Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information Results in TSV Format Results in GFF3 Format



FIMO - Motif search tool

FIMO version 5.4.1, (Release date: Sat Aug 21 19:23:23 2021 -0700)

For further information on how to interpret these results please access https://meme-suite.org/meme/doc/fimo-output-format.html.
To get a copy of the FIMO software please access https://meme-suite.org

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks.fasta
Database contains 15721 sequences, 8350465 residues

MOTIFS /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
WAMWAAAAAWAMAAAAAHWW 20 TACAAAAAATAAAAAAAAAA
GTAATCCCAGCWMYTYGGGA 20 GTAATCCCAGCACTTTGGGA
CTCGAMCTCCTGRSCTCAAG 20 CTCGAACTCCTGACCTCAAG
AACATGGTGAAACCCCRTCT 20 AACATGGTGAAACCCCGTCT
AGGCRTGMGCCACCRYGCCC 20 AGGCGTGAGCCACCACGCCC
ATYCTCCYGCCTCRGC 16 ATCCTCCTGCCTCAGC
TTGCAGTGAGCCGAGATCRY 20 TTGCAGTGAGCCGAGATCGC
CSCCGCCGCCGCCGCC 16 CGCCGCCGCCGCCGCC
GCCACTGCACTCCAGCCTGG 20 GCCACTGCACTCCAGCCTGG
CCSBSCBCSBCCYCCBCCCC 20 CCCGCCTCGGCCCCCTCCCC

Random model letter frequencies (/scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/background):
A 0.196 C 0.304 G 0.304 T 0.196


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr9 + 272625 272640 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 7491756 7491771 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 7705543 7705558 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 8638947 8638962 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chrX + 9982124 9982139 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 10114166 10114181 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr3 + 11289798 11289813 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr16 + 11370269 11370284 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr16 + 11598136 11598151 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 + 11886778 11886793 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 + 15829744 15829759 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr16 + 21651398 21651413 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 + 28647413 28647428 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr16 + 29746836 29746851 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 + 38804706 38804721 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr13 + 41032456 41032471 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 + 50034487 50034502 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 + 57430838 57430853 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr3 + 57983201 57983216 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 74520596 74520611 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 + 108638084 108638099 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 + 125697761 125697776 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr9 + 136539492 136539507 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 + 201157477 201157492 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 + 226663623 226663638 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 + 239465584 239465599 3.82e-10 1.65e-05 atcctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 2095068 2095083 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 17139074 17139089 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 17561102 17561117 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 - 28111893 28111908 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr13 - 30107901 30107916 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr13 - 30108036 30108051 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 - 30529001 30529016 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr22 - 37590770 37590785 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr13 - 41053116 41053131 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr15 - 45455767 45455782 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 47364504 47364519 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 47364635 47364650 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr13 - 50221898 50221913 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 - 56000669 56000684 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr16 - 66526512 66526527 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 - 68273473 68273488 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chrX - 71111154 71111169 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 - 71889783 71889798 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr15 - 75073065 75073080 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 - 75623959 75623974 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 75738875 75738890 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 78285064 78285079 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr13 - 95715158 95715173 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr11 - 108236430 108236445 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 - 109384153 109384168 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr13 - 110521666 110521681 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr12 - 113141824 113141839 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr9 - 114373641 114373656 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr11 - 118011589 118011604 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 - 137773639 137773654 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 - 151692097 151692112 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 - 158870541 158870556 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 - 167048427 167048442 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 - 218368495 218368510 3.82e-10 1.65e-05 ATCCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chrUn_KI270742v1 - 15697 15712 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr12 + 610837 610852 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 611117 611132 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr4 + 699281 699296 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 - 929189 929204 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 1022000 1022015 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 + 1055912 1055927 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 1463085 1463100 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 1576968 1576983 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 + 1607443 1607458 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 - 1756381 1756396 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 - 1909588 1909603 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 - 2210553 2210568 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 - 2247116 2247131 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 + 2301804 2301819 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 2438605 2438620 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 2550321 2550336 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr4 + 2764588 2764603 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 - 2772457 2772472 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 - 2773459 2773474 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 - 2796565 2796580 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr16 - 2869003 2869018 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 - 2875755 2875770 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 2945713 2945728 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 + 2982220 2982235 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 + 3024502 3024517 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 3142769 3142784 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr18 + 3177575 3177590 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr18 + 3596263 3596278 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 - 3811050 3811065 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr11 + 3893760 3893775 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 4003013 4003028 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 4143423 4143438 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 4541450 4541465 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 4559091 4559106 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 4563179 4563194 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 4725092 4725107 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 4765770 4765785 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 4767379 4767394 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 4845739 4845754 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 4976146 4976161 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr3 + 5012897 5012912 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 5233476 5233491 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 5611739 5611754 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 - 5646424 5646439 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 - 5647898 5647913 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 + 5653729 5653744 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 + 5655100 5655115 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr11 + 5700738 5700753 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 + 6104186 6104201 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 6111229 6111244 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr12 + 6168286 6168301 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 + 6255228 6255243 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 - 6382770 6382785 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 + 6423691 6423706 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 6651018 6651033 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr4 - 6807965 6807980 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 + 6868776 6868791 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr4 - 6886942 6886957 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 7013022 7013037 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 7121169 7121184 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 7121663 7121678 6.29e-10 1.65e-05 attctcctgcctcagc
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ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 7131868 7131883 6.29e-10 1.65e-05 ATTCTCCTGCCTCAGC
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ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 - 110157639 110157654 6.02e-09 0.000107 ATTCTCCCACCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr9 - 111078105 111078120 6.02e-09 0.000107 ATTCTCCCACCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 - 111575121 111575136 6.02e-09 0.000107 ATTCTCCCACCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 - 140543034 140543049 6.02e-09 0.000107 ATTCTCCCACCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 + 141140015 141140030 6.02e-09 0.000107 attctcccacctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 - 142866829 142866844 6.02e-09 0.000107 ATTCTCCCACCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 + 30781356 30781371 6.81e-09 0.00012 atccacctacctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr9 - 87792481 87792496 6.81e-09 0.00012 ATCCACCTACCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr4 - 81493868 81493883 6.92e-09 0.000122 ATTCTCCTACCTTAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr15 - 82945867 82945882 6.92e-09 0.000122 ATTCTCCTACCTTAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 - 32819567 32819582 7.7e-09 0.000136 ATCCTCCCGCCTTAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 - 928264 928279 9.21e-09 0.000155 ATCCTCCCGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 1607954 1607969 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 + 8248499 8248514 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 11092677 11092692 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 + 23897113 23897128 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 + 25030506 25030521 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 - 25363132 25363147 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 - 28531932 28531947 9.21e-09 0.000155 ATCCTCCCGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr21 + 29183798 29183813 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 + 33489296 33489311 9.21e-09 0.000155 atcctcccgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 - 35615614 35615629 9.21e-09 0.000155 ATCCTCCCGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 - 37005171 37005186 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr22 - 38193339 38193354 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr21 + 39349956 39349971 9.21e-09 0.000155 atcctcccgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr22 - 42616048 42616063 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr5 + 43008594 43008609 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 + 45462864 45462879 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 47382742 47382757 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 + 47728884 47728899 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 - 47975164 47975179 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 59804376 59804391 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 + 62045687 62045702 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr15 - 64090105 64090120 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr11 + 65614913 65614928 9.21e-09 0.000155 atcctcccgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 + 66741770 66741785 9.21e-09 0.000155 atcctcccgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 + 71359147 71359162 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr13 - 76799196 76799211 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr4 - 81491423 81491438 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr4 + 83317137 83317152 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr12 + 94675661 94675676 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr9 - 99633872 99633887 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 - 111606318 111606333 9.21e-09 0.000155 ATCCTCCCGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 + 112701572 112701587 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 - 124824816 124824831 9.21e-09 0.000155 ATCCTCCCGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr3 - 125155534 125155549 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr5 + 126762866 126762881 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 - 129958828 129958843 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr9 + 132373253 132373268 9.21e-09 0.000155 atcctcccgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr3 - 138744154 138744169 9.21e-09 0.000155 ATCCACCCGCCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 + 150612654 150612669 9.21e-09 0.000155 atcctcccgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr3 + 197949580 197949595 9.21e-09 0.000155 atcctcccgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 + 222708322 222708337 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 + 233084293 233084308 9.21e-09 0.000155 atccacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 33373197 33373212 1.04e-08 0.000175 attctcccgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 + 216486294 216486309 1.04e-08 0.000175 attcacccgcctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 + 3874926 3874941 1.11e-08 0.000182 atcctcctgccttggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 - 6402159 6402174 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 7491896 7491911 1.11e-08 0.000182 atcctcctgccttggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 9675480 9675495 1.11e-08 0.000182 ATCCACCTGCCTTAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 - 10283882 10283897 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr16 + 11640012 11640027 1.11e-08 0.000182 atccacctgccttagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 - 29658653 29658668 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr22 - 35589695 35589710 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr22 + 39961192 39961207 1.11e-08 0.000182 atcctcctgccttggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr1 + 40712940 40712955 1.11e-08 0.000182 atcctcctgccttggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr20 + 51632320 51632335 1.11e-08 0.000182 atcctcctgccttggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr7 - 56000830 56000845 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 - 66123618 66123633 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr14 - 89484914 89484929 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 - 98455101 98455116 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr5 - 100668001 100668016 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 - 100901243 100901258 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr2 - 128169133 128169148 1.11e-08 0.000182 ATCCTCCTGCCTTGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 + 130318320 130318335 1.11e-08 0.000182 atcctcctgccttggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr11 - 47514755 47514770 1.12e-08 0.000184 ATCTTCCTACCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 - 112389991 112390006 1.12e-08 0.000184 ATCTTCCTACCTCAGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr9 + 129470817 129470832 1.12e-08 0.000184 atcttcctacctcagc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr11 - 270086 270101 1.18e-08 0.000187 ATCCACCTGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 + 1180178 1180193 1.18e-08 0.000187 atccacctgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr3 + 5013032 5013047 1.18e-08 0.000187 atccacctgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr17 - 7095362 7095377 1.18e-08 0.000187 ATCCACCTGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 7488562 7488577 1.18e-08 0.000187 ATCCACCTGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr8 - 8662218 8662233 1.18e-08 0.000187 ATCCACCTGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 + 12264162 12264177 1.18e-08 0.000187 atccacctgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 - 13383989 13384004 1.18e-08 0.000187 ATCCACCTGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 14382625 14382640 1.18e-08 0.000187 ATCCACCTGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr22 + 30442920 30442935 1.18e-08 0.000187 atccacctgcctcggc
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr21 - 34200912 34200927 1.18e-08 0.000187 ATCCACCTGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr19 - 39404417 39404432 1.18e-08 0.000187 ATCCACCTGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr10 - 43139958 43139973 1.18e-08 0.000187 ATCCACCTGCCTCGGC
ATYCTCCYGCCTCRGC MEME-6 chr6 + 43384474 43384489 1.18e-08 0.000187 atccacctgcctcggc

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/fimo_out_6 --bgfile /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/background --motif ATYCTCCYGCCTCRGC /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/meme_out/meme.xml /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks.fasta

Settings:

output_directory = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/fimo_out_6 MEME file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/meme_out/meme.xml sequence file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks.fasta
background file name = /scratch/jngalang/MotifAnalysis/MemeChipOutput/GRCh38-107_AZ_exp1_d0_TRIM1_0_peaks/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

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