488 130 164763 131 163369 132 160578 133 158841 134 156955 135 154393 136 152047 137 150525 138 147365 139 146427 140 143305 141 141808 142 139765 143 137377 144 135477 145 132634 146 131016 147 128923 148 127150 149 125233 150 121936 151 121249 152 119337 153 117455 154 115423 155 114151 156 111957 157 110012 158 108665 159 107036 160 105126 161 103680 162 101791 163 99746 164 99433 165 97653 166 96414 167 94984 168 93350 169 91685 170 89859 171 88862 172 87607 173 86858 174 85208 175 84500 176 82579 177 82269 178 80856 179 79498 180 79252 181 77614 182 77019 183 75582 184 74993 185 73520 186 72764 187 72140 188 71065 189 70509 190 69709 191 68547 192 67413 193 66673 194 65856 195 65208 196 64363 197 63947 198 62781 199 61965 200 61852 201 61070 202 59795 203 58851 204 58467 205 57248 206 57274 207 56620 208 55932 209 55400 210 54190 211 53787 212 52934 213 52435 214 51797 215 51634 216 50525 217 50050 218 49786 219 48520 220 47926 221 47637 222 46658 223 46242 224 46110 225 45391 226 45363 227 44425 228 44039 229 43194 230 42667 231 42562 232 41585 233 41002 234 40791 235 40177 236 39650 237 38802 238 38886 239 38377 240 38002 241 37518 242 36933 243 36691 244 36113 245 35153 246 35214 247 34482 248 34210 249 33702 250 33446 251 33078 252 32585 253 32372 254 31818 255 31442 256 30947 257 30679 258 30293 259 29817 260 29700 261 29197 262 28921 263 28669 264 28144 265 27995 266 27518 267 27004 268 26759 269 26421 270 26324 271 25735 272 25299 273 25250 274 25003 275 24854 276 24213 277 23976 278 23953 279 23428 280 23505 281 22926 282 22934 283 22209 284 22303 285 21957 286 21800 287 21185 288 21177 289 20812 290 20639 291 20355 292 20432 293 20024 294 19657 295 19788 296 19385 297 19087 298 18931 299 18703 300 18451 301 18334 302 17908 303 17971 304 17662 305 17252 306 17437 307 17261 308 16996 309 16660 310 16724 311 16244 312 16058 313 15912 314 15891 315 15720 316 15415 317 15371 318 15119 319 15272 320 14944 321 14797 322 14618 323 14472 324 14371 325 14201 326 13891 327 13970 328 13722 329 13688 330 13431 331 13285 332 13246 333 13148 334 12575 335 12812 336 12711 337 12502 338 12402 339 12301 340 12314 341 11929 342 12022 343 11822 344 11894 345 11793 346 11883 347 11654 348 11292 349 11318 350 11035 351 11176 352 11123 353 10928 354 10798 355 10750 356 10676 357 10672 358 10494 359 10594 360 10231 361 10224 362 10326 363 10051 364 10002 365 9868 366 9867 367 9762 368 9758 369 9734 370 9734 371 9626 372 9600 373 9473 374 9434 375 9313 376 9282 377 9207 378 9258 379 9157 380 9091 381 8884 382 8944 383 8841 384 8815 385 8598 386 8657 387 8757 388 8583 389 8637 390 8653 391 8403 392 8457 393 8397 394 8242 395 8359 396 8207 397 8358 398 8200 399 8208 400 8121 401 8059 402 8120 403 8042 404 7912 405 8049 406 8002 407 7811 408 7947 409 7671 410 7907 411 7715 412 7893 413 7783 414 7560 415 7700 416 7661 417 7791 418 7608 419 7549 420 7531 421 7409 422 7367 423 7361 424 7367 425 7299 426 7288 427 7352 428 7176 429 7218 430 7280 431 7144 432 7060 433 7175 434 6975 435 6897 436 7164 437 7044 438 6960 439 6936 440 6904 441 6845 442 6887 443 6898 444 6893 445 6787 446 6752 447 6704 448 6800 449 6574 450 6604 451 6497 452 6564 453 6413 454 6673 455 6633 456 6398 457 6500 458 6396 459 6276 460 6389 461 6521 462 6541 463 6372 464 6355 465 6369 466 6357 467 6404 468 6392 469 6202 470 6202 471 6312 472 6389 473 6250 474 6263 475 6250 476 6283 477 6265 478 6230 479 6240 480 6140 481 6028 482 6235 483 6279 484 6102 485 6141 486 6010 487 6033 488 6058 489 6130 490 6091 491 6119 492 5946 493 5945 494 5956 495 5981 496 5979 497 6052 498 5911 499 5989 500 5978 501 5948 502 5841 503 6007 504 5920 505 5868 506 5696 507 6003 508 5907 509 5907 510 5812 511 5751 512 5713 513 5864 514 5824 515 5656 516 5869 517 5772 518 5753 519 5691 520 5702 521 5684 522 5570 523 5709 524 5673 525 5672 526 5754 527 5831 528 5628 529 5715 530 5723 531 5699 532 5685 533 5742 534 5640 535 5618 536 5618 537 5751 538 5544 539 5683 540 5699 541 5670 542 5636 543 5594 544 5562 545 5568 546 5645 547 5580 548 5648 549 5506 550 5628 551 5758 552 5567 553 5688 554 5650 555 5738 556 5547 557 5550 558 5565 559 5504 560 5439 561 5524 562 5461 563 5615 564 5652 565 5710 566 5679 567 5548 568 5508 569 5560 570 5604 571 5479 572 5568 573 5592 574 5451 575 5441 576 5408 577 5672 578 5413 579 5492 580 5409 581 5491 582 5575 583 5629 584 5424 585 5481 586 5560 587 5530 588 5540 589 5405 590 5495 591 5366 592 5471 593 5438 594 5578 595 5465 596 5491 597 5399 598 5535 599 5417 600 5503 601 5468 602 5528 603 5443 604 5489 605 5500 606 5520 607 5509 608 5485 609 5435 610 5474 611 5472 612 5570 613 5519 614 5481 615 5511 616 5489 617 5490 618 5395 619 5373 620 5439 621 5578 622 5488 623 5471 624 5556 625 5528 626 5470 627 5414 628 5342 629 5435 630 5445 631 5340 632 5493 633 5353 634 5513 635 5369 636 5310 637 5419 638 5365 639 5423 640 5335 641 5304 642 5357 643 5381 644 5407 645 5365 646 5337 647 5293 648 5372 649 5210 650 5337 651 5257 652 5231 653 5343 654 5327 655 5415 656 5363 657 5203 658 5402 659 5279 660 5352 661 5282 662 5397 663 5442 664 5342 665 5435 666 5268 667 5146 668 5224 669 5280 670 5286 671 5300 672 5240 673 5403 674 5380 675 5344 676 5349 677 5243 678 5317 679 5401 680 5368 681 5400 682 5438 683 5229 684 5433 685 5427 686 5351 687 5345 688 5313 689 5344 690 5388 691 5279 692 5428 693 5341 694 5258 695 5347 696 5393 697 5269 698 5411 699 5323 700 5404 701 5333 702 5340 703 5299 704 5349 705 5369 706 5173 707 5367 708 5415 709 5411 710 5354 711 5352 712 5163 713 5322 714 5230 715 5367 716 5364 717 5416 718 5273 719 5373 720 5281 721 5276 722 5297 723 5362 724 5294 725 5291 726 5213 727 5330 728 5272 729 5261 730 5361 731 5202 732 5313 733 5359 734 5297 735 5223 736 5357 737 5218 738 5326 739 5214 740 5222 741 5299 742 5255 743 5221 744 5249 745 5286 746 5292 747 5215 748 5201 749 5254 750 5193 751 5223 752 5338 753 5244 754 5288 755 5196 756 5472 757 5114 758 5294 759 5288 760 5364 761 5270 762 5245 763 5230 764 5227 765 5223 766 5220 767 5203 768 5398 769 5088 770 5237 771 5248 772 5222 773 5248 774 5372 775 5180 776 5235 777 5243 778 5376 779 5175 780 5205 781 5163 782 5256 783 5299 784 5298 785 5125 786 5310 787 5343 788 5355 789 5098 790 5195 791 5022 792 5244 793 5247 794 5251 795 5259 796 5239 797 5164 798 5047 799 5279 800 5191 801 5305 802 5040 803 5178 804 5136 805 5260 806 5243 807 5266 808 5279 809 5180 810 5195 811 5286 812 5195 813 5176 814 5111 815 5144 816 5226 817 5087 818 5156 819 5191 820 5139 821 5187 822 5225 823 5176 824 5274 825 5245 826 5281 827 5078 828 5181 829 5192 830 5211 831 5255 832 5232 833 5308 834 5254 835 5274 836 5426 837 5272 838 5216 839 5277 840 5251 841 5202 842 5232 843 5255 844 5273 845 5351 846 5261 847 5225 848 5166 849 5299 850 5336 851 5306 852 5339 853 5424 854 5292 855 5287 856 5344 857 5317 858 5349 859 5289 860 5256 861 5195 862 5294 863 5213 864 5286 865 5336 866 5302 867 5134 868 5236 869 5176 870 5323 871 5364 872 5105 873 5186 874 5280 875 5266 876 5294 877 5316 878 5337 879 5164 880 5240 881 5169 882 5146 883 5224 884 5122 885 5279 886 5344 887 5176 888 5211 889 5205 890 5084 891 5061 892 5246 893 5218 894 5041 895 5155 896 5098 897 5191 898 5078 899 5153 900 5083 901 5101 902 5279 903 5195 904 5197 905 5018 906 5145 907 5173 908 5195 909 5079 910 5157 911 5021 912 5034 913 5116 914 5023 915 5062 916 5148 917 4930 918 5072 919 5148 920 4993 921 4989 922 5034 923 5086 924 4947 925 4959 926 4987 927 5071 928 5004 929 5091 930 5069 931 4989 932 4901 933 5033 934 5026 935 5018 936 4894 937 5002 938 4927 939 4945 940 5054 941 4899 942 4805 943 4905 944 4866 945 4994 946 4834 947 4949 948 4893 949 4919 950 4804 951 4816 952 4842 953 4800 954 4876 955 4907 956 4742 957 4856 958 4780 959 4873 960 4741 961 4755 962 4835 963 4803 964 4790 965 4813 966 4789 967 4880 968 4886 969 4630 970 4701 971 4744 972 4811 973 4809 974 4769 975 4627 976 4777 977 4699 978 4775 979 4647 980 4672 981 4655 982 4616 983 4704 984 4715 985 4758 986 4770 987 4631 988 4516 989 4620 990 4656 991 4719 992 4620 993 4731 994 4645 995 4691 996 4631 997 4649 998 4666 999 4791 1000 4561 1001 4547 1002 4621 1003 4713 1004 4674 1005 4584 1006 4689 1007 4630 1008 4717 1009 4713 1010 4614 1011 4759 1012 4657 1013 4540 1014 4624 1015 4550 1016 4685 1017 4571 1018 4669 1019 4575 1020 4459 1021 4622 1022 4641 1023 4613 1024 4612 1025 4528 1026 4496 1027 4505 1028 4505 1029 4518 1030 4529 1031 4611 1032 4666 1033 4591 1034 4543 1035 4698 1036 4499 1037 4594 1038 4586 1039 4572 1040 4565 1041 4421 1042 4532 1043 4546 1044 4614 1045 4620 1046 4539 1047 4591 1048 4528 1049 4741 1050 4497 1051 4551 1052 4591 1053 4570 1054 4561 1055 4524 1056 4565 1057 4539 1058 4449 1059 4590 1060 4571 1061 4660 1062 4535 1063 4546 1064 4478 1065 4571 1066 4644 1067 4689 1068 4661 1069 4545 1070 4550 1071 4653 1072 4526 1073 4513 1074 4610 1075 4500 1076 4569 1077 4395 1078 4574 1079 4586 1080 4496 1081 4559 1082 4532 1083 4537 1084 4565 1085 4595 1086 4519 1087 4549 1088 4514 1089 4575 1090 4697 1091 4502 1092 4560 1093 4548 1094 4639 1095 4565 1096 4637 1097 4649 1098 4646 1099 4560 1100 4715 1101 4603 1102 4590 1103 4562 1104 4552 1105 4658 1106 4517 1107 4626 1108 4562 1109 4557 1110 4634 1111 4498 1112 4577 1113 4626 1114 4569 1115 4596 1116 4656 1117 4669 1118 4679 1119 4537 1120 4535 1121 4645 1122 4710 1123 4556 1124 4633 1125 4617 1126 4494 1127 4604 1128 4574 1129 4588 1130 4666 1131 4686 1132 4505 1133 4596 1134 4542 1135 4580 1136 4519 1137 4705 1138 4539 1139 4497 1140 4616 1141 4460 1142 4576 1143 4616 1144 4597 1145 4578 1146 4490 1147 4550 1148 4522 1149 4424 1150 4580 1151 4496 1152 4445 1153 4440 1154 4557 1155 4472 1156 4481 1157 4441 1158 4475 1159 4467 1160 4508 1161 4393 1162 4441 1163 4299 1164 4371 1165 4493 1166 4438 1167 4473 1168 4536 1169 4305 1170 4371 1171 4341 1172 4301 1173 4605 1174 4333 1175 4421 1176 4400 1177 4386 1178 4423 1179 4457 1180 4440 1181 4447 1182 4412 1183 4369 1184 4376 1185 4334 1186 4384 1187 4364 1188 4320 1189 4171 1190 4342 1191 4286 1192 4386 1193 4370 1194 4229 1195 4243 1196 4390 1197 4204 1198 4359 1199 4308 1200 4259 1201 4313 1202 4235 1203 4339 1204 4262 1205 4270 1206 4327 1207 4295 1208 4389 1209 4248 1210 4162 1211 4250 1212 4205 1213 4330 1214 4288 1215 4315 1216 4287 1217 4221 1218 4258 1219 4284 1220 4208 1221 4335 1222 4249 1223 4271 1224 4201 1225 4229 1226 4334 1227 4317 1228 4301 1229 4281 1230 4214 1231 4285 1232 4376 1233 4275 1234 4218 1235 4204 1236 4310 1237 4365 1238 4346 1239 4281 1240 4258 1241 4237 1242 4225 1243 4324 1244 4300 1245 4101 1246 4269 1247 4245 1248 4285 1249 4194 1250 4187 1251 4350 1252 4154 1253 4180 1254 4149 1255 4268 1256 4074 1257 4223 1258 4239 1259 4141 1260 4155 1261 4222 1262 4108 1263 4160 1264 4159 1265 4099 1266 4115 1267 4131 1268 4123 1269 4291 1270 4172 1271 3985 1272 4138 1273 4126 1274 4089 1275 4201 1276 4166 1277 4073 1278 4052 1279 4113 1280 4037 1281 4144 1282 4163 1283 4094 1284 4013 1285 4060 1286 4074 1287 4137 1288 4085 1289 3877 1290 4054 1291 4042 1292 3969 1293 4050 1294 3972 1295 4040 1296 3967 1297 3965 1298 3927 1299 4019 1300 3886 1301 4000