## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_TA100nM_3.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_TA100nM_3.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_TA100nM_3.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 02:52:20 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 208 124 96 22 899493 231.371794 190.952739 16221729 FR 39 77 115 153 193 237 303 1535 6219 13687 55669 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 5 23 1 24 5 25 6 26 5 27 15 28 266 29 401 30 586 31 1388 32 1400 33 1375 34 1560 35 1725 36 2110 37 2426 38 2939 39 3324 40 3953 41 4656 42 5209 43 5684 44 6192 45 6710 46 7509 47 8137 48 9085 49 9917 50 11048 51 11961 52 12983 53 13967 54 14760 55 15977 56 16762 57 17747 58 19444 59 20598 60 21974 61 23123 62 24649 63 25562 64 26781 65 27580 66 28966 67 30280 68 31488 69 32888 70 34020 71 35352 72 36458 73 38077 74 39075 75 39534 76 41555 77 41919 78 43406 79 44766 80 45500 81 46778 82 48075 83 48843 84 49345 85 50682 86 51091 87 51634 88 52434 89 53618 90 54052 91 55014 92 55968 93 56544 94 57117 95 57523 96 57134 97 58442 98 58499 99 58602 100 59505 101 60430 102 60571 103 61245 104 61633 105 61619 106 61952 107 61958 108 61959 109 61958 110 62571 111 62526 112 62979 113 63109 114 62588 115 63059 116 63354 117 63119 118 63102 119 63625 120 63164 121 63020 122 63008 123 63482 124 64124 125 63624 126 63756 127 63894 128 62817 129 63361 130 62760 131 61893 132 62723 133 62458 134 62552 135 62200 136 62853 137 62074 138 61906 139 62077 140 61512 141 61121 142 61885 143 60877 144 60548 145 60604 146 60402 147 60509 148 59810 149 59321 150 58967 151 58812 152 58701 153 58730 154 58465 155 58372 156 57954 157 58096 158 57803 159 57141 160 57172 161 56229 162 56392 163 56594 164 56542 165 56259 166 55727 167 55819 168 55287 169 55037 170 54912 171 54505 172 53970 173 53502 174 53490 175 53034 176 52836 177 52480 178 52707 179 51508 180 52170 181 51553 182 51240 183 50973 184 50707 185 50426 186 50065 187 49908 188 49558 189 49383 190 49043 191 48654 192 48257 193 47963 194 47567 195 47196 196 47412 197 46823 198 46284 199 46426 200 45774 201 45903 202 45664 203 44592 204 44673 205 44530 206 44142 207 43916 208 43354 209 43380 210 42298 211 41926 212 42393 213 41836 214 41778 215 41292 216 40847 217 40381 218 40293 219 40084 220 39309 221 39194 222 38447 223 38769 224 38175 225 37392 226 37688 227 37145 228 36801 229 36639 230 36241 231 35359 232 35668 233 35181 234 34834 235 34619 236 34117 237 33844 238 33351 239 33118 240 32836 241 32754 242 32017 243 31811 244 31649 245 31430 246 31181 247 30693 248 30481 249 30291 250 30245 251 29371 252 29217 253 28708 254 28686 255 28513 256 28182 257 28045 258 27373 259 27450 260 26903 261 26681 262 26264 263 25970 264 25765 265 25344 266 25269 267 24715 268 24734 269 24534 270 24075 271 24124 272 23355 273 23369 274 23295 275 22792 276 22757 277 22602 278 21840 279 22081 280 21592 281 21294 282 21064 283 21049 284 20944 285 20671 286 20143 287 20078 288 19803 289 19578 290 19318 291 18914 292 18792 293 18942 294 18064 295 18089 296 17953 297 17960 298 17513 299 17331 300 17264 301 17080 302 16712 303 16662 304 16319 305 16247 306 16075 307 15985 308 15495 309 15316 310 15190 311 15422 312 14747 313 14678 314 14475 315 14187 316 14301 317 14220 318 14102 319 13730 320 13708 321 13400 322 13174 323 13274 324 12757 325 12670 326 12532 327 12422 328 12095 329 12200 330 12046 331 11937 332 11749 333 11808 334 11630 335 11410 336 11085 337 11068 338 10967 339 10661 340 10749 341 10406 342 10465 343 10281 344 10262 345 10012 346 9913 347 9839 348 9656 349 9706 350 9471 351 9541 352 9243 353 9294 354 9232 355 9059 356 8904 357 8807 358 8653 359 8628 360 8277 361 8383 362 8374 363 8049 364 8093 365 8039 366 7811 367 7833 368 7504 369 7628 370 7488 371 7458 372 7419 373 7199 374 7440 375 6959 376 7120 377 6889 378 6990 379 6761 380 6765 381 6704 382 6577 383 6493 384 6437 385 6485 386 6327 387 6213 388 6240 389 6110 390 6069 391 6227 392 5914 393 5839 394 5873 395 5832 396 5679 397 5517 398 5454 399 5641 400 5527 401 5336 402 5391 403 5343 404 5315 405 5113 406 5225 407 5051 408 4982 409 4975 410 5048 411 4888 412 4948 413 4733 414 4860 415 4708 416 4643 417 4639 418 4561 419 4649 420 4578 421 4595 422 4311 423 4327 424 4385 425 4197 426 4159 427 4201 428 4008 429 4138 430 4016 431 3972 432 3996 433 3969 434 4015 435 3794 436 3967 437 3805 438 3800 439 3709 440 3702 441 3798 442 3608 443 3632 444 3615 445 3665 446 3529 447 3455 448 3581 449 3411 450 3372 451 3414 452 3369 453 3385 454 3409 455 3264 456 3253 457 3243 458 3272 459 3204 460 3163 461 3151 462 3034 463 3164 464 3118 465 3126 466 3093 467 3045 468 2932 469 2983 470 3043 471 2983 472 2917 473 2850 474 2888 475 2838 476 2866 477 2817 478 2759 479 2850 480 2760 481 2695 482 2790 483 2757 484 2685 485 2746 486 2758 487 2636 488 2646 489 2672 490 2659 491 2674 492 2616 493 2583 494 2598 495 2518 496 2615 497 2506 498 2456 499 2454 500 2432 501 2491 502 2431 503 2544 504 2435 505 2539 506 2341 507 2384 508 2462 509 2356 510 2342 511 2328 512 2379 513 2381 514 2362 515 2282 516 2285 517 2295 518 2342 519 2321 520 2349 521 2246 522 2193 523 2309 524 2215 525 2154 526 2253 527 2332 528 2216 529 2251 530 2214 531 2283 532 2219 533 2172 534 2151 535 2170 536 2169 537 2160 538 2120 539 2160 540 2156 541 2120 542 2087 543 2135 544 2076 545 2111 546 2175 547 2159 548 2126 549 2102 550 2099 551 1980 552 2072 553 2030 554 2043 555 2008 556 2015 557 2091 558 2072 559 2038 560 1999 561 1984 562 1972 563 1944 564 1943 565 1978 566 1961 567 1985 568 1936 569 1914 570 1995 571 1893 572 1978 573 1910 574 1938 575 1894 576 1940 577 1872 578 1916 579 1860 580 1924 581 1881 582 1904 583 1891 584 1826 585 2019 586 1859 587 1881 588 1880 589 1836 590 1962 591 1822 592 1878 593 1862 594 1938 595 1869 596 1881 597 1762 598 1843 599 1801 600 1835 601 1832 602 1848 603 1785 604 1840 605 1796 606 1787 607 1792 608 1736 609 1907 610 1771 611 1810 612 1866 613 1826 614 1853 615 1852 616 1836 617 1800 618 1706 619 1816 620 1727 621 1825 622 1861 623 1791 624 1755 625 1733 626 1855 627 1785 628 1800 629 1819 630 1813 631 1781 632 1862 633 1822 634 1735 635 1859 636 1775 637 1791 638 1693 639 1773 640 1751 641 1818 642 1826 643 1816 644 1801 645 1814 646 1742 647 1776 648 1831 649 1813 650 1782 651 1735 652 1790 653 1839 654 1751 655 1776 656 1763 657 1837 658 1758 659 1768 660 1805 661 1756 662 1793 663 1858 664 1750 665 1762 666 1748 667 1675 668 1750 669 1800 670 1801 671 1719 672 1773 673 1841 674 1791 675 1826 676 1744 677 1832 678 1821 679 1819 680 1822 681 1806 682 1752 683 1835 684 1810 685 1757 686 1854 687 1767 688 1854 689 1805 690 1823 691 1827 692 1859 693 1845 694 1744 695 1781 696 1819 697 1802 698 1767 699 1757 700 1782 701 1757 702 1767 703 1741 704 1729 705 1778 706 1773 707 1737 708 1805 709 1781 710 1725 711 1713 712 1707 713 1784 714 1795 715 1728 716 1751 717 1736 718 1724 719 1833 720 1733 721 1745 722 1672 723 1725 724 1728 725 1805 726 1723 727 1811 728 1697 729 1762 730 1701 731 1693 732 1742 733 1662 734 1786 735 1681 736 1765 737 1714 738 1614 739 1672 740 1660 741 1711 742 1750 743 1609 744 1650 745 1641 746 1671 747 1658 748 1697 749 1712 750 1595 751 1647 752 1703 753 1634 754 1598 755 1607 756 1607 757 1579 758 1620 759 1629 760 1643 761 1607 762 1664 763 1662 764 1644 765 1571 766 1602 767 1654 768 1565 769 1629 770 1619 771 1545 772 1580 773 1481 774 1556 775 1609 776 1535 777 1486 778 1588 779 1574 780 1563 781 1571 782 1560 783 1582 784 1586 785 1545 786 1506 787 1510 788 1505 789 1430 790 1446 791 1493 792 1555 793 1475 794 1511 795 1510 796 1493 797 1495 798 1519 799 1499 800 1493 801 1456 802 1489 803 1506 804 1457 805 1523 806 1488 807 1448 808 1429 809 1497 810 1411 811 1497 812 1507 813 1398 814 1446 815 1454 816 1391 817 1469 818 1412 819 1363 820 1468 821 1501 822 1419 823 1414 824 1413 825 1459 826 1453 827 1391 828 1448 829 1353 830 1362 831 1443 832 1456 833 1415 834 1440 835 1369 836 1363 837 1358 838 1407 839 1424 840 1344 841 1403 842 1412 843 1447 844 1438 845 1405 846 1409 847 1400 848 1402 849 1419 850 1351 851 1350 852 1376 853 1388 854 1375 855 1383 856 1349 857 1429 858 1318 859 1416 860 1465 861 1325 862 1381 863 1332 864 1411 865 1339 866 1412 867 1303 868 1343 869 1381 870 1329 871 1334 872 1360 873 1387 874 1342 875 1327 876 1365 877 1363 878 1373 879 1397 880 1357 881 1339 882 1334 883 1366 884 1391 885 1290 886 1400 887 1403 888 1387 889 1354 890 1356 891 1383 892 1353 893 1382 894 1346 895 1360 896 1271 897 1350 898 1335 899 1328 900 1365 901 1385 902 1313 903 1410 904 1287 905 1283 906 1308 907 1316 908 1380 909 1335 910 1327 911 1271 912 1338 913 1294 914 1329 915 1257 916 1304 917 1349 918 1402 919 1356 920 1359 921 1370 922 1369 923 1282 924 1346 925 1344 926 1304 927 1300 928 1367 929 1338 930 1339 931 1372 932 1265 933 1316 934 1331 935 1291 936 1300 937 1297 938 1312 939 1386 940 1344 941 1317 942 1355 943 1298 944 1332 945 1313 946 1332 947 1345 948 1313 949 1328 950 1270 951 1252 952 1305 953 1267 954 1324 955 1332 956 1300 957 1297 958 1325 959 1306 960 1279 961 1239 962 1261 963 1266 964 1274 965 1277 966 1221 967 1244 968 1227 969 1262 970 1233 971 1275 972 1219 973 1259 974 1283 975 1210 976 1237 977 1292 978 1261 979 1220 980 1263 981 1269 982 1232 983 1289 984 1192 985 1244 986 1191 987 1287 988 1197 989 1227 990 1279 991 1258 992 1240 993 1212 994 1258 995 1225 996 1208 997 1295 998 1244 999 1253 1000 1282 1001 1271 1002 1217 1003 1200 1004 1238 1005 1357 1006 1205 1007 1239 1008 1230 1009 1175 1010 1235 1011 1259 1012 1167 1013 1203 1014 1224 1015 1235 1016 1204 1017 1239 1018 1177 1019 1166 1020 1213 1021 1170 1022 1204 1023 1187 1024 1154 1025 1148 1026 1146 1027 1196 1028 1250 1029 1154 1030 1143 1031 1151 1032 1130 1033 1139 1034 1143 1035 1155 1036 1161 1037 1187 1038 1166 1039 1147 1040 1120 1041 1121 1042 1165 1043 1131 1044 1103 1045 1177 1046 1088 1047 1128 1048 1147 1049 1149 1050 1123 1051 1116 1052 1048 1053 1158 1054 1104 1055 1146 1056 1110 1057 1109 1058 1110 1059 1149 1060 1094 1061 1095 1062 1167 1063 1071 1064 1122 1065 1118 1066 1085 1067 1118 1068 1129 1069 1146 1070 1144 1071 1165 1072 1080 1073 1093 1074 1105 1075 1115 1076 1125 1077 1155 1078 1156 1079 1139 1080 1153 1081 1087 1082 1125 1083 1086 1084 1117 1085 1136 1086 1115 1087 1101 1088 1113 1089 1128 1090 1065 1091 1093 1092 1135 1093 1139 1094 1141 1095 1110 1096 1116 1097 1068 1098 1114 1099 1117 1100 1095 1101 1119 1102 1150 1103 1156 1104 1139 1105 1166 1106 1091 1107 1129 1108 1136 1109 1118 1110 1114 1111 1082 1112 1129 1113 1124 1114 1101 1115 1104 1116 1114 1117 1132 1118 1087 1119 1161 1120 1106 1121 1142 1122 1096 1123 1137 1124 1140 1125 1133 1126 1173 1127 1152 1128 1112 1129 1128 1130 1158 1131 1126 1132 1117 1133 1173 1134 1058 1135 1140 1136 1167 1137 1139 1138 1123 1139 1086 1140 1128 1141 1143 1142 1173 1143 1096 1144 1085 1145 1103 1146 1114 1147 1169 1148 1097 1149 1150 1150 1094 1151 1130 1152 1119 1153 1124 1154 1175 1155 1187 1156 1162 1157 1124 1158 1082 1159 1134 1160 1076 1161 1087 1162 1129 1163 1192 1164 1161 1165 1170 1166 1073 1167 1156 1168 1121