## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_TA1uM_1.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_TA1uM_1.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_TA1uM_1.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 03:54:23 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 241 148 117 17 853337 284.930498 259.342054 13774444 FR 49 97 141 187 235 295 659 2807 8413 17161 64543 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 17 1 22 3 23 1 24 1 25 6 26 6 27 13 28 179 29 279 30 367 31 855 32 930 33 814 34 905 35 1010 36 1221 37 1355 38 1601 39 1744 40 2004 41 2286 42 2527 43 2701 44 2788 45 3089 46 3444 47 3760 48 4032 49 4380 50 4717 51 5032 52 5488 53 5926 54 6213 55 6500 56 7039 57 7447 58 8052 59 8451 60 9021 61 9685 62 10164 63 10729 64 11175 65 11655 66 12174 67 12837 68 13559 69 13993 70 14785 71 15599 72 15922 73 16720 74 17456 75 17960 76 18844 77 19001 78 19629 79 20657 80 21360 81 21831 82 22575 83 23551 84 23856 85 25071 86 25298 87 25731 88 26490 89 26908 90 27743 91 28905 92 29297 93 29769 94 30426 95 31127 96 31527 97 32373 98 32387 99 33029 100 33989 101 34273 102 34928 103 35834 104 36090 105 36586 106 37384 107 37317 108 38200 109 38536 110 39028 111 39389 112 40183 113 40836 114 41088 115 41304 116 41999 117 42092 118 42992 119 43109 120 42854 121 43965 122 44370 123 44952 124 44790 125 45252 126 45408 127 46222 128 46241 129 46389 130 46664 131 46870 132 46934 133 47702 134 47652 135 48142 136 48416 137 48495 138 48322 139 48555 140 48719 141 48815 142 49349 143 48866 144 48948 145 49436 146 49305 147 49562 148 49939 149 49013 150 49282 151 49562 152 49537 153 49468 154 49289 155 49561 156 49309 157 49283 158 49159 159 49325 160 49576 161 48834 162 48472 163 48769 164 48765 165 48753 166 48863 167 48857 168 48080 169 47895 170 47586 171 47493 172 47589 173 47142 174 46992 175 46923 176 46103 177 46467 178 46421 179 45661 180 45944 181 45989 182 45277 183 45069 184 44963 185 45109 186 44317 187 43934 188 44207 189 43325 190 43203 191 42878 192 42638 193 42571 194 42240 195 42117 196 41471 197 41143 198 41094 199 40725 200 40378 201 40455 202 40092 203 39695 204 39537 205 39026 206 38465 207 38367 208 38516 209 37891 210 37402 211 37197 212 37027 213 36522 214 36507 215 35999 216 35823 217 35671 218 35334 219 34776 220 34654 221 34134 222 34217 223 33643 224 33283 225 33067 226 32733 227 32441 228 32359 229 31716 230 31699 231 30938 232 30971 233 30694 234 30581 235 30292 236 29779 237 29765 238 29358 239 29050 240 28632 241 28195 242 28202 243 27583 244 27746 245 27740 246 27101 247 26962 248 26505 249 26213 250 25705 251 25616 252 25569 253 25197 254 25125 255 25092 256 24598 257 24265 258 23818 259 23845 260 23219 261 23477 262 22890 263 22900 264 22593 265 22444 266 22277 267 21837 268 21521 269 21432 270 21239 271 20850 272 20741 273 20382 274 20319 275 20178 276 19889 277 19746 278 19467 279 19185 280 19225 281 18840 282 18578 283 18458 284 18347 285 18256 286 17887 287 17678 288 17576 289 17411 290 17322 291 17132 292 16919 293 16907 294 16221 295 16247 296 16165 297 16089 298 15619 299 15671 300 15393 301 15147 302 15087 303 14568 304 14698 305 14434 306 14318 307 14149 308 14214 309 13793 310 13813 311 13633 312 13595 313 13436 314 13315 315 12919 316 13132 317 12914 318 12642 319 12792 320 12568 321 12453 322 12012 323 12014 324 12034 325 11854 326 11602 327 11472 328 11603 329 11210 330 11062 331 11155 332 10772 333 10700 334 10554 335 10483 336 10612 337 10206 338 10305 339 10217 340 10016 341 9953 342 9677 343 9639 344 9610 345 9457 346 9334 347 9297 348 9072 349 9010 350 9067 351 8958 352 8765 353 8749 354 8633 355 8545 356 8378 357 8482 358 8404 359 8128 360 8181 361 8183 362 7857 363 7940 364 7867 365 7678 366 7505 367 7613 368 7504 369 7208 370 7316 371 7274 372 7199 373 7180 374 7054 375 6955 376 6843 377 6871 378 6830 379 6685 380 6739 381 6710 382 6555 383 6459 384 6388 385 6362 386 6232 387 6186 388 6030 389 5999 390 5940 391 6025 392 5926 393 5847 394 5963 395 5738 396 5878 397 5575 398 5580 399 5682 400 5474 401 5486 402 5426 403 5363 404 5278 405 5335 406 5293 407 5197 408 5183 409 5145 410 4944 411 4980 412 4964 413 4840 414 4928 415 4886 416 4800 417 4756 418 4669 419 4746 420 4522 421 4649 422 4616 423 4450 424 4371 425 4399 426 4436 427 4351 428 4327 429 4215 430 4135 431 4110 432 4222 433 4179 434 4135 435 3948 436 4028 437 3968 438 3930 439 3939 440 3770 441 3751 442 3813 443 3721 444 3726 445 3769 446 3738 447 3676 448 3672 449 3630 450 3663 451 3686 452 3421 453 3551 454 3473 455 3465 456 3451 457 3484 458 3341 459 3437 460 3399 461 3432 462 3275 463 3271 464 3201 465 3282 466 3241 467 3260 468 3165 469 3260 470 3219 471 3083 472 3080 473 3046 474 2989 475 3038 476 3025 477 3135 478 3027 479 2967 480 2860 481 2896 482 2941 483 2947 484 2853 485 2856 486 2943 487 2871 488 2807 489 2747 490 2837 491 2826 492 2727 493 2736 494 2839 495 2648 496 2773 497 2655 498 2614 499 2676 500 2485 501 2727 502 2597 503 2692 504 2655 505 2610 506 2550 507 2593 508 2581 509 2600 510 2518 511 2515 512 2548 513 2433 514 2510 515 2421 516 2452 517 2437 518 2417 519 2504 520 2448 521 2380 522 2424 523 2390 524 2337 525 2374 526 2241 527 2433 528 2312 529 2336 530 2286 531 2380 532 2285 533 2351 534 2330 535 2264 536 2295 537 2343 538 2263 539 2250 540 2212 541 2206 542 2309 543 2201 544 2262 545 2304 546 2195 547 2240 548 2203 549 2235 550 2161 551 2254 552 2179 553 2204 554 2149 555 2118 556 2091 557 2125 558 2111 559 2097 560 2121 561 2073 562 2112 563 2114 564 2069 565 2085 566 2068 567 2044 568 2147 569 2061 570 2135 571 2022 572 2010 573 2013 574 2077 575 2022 576 2042 577 1996 578 1942 579 2093 580 1961 581 1970 582 1993 583 1990 584 2021 585 2042 586 1982 587 1994 588 2048 589 1937 590 1969 591 1963 592 2023 593 2039 594 1981 595 1930 596 1920 597 1916 598 1888 599 1953 600 2037 601 2089 602 1953 603 1888 604 1931 605 2001 606 1908 607 1884 608 1952 609 1872 610 1842 611 1820 612 1908 613 1870 614 1877 615 1864 616 1852 617 1851 618 1917 619 1826 620 1942 621 1960 622 1885 623 1876 624 1822 625 1868 626 1845 627 1800 628 1859 629 1793 630 1895 631 1845 632 1857 633 1942 634 1929 635 1887 636 1864 637 1949 638 1934 639 1864 640 1827 641 1918 642 1874 643 1906 644 1859 645 1885 646 1833 647 1853 648 1841 649 1895 650 1788 651 1897 652 1841 653 1830 654 1872 655 1882 656 1813 657 1852 658 1797 659 1912 660 1872 661 1861 662 1821 663 1848 664 1890 665 1886 666 1934 667 1824 668 1900 669 1861 670 1935 671 1836 672 1825 673 1878 674 1810 675 1908 676 1887 677 1852 678 1832 679 1896 680 1858 681 1866 682 1842 683 1888 684 1874 685 1882 686 1839 687 1761 688 1899 689 1808 690 1883 691 1785 692 1900 693 1863 694 1815 695 1878 696 1839 697 1806 698 1815 699 1824 700 1851 701 1807 702 1851 703 1811 704 1849 705 1794 706 1788 707 1805 708 1814 709 1745 710 1913 711 1803 712 1783 713 1845 714 1704 715 1764 716 1908 717 1817 718 1817 719 1793 720 1746 721 1760 722 1821 723 1820 724 1846 725 1933 726 1760 727 1732 728 1677 729 1807 730 1792 731 1775 732 1746 733 1813 734 1807 735 1770 736 1717 737 1708 738 1698 739 1717 740 1748 741 1680 742 1772 743 1717 744 1717 745 1758 746 1718 747 1690 748 1687 749 1716 750 1684 751 1627 752 1726 753 1722 754 1675 755 1681 756 1698 757 1749 758 1708 759 1706 760 1709 761 1667 762 1723 763 1674 764 1749 765 1636 766 1746 767 1703 768 1711 769 1672 770 1695 771 1600 772 1707 773 1702 774 1546 775 1586 776 1644 777 1725 778 1628 779 1586 780 1688 781 1651 782 1679 783 1640 784 1595 785 1591 786 1662 787 1621 788 1636 789 1554 790 1546 791 1555 792 1521 793 1567 794 1586 795 1552 796 1587 797 1566 798 1571 799 1524 800 1525 801 1538 802 1561 803 1637 804 1551 805 1493 806 1492 807 1522 808 1486 809 1502 810 1503 811 1482 812 1529 813 1538 814 1487 815 1520 816 1419 817 1519 818 1427 819 1559 820 1487 821 1491 822 1465 823 1576 824 1465 825 1413 826 1501 827 1484 828 1445 829 1492 830 1494 831 1464 832 1467 833 1467 834 1415 835 1431 836 1387 837 1451 838 1385 839 1438 840 1493 841 1404 842 1426 843 1407 844 1465 845 1512 846 1467 847 1431 848 1430 849 1417 850 1419 851 1484 852 1377 853 1428 854 1418 855 1389 856 1409 857 1371 858 1443 859 1414 860 1400 861 1395 862 1472 863 1472 864 1417 865 1416 866 1409 867 1357 868 1437 869 1410 870 1450 871 1440 872 1407 873 1373 874 1357 875 1412 876 1377 877 1363 878 1399 879 1417 880 1438 881 1423 882 1413 883 1378 884 1461 885 1392 886 1398 887 1433 888 1436 889 1352 890 1402 891 1411 892 1376 893 1428 894 1351 895 1386 896 1361 897 1332 898 1394 899 1395 900 1388 901 1419 902 1395 903 1358 904 1406 905 1423 906 1328 907 1366 908 1385 909 1465 910 1391 911 1323 912 1356 913 1384 914 1346 915 1354 916 1318 917 1369 918 1391 919 1317 920 1408 921 1324 922 1393 923 1384 924 1381 925 1335 926 1414 927 1376 928 1370 929 1323 930 1396 931 1344 932 1360 933 1354 934 1366 935 1432 936 1307 937 1280 938 1340 939 1373 940 1320 941 1360 942 1379 943 1356 944 1319 945 1321 946 1335 947 1323 948 1356 949 1358 950 1298 951 1339 952 1241 953 1348 954 1280 955 1352 956 1383 957 1427 958 1339 959 1318 960 1297 961 1344 962 1371 963 1337 964 1328 965 1337 966 1362 967 1307 968 1332 969 1329 970 1396 971 1334 972 1309 973 1302 974 1291 975 1300 976 1278 977 1296 978 1348 979 1333 980 1336 981 1309 982 1302 983 1267 984 1296 985 1257 986 1354 987 1228 988 1310 989 1315 990 1250 991 1223 992 1352 993 1273 994 1336 995 1324 996 1195 997 1228 998 1254 999 1278 1000 1296 1001 1283 1002 1245 1003 1292 1004 1281 1005 1264 1006 1282 1007 1191 1008 1314 1009 1316 1010 1248 1011 1239 1012 1302 1013 1239 1014 1225 1015 1260 1016 1305 1017 1284 1018 1232 1019 1260 1020 1246 1021 1252 1022 1235 1023 1214 1024 1234 1025 1209 1026 1230 1027 1225 1028 1244 1029 1221 1030 1166 1031 1239 1032 1164 1033 1191 1034 1163 1035 1207 1036 1231 1037 1194 1038 1210 1039 1199 1040 1172 1041 1200 1042 1137 1043 1220 1044 1185 1045 1188 1046 1140 1047 1216 1048 1156 1049 1161 1050 1162 1051 1172 1052 1100 1053 1180 1054 1135 1055 1166 1056 1140 1057 1139 1058 1190 1059 1162 1060 1121 1061 1128 1062 1127 1063 1145 1064 1176 1065 1156 1066 1173 1067 1204 1068 1197 1069 1094 1070 1177 1071 1121 1072 1162 1073 1084 1074 1213 1075 1146 1076 1172 1077 1130 1078 1128 1079 1200 1080 1119 1081 1246 1082 1206 1083 1172 1084 1103 1085 1165 1086 1130 1087 1172 1088 1152 1089 1118 1090 1199 1091 1167 1092 1204 1093 1136 1094 1135 1095 1157 1096 1170 1097 1120 1098 1210 1099 1207 1100 1145 1101 1232 1102 1175 1103 1181 1104 1181 1105 1194 1106 1162 1107 1151 1108 1240 1109 1101 1110 1195 1111 1114 1112 1161 1113 1132 1114 1118 1115 1138 1116 1133 1117 1149 1118 1197 1119 1179 1120 1181 1121 1138 1122 1192 1123 1132 1124 1151 1125 1151 1126 1124 1127 1137 1128 1096 1129 1110 1130 1138 1131 1157 1132 1170 1133 1144 1134 1146 1135 1182 1136 1173 1137 1094 1138 1180 1139 1110 1140 1197 1141 1147 1142 1191 1143 1133 1144 1146 1145 1169 1146 1149 1147 1150 1148 1185 1149 1188 1150 1177 1151 1189 1152 1178 1153 1120 1154 1182 1155 1155 1156 1152 1157 1141 1158 1133 1159 1137 1160 1173 1161 1160 1162 1161 1163 1147 1164 1157 1165 1173 1166 1183 1167 1224 1168 1167 1169 1222 1170 1144 1171 1101 1172 1196 1173 1168 1174 1172 1175 1182 1176 1176 1177 1143 1178 1163 1179 1129 1180 1206 1181 1160 1182 1172 1183 1119 1184 1120 1185 1131 1186 1276 1187 1159 1188 1121 1189 1185 1190 1113 1191 1150 1192 1189 1193 1237 1194 1117 1195 1153 1196 1201 1197 1170 1198 1231 1199 1186 1200 1197 1201 1183 1202 1142 1203 1187 1204 1114 1205 1134 1206 1136 1207 1128 1208 1215 1209 1179 1210 1189 1211 1148 1212 1168 1213 1162 1214 1178 1215 1283 1216 1190 1217 1180 1218 1218 1219 1157 1220 1129 1221 1160 1222 1135 1223 1103 1224 1200 1225 1111 1226 1160 1227 1122 1228 1120 1229 1189 1230 1142 1231 1134 1232 1146 1233 1143 1234 1210 1235 1147 1236 1191 1237 1137 1238 1171 1239 1102 1240 1224 1241 1183 1242 1196 1243 1153 1244 1096 1245 1135 1246 1200 1247 1142 1248 1163 1249 1092 1250 1172 1251 1141 1252 1168 1253 1160 1254 1164 1255 1203 1256 1158 1257 1157 1258 1152 1259 1149 1260 1126 1261 1201 1262 1125 1263 1119 1264 1148 1265 1169 1266 1182 1267 1076 1268 1124 1269 1187 1270 1180 1271 1137 1272 1153 1273 1084 1274 1091 1275 1144 1276 1126 1277 1176 1278 1172 1279 1129 1280 1090 1281 1169 1282 1085 1283 1158 1284 1129 1285 1144 1286 1109 1287 1074 1288 1120 1289 1100 1290 1083 1291 1145 1292 1116 1293 1114 1294 1106 1295 1163 1296 1121 1297 1106 1298 1142 1299 1175 1300 1081 1301 1042 1302 1111 1303 1139 1304 1048 1305 1124 1306 1150 1307 1096 1308 1093 1309 1115 1310 1075 1311 1090 1312 1005 1313 1105 1314 1095 1315 1170 1316 1125 1317 1114 1318 1091 1319 1054 1320 1138 1321 1038 1322 1097 1323 1118 1324 1053 1325 1148 1326 1117 1327 1115 1328 1008 1329 1111 1330 1136 1331 1034 1332 1100 1333 1061 1334 1071 1335 1091 1336 1039 1337 1059 1338 1043 1339 1093 1340 1023 1341 1096 1342 1053 1343 1060 1344 1091 1345 1099 1346 1078 1347 1084 1348 1058 1349 1068 1350 1054 1351 1049 1352 1077 1353 1060 1354 1082 1355 1085 1356 1130 1357 1070 1358 1045 1359 1028 1360 1084 1361 1004 1362 1059 1363 1028 1364 1064 1365 1027 1366 1047 1367 1109 1368 1001 1369 980 1370 998 1371 1057 1372 1035 1373 971 1374 1034 1375 1025 1376 1005 1377 1052 1378 1040 1379 1010 1380 980 1381 1053 1382 1026 1383 1054 1384 1012 1385 1014 1386 1081 1387 1001 1388 1023 1389 1046 1390 976 1391 988 1392 1030 1393 996 1394 991 1395 1039 1396 1090 1397 1000 1398 990 1399 943 1400 1022 1401 988 1402 1025 1403 987 1404 1053 1405 993 1406 984 1407 1002 1408 1066 1409 942 1410 990 1411 982