Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information Results in TSV Format Results in GFF3 Format



FIMO - Motif search tool

FIMO version 5.4.1, (Release date: Sat Aug 21 19:23:23 2021 -0700)

For further information on how to interpret these results please access https://meme-suite.org/meme/doc/fimo-output-format.html.
To get a copy of the FIMO software please access https://meme-suite.org

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks.fasta
Database contains 14321 sequences, 7583014 residues

MOTIFS /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
AAAAAWAMAAAAAWW 15 AAAAATACAAAAATT
RKWGCTGGGATTACA 15 AGTGCTGGGATTACA
TGTTGSCCAGGCTGG 15 TGTTGCCCAGGCTGG
GTAGAGAYRGGGTTT 15 GTAGAGACGGGGTTT
GCCTCRGCCTCCCAA 15 GCCTCAGCCTCCCAA
GCYGGGCRTGGTGGC 15 GCCGGGCGTGGTGGC
AACTCCTGRSCTCAR 15 AACTCCTGACCTCAA
TCTYRGCTCACTGCA 15 TCTCGGCTCACTGCA
GGCGGSGGCGGSGGC 15 GGCGGCGGCGGCGGC
TCRYGCCACTGCACT 15 TCGCGCCACTGCACT

Random model letter frequencies (/scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/background):
A 0.188 C 0.312 G 0.312 T 0.188


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr5 - 361139 361153 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 + 610845 610859 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 690711 690725 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 + 1607451 1607465 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 1722813 1722827 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 1722947 1722961 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 1723145 1723159 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 1723281 1723295 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 1723731 1723745 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr8 + 1747573 1747587 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 1896137 1896151 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 + 2112801 2112815 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 2246978 2246992 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 2247109 2247123 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 2439358 2439372 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 - 3791045 3791059 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr11 + 3894850 3894864 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 - 4143416 4143430 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 4725236 4725250 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 4812671 4812685 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr20 - 5089909 5089923 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 6088457 6088471 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 6111222 6111236 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr7 + 6374201 6374215 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 - 7167598 7167612 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 - 7254505 7254519 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 7545273 7545287 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 7552575 7552589 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 7656151 7656165 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 8248507 8248521 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 + 8541620 8541634 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr11 + 8704948 8704962 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr11 + 9631648 9631662 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 9644408 9644422 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 + 9951586 9951600 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr3 + 10016159 10016173 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 10112694 10112708 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 10127135 10127149 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 + 10129729 10129743 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 + 10132144 10132158 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr5 - 10268119 10268133 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 10304507 10304521 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 10306224 10306238 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 10345638 10345652 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 10373449 10373463 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 10373577 10373591 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr2 - 10690169 10690183 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr18 + 10792058 10792072 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 + 10964742 10964756 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 11568954 11568968 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 - 11743448 11743462 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 - 11823935 11823949 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 - 11855196 11855210 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr8 + 11886786 11886800 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 - 12034901 12034915 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr3 - 12325042 12325056 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr3 - 12325311 12325325 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr8 - 12767183 12767197 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr3 - 13414993 13415007 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr3 - 13452403 13452417 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 + 14123345 14123359 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 14783004 14783018 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr5 + 14810405 14810419 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 + 14876792 14876806 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 15250164 15250178 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 + 15535428 15535442 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 - 15955246 15955260 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 16119317 16119331 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 16269008 16269022 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 + 16904257 16904271 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr7 - 17059755 17059769 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 17172719 17172733 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 17266465 17266479 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr5 - 17383024 17383038 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 17524000 17524014 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 18023283 18023297 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 18044701 18044715 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 18170098 18170112 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 + 18331410 18331424 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 18966968 18966982 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr9 - 19183921 19183935 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 19203767 19203781 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 19373463 19373477 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 - 19463770 19463784 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr20 - 19876660 19876674 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 + 19907911 19907925 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr8 - 19963191 19963205 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 20424030 20424044 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 20597331 20597345 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 - 21173825 21173839 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 - 21589937 21589951 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 + 22018924 22018938 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr7 + 23346704 23346718 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 23881364 23881378 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr4 - 24976468 24976482 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 - 25049140 25049154 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 - 25072095 25072109 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 - 25174545 25174559 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 + 25860402 25860416 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 26581893 26581907 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 26582027 26582041 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 27001594 27001608 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr7 - 27340810 27340824 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr7 - 27697452 27697466 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 28123109 28123123 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 + 28590832 28590846 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr21 + 29183806 29183820 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr22 - 29385276 29385290 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 29618187 29618201 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 30728073 30728087 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 + 30793629 30793643 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 30808534 30808548 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 30808839 30808853 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 31157586 31157600 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr21 + 31175189 31175203 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr21 + 31175710 31175724 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 - 31686335 31686349 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 - 31737314 31737328 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 + 31832237 31832251 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 - 31876086 31876100 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 + 31906145 31906159 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 + 31906278 31906292 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 + 31930193 31930207 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 32067159 32067173 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr18 - 32085591 32085605 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr2 - 32264324 32264338 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 32331094 32331108 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr3 - 32517047 32517061 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr11 - 33052746 33052760 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 33332851 33332865 2.05e-09 7.2e-05 GCCTCAGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 + 33375944 33375958 2.05e-09 7.2e-05 gcctcagcctcccaa
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GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr9 - 108643503 108643517 6.71e-09 0.000117 GCCTCGGCCTCCCAA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 - 112109272 112109286 6.71e-09 0.000117 GCCTCGGCCTCCCAA
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GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr13 + 48174825 48174839 6.71e-09 0.000117 gcctcggcctcccaa
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GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr8 + 54283164 54283178 6.71e-09 0.000117 gcctcggcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 + 55325706 55325720 6.71e-09 0.000117 gcctcggcctcccaa
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GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr2 + 55519353 55519367 6.71e-09 0.000117 gcctcggcctcccaa
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GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 78199619 78199633 6.71e-09 0.000117 gcctcggcctcccaa
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 80093429 80093443 6.71e-09 0.000117 gcctcggcctcccaa
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GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr21 + 29019641 29019655 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 - 30473323 30473337 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 + 30515853 30515867 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chrX - 30578363 30578377 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chrX - 30613284 30613298 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr13 + 30663048 30663062 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 - 31128435 31128449 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr22 + 31159821 31159835 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 - 31400522 31400536 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr16 + 31442432 31442446 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 - 31494718 31494732 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr20 + 31524825 31524839 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 - 31750066 31750080 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 + 31832482 31832496 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 - 31889177 31889191 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr20 - 32112584 32112598 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 - 32141081 32141095 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr12 + 32485552 32485566 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 33461966 33461980 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr6 - 34371356 34371370 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 - 35488099 35488113 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr20 - 35743968 35743982 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 35865631 35865645 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr22 + 36481821 36481835 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr20 - 36757246 36757260 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr20 - 36957739 36957753 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr20 + 37006312 37006326 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr9 - 37592827 37592841 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr22 + 37849098 37849112 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr7 - 38256826 38256840 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 + 39883781 39883795 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr2 + 40042442 40042456 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr4 - 40574740 40574754 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chrX - 41317381 41317395 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr21 + 41927582 41927596 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr21 - 42098658 42098672 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 - 42249283 42249297 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr15 + 42494627 42494641 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr5 + 43008468 43008482 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr22 - 43188045 43188059 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 43362086 43362100 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 43368506 43368520 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr7 + 43573245 43573259 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr21 - 43789162 43789176 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr1 - 43834051 43834065 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr17 + 44795345 44795359 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr20 + 44978910 44978924 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr15 - 45022885 45022899 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr2 - 45610818 45610832 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr13 - 46177530 46177544 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr19 - 47325053 47325067 1.26e-08 0.000164 GCCTCAGCCTCCCGA
GCCTCRGCCTCCCAA MEME-5 chr8 + 47370558 47370572 1.26e-08 0.000164 gcctcagcctcccga

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/fimo_out_5 --bgfile /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/background --motif GCCTCRGCCTCCCAA /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/meme_out/meme.xml /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks.fasta

Settings:

output_directory = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/fimo_out_5 MEME file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/meme_out/meme.xml sequence file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks.fasta
background file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/NewMemeChip/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_1_peaks/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

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