| Database and Motifs | High-scoring Motif Occurences | Debugging Information | Results in TSV Format | Results in GFF3 Format |
FIMO version 5.4.1, (Release date: Sat Aug 21 19:23:23 2021 -0700)
For further information on how to interpret these results please access https://meme-suite.org/meme/doc/fimo-output-format.html.
To get a copy of the FIMO software please access https://meme-suite.org
If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble,
"FIMO: Scanning for occurrences of a given motif",
Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.
[full text]
DATABASE /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks.fasta
Database contains 8677 sequences, 5133795 residues
MOTIFS /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/meme_out/meme.xml (DNA)
| MOTIF | WIDTH | BEST POSSIBLE MATCH |
|---|---|---|
| AMWAAAAAWAHAAAA | 15 | AATAAAAAAAAAAAA |
| CCTGTAATCCCAGCW | 15 | CCTGTAATCCCAGCA |
| CCTCRGCCTCCCRAR | 15 | CCTCAGCCTCCCAAG |
| CCAGCCTGGSCAACA | 15 | CCAGCCTGGGCAACA |
| AGGTCAGGAGTTCGA | 15 | AGGTCAGGAGTTCGA |
| GYGARACCCYGTCTC | 15 | GTGAAACCCCGTCTC |
| TRGCYRGGCRTGGTG | 15 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| CRGGAGRATCRCTTG | 15 | CAGGAGGATCACTTG |
| ACTGCAACCTCCRCC | 15 | ACTGCAACCTCCGCC |
| GTGCAGTGGCRCGA | 14 | GTGCAGTGGCGCGA |
Random model letter frequencies (/scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/background):
A 0.183 C 0.317 G 0.317 T 0.183
| Motif ID | Alt ID | Sequence Name | Strand | Start | End | p-value | q-value | Matched Sequence |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | - | 6104233 | 6104247 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 8248394 | 8248408 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | - | 9788745 | 9788759 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 10373187 | 10373201 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 10381656 | 10381670 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 12682169 | 12682183 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 15250066 | 15250080 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr6 | - | 15576269 | 15576283 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 18023188 | 18023202 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr22 | - | 21002789 | 21002803 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr15 | - | 22838209 | 22838223 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | - | 23215402 | 23215416 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr13 | - | 26186928 | 26186942 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr2 | - | 26412933 | 26412947 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 28862766 | 28862780 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 31442471 | 31442485 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr5 | - | 34500072 | 34500086 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | - | 35212974 | 35212988 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 45092344 | 45092358 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr3 | - | 47284969 | 47284983 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chrX | - | 49190669 | 49190683 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | - | 50282591 | 50282605 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr12 | - | 56468016 | 56468030 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 60570307 | 60570321 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr12 | - | 64749403 | 64749417 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr12 | - | 68786700 | 68786714 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | - | 72483366 | 72483380 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr2 | - | 74186798 | 74186812 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 75428175 | 75428189 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr14 | - | 75541814 | 75541828 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 75896206 | 75896220 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 77139648 | 77139662 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr2 | - | 84908112 | 84908126 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 88803194 | 88803208 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr15 | - | 90064638 | 90064652 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | - | 99562972 | 99562986 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chrX | - | 118718436 | 118718450 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr3 | - | 128651200 | 128651214 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | - | 139188083 | 139188097 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | - | 139188402 | 139188416 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr3 | - | 155855491 | 155855505 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | - | 168725677 | 168725691 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | - | 224244622 | 224244636 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr2 | - | 230711904 | 230711918 | 3.64e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr12 | + | 950422 | 950436 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 1724215 | 1724229 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr12 | + | 2878023 | 2878037 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 4130304 | 4130318 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | + | 5173945 | 5173959 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 7012976 | 7012990 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr12 | + | 8027527 | 8027541 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | + | 9661978 | 9661992 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | + | 10209070 | 10209084 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | + | 11743409 | 11743423 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr10 | + | 12129046 | 12129060 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
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| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr8 | + | 58596779 | 58596793 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr15 | + | 64387233 | 64387247 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr15 | + | 64693922 | 64693936 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | + | 69530266 | 69530280 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | + | 72482874 | 72482888 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr2 | + | 74182686 | 74182700 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | + | 94584915 | 94584929 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | + | 101139452 | 101139466 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | + | 107841917 | 107841931 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr9 | + | 125261269 | 125261283 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr3 | + | 128651745 | 128651759 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | + | 150877113 | 150877127 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr5 | + | 172959073 | 172959087 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | + | 247373570 | 247373584 | 3.64e-09 | 0.000258 | tagccgggcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr6 | - | 3024549 | 3024563 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr6 | - | 14123248 | 14123262 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 15831120 | 15831134 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
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| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 28863081 | 28863095 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 30953687 | 30953701 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 35908672 | 35908686 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
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| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr6 | - | 36153343 | 36153357 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr22 | - | 37267658 | 37267672 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | - | 39609127 | 39609141 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 46824742 | 46824756 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 50639914 | 50639928 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 53830531 | 53830545 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 57950623 | 57950637 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr14 | - | 67766850 | 67766864 | 5.74e-09 | 0.000258 | TAGCCGGGCATGGTG |
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| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr12 | + | 31876239 | 31876253 | 2.03e-07 | 0.0022 | Tggccgggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | + | 36667353 | 36667367 | 2.03e-07 | 0.0022 | tagccgggcgtgatg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr3 | + | 50665966 | 50665980 | 2.03e-07 | 0.0022 | Tggccgggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr8 | + | 53945632 | 53945646 | 2.03e-07 | 0.0022 | Tggccgggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | + | 66672139 | 66672153 | 2.03e-07 | 0.0022 | Tggccgggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 67259771 | 67259785 | 2.03e-07 | 0.0022 | tagccgggcgtgatg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | + | 77192641 | 77192655 | 2.03e-07 | 0.0022 | tggccgggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr10 | + | 88027037 | 88027051 | 2.03e-07 | 0.0022 | Tggccgggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr3 | + | 186185949 | 186185963 | 2.03e-07 | 0.0022 | tagccgggcgtgatg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | + | 224790841 | 224790855 | 2.03e-07 | 0.0022 | tggccgggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | - | 15154171 | 15154185 | 2.12e-07 | 0.00227 | TGGCCAGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | - | 16366580 | 16366594 | 2.12e-07 | 0.00227 | TGGCCAGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | - | 38075044 | 38075058 | 2.12e-07 | 0.00227 | TGGCCAGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | - | 50282728 | 50282742 | 2.12e-07 | 0.00227 | TGGCCAGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | - | 62024756 | 62024770 | 2.12e-07 | 0.00227 | TGGCCAGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 67401220 | 67401234 | 2.12e-07 | 0.00227 | TGGCCAGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | + | 9009374 | 9009388 | 2.12e-07 | 0.00227 | tggccaggcgcggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | + | 22333169 | 22333183 | 2.12e-07 | 0.00227 | Tggccaggcgcggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | - | 26540726 | 26540740 | 2.13e-07 | 0.00228 | TGGCTGGGCATAGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr9 | - | 5626519 | 5626533 | 2.19e-07 | 0.00234 | TGGCTGGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr15 | - | 85547027 | 85547041 | 2.19e-07 | 0.00234 | TGGCTGGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 88803328 | 88803342 | 2.19e-07 | 0.00234 | TGGCTGGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 81978238 | 81978252 | 2.19e-07 | 0.00234 | Tggctgggcgcggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 16119964 | 16119978 | 2.22e-07 | 0.00236 | TAGCCGAGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr18 | - | 23594971 | 23594985 | 2.22e-07 | 0.00236 | AGGCTAGGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr20 | - | 53620938 | 53620952 | 2.22e-07 | 0.00236 | TAGCCGAGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 48101802 | 48101816 | 2.22e-07 | 0.00236 | tagccgagcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 63274530 | 63274544 | 2.22e-07 | 0.00236 | Aggctaggcatggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | + | 64779954 | 64779968 | 2.22e-07 | 0.00236 | tagccgagcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 50588754 | 50588768 | 2.26e-07 | 0.00238 | TAGCCGGGCATGATG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | - | 75535506 | 75535520 | 2.26e-07 | 0.00238 | TAGCCGGGCATGATG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr11 | - | 117843084 | 117843098 | 2.26e-07 | 0.00238 | TAGCCGGGCATGATG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr6 | + | 42546354 | 42546368 | 2.26e-07 | 0.00238 | AAgccgggcatagtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | + | 84995477 | 84995491 | 2.26e-07 | 0.00238 | tagccgggcatgatg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | - | 2535950 | 2535964 | 2.33e-07 | 0.00244 | AAGCCGGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr2 | + | 10690130 | 10690144 | 2.33e-07 | 0.00244 | AAgccgggcgcggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr14 | + | 31283266 | 31283280 | 2.33e-07 | 0.00244 | tagctagacatggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | + | 105144677 | 105144691 | 2.33e-07 | 0.00244 | AAgccgggcgcggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 1722986 | 1723000 | 2.39e-07 | 0.00248 | TGGCCAGGCACGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr20 | + | 5024938 | 5024952 | 2.39e-07 | 0.00248 | tggccaggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 12530841 | 12530855 | 2.39e-07 | 0.00248 | TGGCCAGGCACGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | + | 46374326 | 46374340 | 2.39e-07 | 0.00248 | tggccaggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr14 | - | 70692802 | 70692816 | 2.39e-07 | 0.00248 | TAGCCAGGCGTGATG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr8 | - | 73991156 | 73991170 | 2.39e-07 | 0.00248 | TGGCCAGGCACGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 78646890 | 78646904 | 2.39e-07 | 0.00248 | tggccaggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr9 | + | 107214212 | 107214226 | 2.39e-07 | 0.00248 | tagccaggcgtgatg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr3 | - | 129225667 | 129225681 | 2.39e-07 | 0.00248 | TGGCCAGGCACGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | + | 154130055 | 154130069 | 2.39e-07 | 0.00248 | Tggccaggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr5 | + | 179969706 | 179969720 | 2.39e-07 | 0.00248 | tggccaggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | + | 181042657 | 181042671 | 2.39e-07 | 0.00248 | tagccaggcgtgatg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr20 | - | 5024897 | 5024911 | 2.45e-07 | 0.00251 | TGGCTGGGCACGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 19752667 | 19752681 | 2.45e-07 | 0.00251 | TGGCTGGGCACGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr20 | + | 23103151 | 23103165 | 2.45e-07 | 0.00251 | tagctgggcgtgatg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | - | 24785740 | 24785754 | 2.45e-07 | 0.00251 | TGGCTGGGCACGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr8 | + | 29089290 | 29089304 | 2.45e-07 | 0.00251 | tagctgggcgtgatg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr21 | - | 29183705 | 29183719 | 2.45e-07 | 0.00251 | TAGCTGGGCGTGATG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | + | 66282985 | 66282999 | 2.45e-07 | 0.00251 | Tggctgggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | + | 81491377 | 81491391 | 2.45e-07 | 0.00251 | tggctgggcacggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr20 | - | 3470419 | 3470433 | 2.46e-07 | 0.00251 | TAGCCGAGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chrX | - | 40934534 | 40934548 | 2.46e-07 | 0.00251 | TAGCCGAGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 50709352 | 50709366 | 2.46e-07 | 0.00251 | TAGCCGAGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr2 | - | 64918410 | 64918424 | 2.46e-07 | 0.00251 | TAGCCGAGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 84600463 | 84600477 | 2.46e-07 | 0.00251 | TAGCCGAGCATGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr15 | + | 90188170 | 90188184 | 2.46e-07 | 0.00251 | tagccgagcatggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr16 | - | 9009326 | 9009340 | 2.48e-07 | 0.00252 | TAGCCTGGTGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | - | 84238217 | 84238231 | 2.48e-07 | 0.00252 | TAGCCTGGTGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr10 | - | 92592153 | 92592167 | 2.48e-07 | 0.00252 | TAGCCTGGTGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | - | 116151393 | 116151407 | 2.48e-07 | 0.00252 | TAGCCTGGTGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr5 | + | 151482888 | 151482902 | 2.48e-07 | 0.00252 | tagcctggtgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr7 | - | 2864666 | 2864680 | 2.6e-07 | 0.00263 | TAGCCAAGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 39959553 | 39959567 | 2.6e-07 | 0.00263 | tagccaagcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr9 | + | 112074067 | 112074081 | 2.6e-07 | 0.00263 | tagccaagcgtggtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr4 | - | 123442852 | 123442866 | 2.6e-07 | 0.00263 | TAGCCAAGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr5 | + | 139247160 | 139247174 | 2.6e-07 | 0.00263 | tagccgggcgcagtg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr19 | - | 51434265 | 51434279 | 2.62e-07 | 0.00263 | TAGCCAGGCATGATG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 73142115 | 73142129 | 2.62e-07 | 0.00263 | TAGCCAGGCATGATG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr15 | - | 78070808 | 78070822 | 2.62e-07 | 0.00263 | TAGCCAGGCATGATG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr10 | + | 97405925 | 97405939 | 2.62e-07 | 0.00263 | tagccaggcatgatg |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr12 | - | 113417109 | 113417123 | 2.62e-07 | 0.00263 | TAGCCAGGCATGATG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | - | 28506852 | 28506866 | 2.65e-07 | 0.00266 | AAGCCAGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr1 | - | 184754233 | 184754247 | 2.65e-07 | 0.00266 | AAGCCAGGCGCGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | - | 44096624 | 44096638 | 2.66e-07 | 0.00266 | TAGCTGAGCGTGGTG |
| TRGCYRGGCRTGGTG | MEME-7 | chr17 | + | 67259398 | 67259412 | 2.66e-07 | 0.00266 | tagctgagcgtggtg |
Command line:
fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/fimo_out_7 --bgfile /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/background --motif TRGCYRGGCRTGGTG /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/meme_out/meme.xml /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks.fasta
Settings:
| output_directory = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/fimo_out_7 | MEME file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/meme_out/meme.xml | sequence file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks.fasta |
| background file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d6_LPS_TRIM1_8_peaks/background | alphabet = DNA | max stored scores = 100000 |
| allow clobber = true | compute q-values = true | parse genomic coord. = true |
| text only = false | scan both strands = true | max strand = false |
| threshold type = p-value | output theshold = 0.0001 | pseudocount = 0.1 |
| alpha = 1 | verbosity = 1 |
This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.