Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information Results in TSV Format Results in GFF3 Format



FIMO - Motif search tool

FIMO version 5.4.1, (Release date: Sat Aug 21 19:23:23 2021 -0700)

For further information on how to interpret these results please access https://meme-suite.org/meme/doc/fimo-output-format.html.
To get a copy of the FIMO software please access https://meme-suite.org

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks.fasta
Database contains 10056 sequences, 5879343 residues

MOTIFS /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TMWAHWAAAAAWAMAAAAAW 20 TCTAAAAAAAAAAAAAAAAA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA 20 CTCCCAAATAGCTGGGATTA
TCRCYMTGTTGSCCAGGCTG 20 TCACCATGTTGCCCAGGCTG
YTCAAGYGATYCTCCYGCCT 20 CTCAAGTGATCCTCCTGCCT
ATCTYRGCTCACTGCAACCT 20 ATCTCGGCTCACTGCAACCT
CRTGMGCCACCAYGCCYGGC 20 CGTGAGCCACCACGCCCGGC
GGCGGSGGCGGCGGCG 16 GGCGGCGGCGGCGGCG
YYCYCCTCCYYYCCYYCCYC 20 CCCCCCTCCCTCCCTCCCTC
AGGAGTTCRAGA 12 AGGAGTTCGAGA
GCCACTGCACTC 12 GCCACTGCACTC

Random model letter frequencies (/scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/background):
A 0.193 C 0.307 G 0.307 T 0.193


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr2 - 215755250 215755269 3.34e-13 3.09e-08 CTCCCAAATAGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr3 + 10016167 10016186 3.34e-13 3.09e-08 ctcccaaatagctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr8 + 48008041 48008060 3.34e-13 3.09e-08 ctcccaaatagctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr6 + 56003385 56003404 3.34e-13 3.09e-08 ctcccaaatagctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr2 + 68537487 68537506 3.34e-13 3.09e-08 ctcccaaatagctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 8353698 8353717 6.69e-13 3.09e-08 CTCCCAAATTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr1 - 44664193 44664212 6.69e-13 3.09e-08 CTCCCAAATTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 72211737 72211756 6.69e-13 3.09e-08 CTCCCAAATTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr12 - 121991736 121991755 6.69e-13 3.09e-08 CTCCCAAATTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr5 - 178534523 178534542 6.69e-13 3.09e-08 CTCCCAAATTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 7544366 7544385 1.2e-12 3.09e-08 ctcccaaagagctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr18 - 54261556 54261575 1.2e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGAGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr5 + 150478305 150478324 1.2e-12 3.09e-08 ctcccaaagagctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 - 1187958 1187977 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 - 1188293 1188312 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 + 1208025 1208044 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 + 1214139 1214158 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr11 + 1851315 1851334 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 1895977 1895996 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr20 + 1946331 1946350 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr7 - 2820451 2820470 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr20 - 2900598 2900617 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 3168885 3168904 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr20 + 3419925 3419944 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr18 + 3596414 3596433 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 - 3790897 3790916 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr20 - 3810892 3810911 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 3811709 3811728 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr11 + 3895003 3895022 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr11 - 4057613 4057632 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 - 4143269 4143288 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr20 + 4319866 4319885 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 4470974 4470993 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 + 4726433 4726452 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr7 - 4745646 4745665 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 5173837 5173856 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 - 5234013 5234032 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 - 5307061 5307080 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr9 - 5626590 5626609 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr20 - 5647742 5647761 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr10 + 5862157 5862176 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 5947056 5947075 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr12 - 6166588 6166607 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr7 + 6546331 6546350 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr6 + 6718725 6718744 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr7 - 7259215 7259234 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 + 7553303 7553322 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 7656398 7656417 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 7952315 7952334 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 + 8017948 8017967 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 + 8248515 8248534 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 8353467 8353486 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 8517161 8517180 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr8 + 8934524 8934543 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr8 - 8934624 8934643 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 9009400 9009419 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 9078110 9078129 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr1 - 9163445 9163464 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr3 + 9362418 9362437 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr11 + 9418323 9418342 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr1 + 9645273 9645292 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr1 - 9950831 9950850 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 10111854 10111873 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr3 - 10231869 10231888 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 10346305 10346324 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 10410303 10410322 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr1 + 10484292 10484311 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 + 11371212 11371231 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 + 11371522 11371541 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 11376242 11376261 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 11551563 11551582 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 11567196 11567215 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr1 - 11708354 11708373 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 12034753 12034772 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr12 - 12518257 12518276 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr3 - 12729993 12730012 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr11 + 12889976 12889995 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr12 + 12992458 12992477 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr6 - 13527440 13527459 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr10 - 13873989 13874008 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr3 + 14155812 14155831 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 14357241 14357260 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr11 + 14613508 14613527 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr5 + 14810413 14810432 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 + 15024665 15024684 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr1 - 15276543 15276562 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr3 - 15577227 15577246 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr3 - 15577841 15577860 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 15590299 15590318 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 16119459 16119478 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 16149835 16149854 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 16150282 16150301 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 - 16536211 16536230 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr5 + 16630278 16630297 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 17091449 17091468 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr5 - 17119205 17119224 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr5 - 17119591 17119610 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr7 - 17235305 17235324 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 - 17254554 17254573 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr20 - 17916974 17916993 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 18023291 18023310 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 - 18169951 18169970 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 18181650 18181669 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr11 - 18315358 18315377 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr6 + 18329312 18329331 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr19 + 18365598 18365617 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 + 19522064 19522083 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr17 + 19545446 19545465 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr8 - 19974581 19974600 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr7 - 20301134 20301153 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr1 - 20597191 20597210 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr9 - 21032052 21032071 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr18 + 21182427 21182446 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 21540055 21540074 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 21540351 21540370 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 + 21560223 21560242 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 21589924 21589943 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr22 + 21773502 21773521 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 22607696 22607715 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr7 + 23217228 23217247 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
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CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr20 - 34221852 34221871 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
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CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr5 + 42721178 42721197 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr5 - 43018598 43018617 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr2 - 43159403 43159422 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
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CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr2 - 62039998 62040017 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
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CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr15 + 64985003 64985022 1.73e-12 3.09e-08 ctcccaaagtgctgggatta
CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr14 - 65043565 65043584 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
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CTCCCAARKWGCTGGGATTA MEME-2 chr16 - 68189806 68189825 1.73e-12 3.09e-08 CTCCCAAAGTGCTGGGATTA
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DEBUGGING INFORMATION

Command line:

fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/fimo_out_2 --bgfile /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/background --motif CTCCCAARKWGCTGGGATTA /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/meme_out/meme.xml /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks.fasta

Settings:

output_directory = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/fimo_out_2 MEME file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/meme_out/meme.xml sequence file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks.fasta
background file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d1_LPS_TRIM1_5_peaks/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

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