## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/scratch/siebrenf/hendrik/results2/qc/InsertSizeMetrics/hg38-White-Bloodcells-Morsche-MDL8-L-stimulated-1-16245.pdf INPUT=/scratch/siebrenf/hendrik/results2/final_bam/hg38-White-Bloodcells-Morsche-MDL8-L-stimulated-1-16245.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/scratch/siebrenf/hendrik/results2/qc/InsertSizeMetrics/hg38-White-Bloodcells-Morsche-MDL8-L-stimulated-1-16245.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Wed Nov 04 11:12:53 CET 2020 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 206 161 62 21 1101923 216.629824 105.839243 11832857 FR 25 49 75 99 125 155 195 307 2895 8763 47473 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 24 2 25 3 26 4 27 4 28 4 29 49 30 68 31 139 32 158 33 160 34 111 35 145 36 181 37 194 38 186 39 219 40 245 41 274 42 333 43 314 44 300 45 341 46 352 47 381 48 420 49 472 50 468 51 575 52 616 53 722 54 750 55 758 56 778 57 885 58 945 59 1067 60 1255 61 1414 62 1478 63 1663 64 1756 65 1823 66 1930 67 2050 68 2260 69 2390 70 2675 71 2947 72 3377 73 3637 74 3968 75 4320 76 4473 77 4731 78 5105 79 5445 80 5857 81 6426 82 7103 83 7734 84 8064 85 8595 86 9344 87 9910 88 10233 89 10957 90 11456 91 12563 92 13475 93 14350 94 14916 95 15919 96 16658 97 17641 98 18205 99 18796 100 19898 101 20802 102 22039 103 23255 104 24381 105 25762 106 26617 107 27617 108 28676 109 29671 110 30733 111 31741 112 32793 113 34380 114 35650 115 36754 116 38092 117 39012 118 39983 119 40553 120 41601 121 42321 122 43776 123 45596 124 46214 125 47447 126 49114 127 50264 128 51194 129 51605 130 52008 131 53053 132 53917 133 55084 134 56200 135 57239 136 58100 137 58895 138 59490 139 59083 140 59673 141 60612 142 61167 143 61251 144 61493 145 61848 146 62169 147 62519 148 63714 149 63600 150 62930 151 63523 152 63804 153 63556 154 64411 155 64762 156 64665 157 64470 158 64741 159 64580 160 64764 161 65061 162 64811 163 64268 164 64136 165 64656 166 64631 167 64392 168 64056 169 63864 170 63892 171 62879 172 62556 173 61484 174 61128 175 61326 176 60956 177 60645 178 60348 179 60221 180 60128 181 59495 182 58844 183 58576 184 58050 185 57032 186 57200 187 56780 188 56339 189 56125 190 55929 191 55413 192 54872 193 54184 194 53704 195 52910 196 53181 197 52641 198 52241 199 51995 200 51161 201 50830 202 50560 203 50119 204 49774 205 48712 206 48174 207 48177 208 47445 209 47186 210 46724 211 46141 212 45979 213 45429 214 44858 215 44634 216 44116 217 43652 218 43084 219 42816 220 42426 221 42095 222 41809 223 41065 224 40655 225 39972 226 39473 227 39365 228 38771 229 38785 230 38219 231 37818 232 37050 233 36985 234 36376 235 36288 236 35923 237 35347 238 34629 239 34528 240 34304 241 33731 242 33551 243 33242 244 32865 245 32305 246 31938 247 31623 248 31311 249 30807 250 30254 251 30317 252 29873 253 29560 254 29486 255 28712 256 28302 257 28362 258 27945 259 27423 260 27404 261 26599 262 26568 263 26394 264 25821 265 25782 266 25787 267 24990 268 25106 269 24564 270 24122 271 23805 272 23783 273 23100 274 23214 275 22704 276 22445 277 22243 278 22089 279 21736 280 21381 281 20906 282 20699 283 20346 284 20448 285 20215 286 19866 287 19538 288 19318 289 19260 290 18769 291 18555 292 18458 293 17961 294 18012 295 17676 296 17594 297 17177 298 17197 299 16656 300 16746 301 16559 302 16330 303 16323 304 15940 305 15592 306 15643 307 15145 308 15049 309 14678 310 14668 311 14356 312 14258 313 14072 314 13976 315 13834 316 13568 317 13369 318 13265 319 13153 320 12713 321 12666 322 12529 323 12432 324 12182 325 12040 326 11811 327 11697 328 11545 329 11341 330 11322 331 11039 332 10990 333 10786 334 10807 335 10545 336 10486 337 10356 338 10405 339 10211 340 9923 341 9739 342 9552 343 9460 344 9303 345 9491 346 9130 347 9043 348 8865 349 8803 350 8664 351 8623 352 8646 353 8488 354 8384 355 8234 356 8039 357 7794 358 7751 359 7823 360 7608 361 7348 362 7386 363 7343 364 7183 365 7063 366 6928 367 7052 368 6918 369 6968 370 6669 371 6714 372 6425 373 6408 374 6308 375 6204 376 6175 377 6086 378 6025 379 6006 380 5864 381 5841 382 5813 383 5672 384 5581 385 5488 386 5499 387 5484 388 5265 389 5188 390 5212 391 5062 392 5211 393 5085 394 4992 395 4892 396 4859 397 4808 398 4680 399 4664 400 4511 401 4565 402 4449 403 4425 404 4329 405 4396 406 4387 407 4164 408 4141 409 4090 410 4120 411 4036 412 3910 413 3768 414 3842 415 3809 416 3710 417 3743 418 3617 419 3689 420 3544 421 3451 422 3473 423 3325 424 3458 425 3263 426 3332 427 3244 428 3162 429 3183 430 3154 431 2988 432 3056 433 3045 434 2999 435 2886 436 2882 437 2880 438 2862 439 2811 440 2741 441 2706 442 2643 443 2674 444 2638 445 2642 446 2502 447 2517 448 2443 449 2523 450 2555 451 2403 452 2407 453 2412 454 2308 455 2292 456 2198 457 2349 458 2313 459 2260 460 2181 461 2193 462 2164 463 2208 464 2107 465 2074 466 2149 467 2135 468 1961 469 1974 470 1985 471 1955 472 1933 473 1863 474 1811 475 1877 476 1872 477 1853 478 1822 479 1800 480 1771 481 1799 482 1854 483 1782 484 1739 485 1762 486 1661 487 1587 488 1684 489 1681 490 1609 491 1556 492 1612 493 1539 494 1614 495 1530 496 1533 497 1528 498 1535 499 1508 500 1461 501 1453 502 1450 503 1455 504 1472 505 1410 506 1393 507 1415 508 1439 509 1414 510 1363 511 1374 512 1377 513 1296 514 1344 515 1268 516 1324 517 1281 518 1297 519 1339 520 1168 521 1335 522 1305 523 1284 524 1223 525 1182 526 1228 527 1187 528 1247 529 1182 530 1170 531 1188 532 1152 533 1206 534 1131 535 1207 536 1151 537 1145 538 1168 539 1157 540 1098 541 1134 542 1144 543 1143 544 1122 545 1135 546 1036 547 1088 548 1072 549 1087 550 1070 551 1073 552 1088 553 1069 554 972 555 1009 556 1006 557 1060 558 979 559 1074 560 995 561 986 562 1002 563 994 564 1034 565 1008 566 995 567 1000 568 949 569 956 570 940 571 987 572 918 573 996 574 964 575 875 576 888 577 971 578 914 579 937 580 924 581 896 582 968 583 899 584 888 585 935 586 947 587 865 588 873 589 888 590 904 591 899 592 865 593 892 594 802 595 898 596 857 597 863 598 835 599 832 600 865 601 881 602 845 603 831 604 827 605 903 606 871 607 823 608 843 609 842 610 788 611 828 612 814 613 859 614 810 615 839 616 803 617 816 618 788 619 791 620 822 621 865 622 840 623 804 624 832 625 824 626 798 627 809 628 829 629 796 630 818 631 783 632 784 633 792 634 833 635 831 636 799 637 749 638 833 639 796 640 779 641 753 642 789 643 757 644 836 645 800 646 747 647 764 648 803 649 741 650 813 651 784 652 781 653 751 654 784 655 761 656 797 657 804 658 755 659 710 660 765 661 799 662 789 663 788 664 791 665 803 666 759 667 733 668 743 669 808 670 791 671 766 672 789 673 757 674 725 675 772 676 762 677 767 678 784 679 790 680 772 681 776 682 760 683 753 684 768 685 750 686 752 687 742 688 771 689 761 690 751 691 758 692 755 693 770 694 766 695 689 696 764 697 726 698 742 699 789 700 774 701 784 702 754 703 719 704 733 705 742 706 746 707 685 708 762 709 755 710 729 711 742 712 750 713 705 714 764 715 743 716 750 717 744 718 750 719 693 720 700 721 691 722 723 723 716 724 730 725 679 726 730 727 742 728 760 729 750 730 723 731 712 732 704 733 738 734 709 735 683 736 713 737 705 738 667 739 708 740 730 741 744 742 686 743 711 744 713 745 752 746 697 747 664 748 668 749 670 750 725 751 713 752 698 753 661 754 699 755 686 756 696 757 694 758 693 759 742 760 690 761 697 762 693 763 682 764 730 765 730 766 686 767 680 768 681 769 693 770 671 771 738 772 699 773 663 774 691 775 629 776 719 777 620 778 685 779 717 780 722 781 702 782 708 783 668 784 678 785 715 786 661 787 659 788 683 789 680 790 648 791 675 792 685 793 658 794 654 795 674 796 646 797 663 798 701 799 705 800 588 801 724 802 700 803 684 804 657 805 676 806 641 807 630 808 658 809 643 810 643 811 626 812 649 813 660 814 648 815 658 816 630 817 610 818 648 819 644 820 673 821 623 822 592 823 647 824 663 825 655 826 608