## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_TA100nM_1.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_TA100nM_1.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_TA100nM_1.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 04:03:29 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 211 116 101 22 823675 246.38408 216.923385 12071365 FR 45 87 127 165 203 247 451 2219 7171 15097 59083 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 23 1 24 4 25 4 26 8 27 15 28 80 29 108 30 183 31 421 32 483 33 483 34 519 35 521 36 714 37 842 38 934 39 1054 40 1247 41 1403 42 1585 43 1795 44 1858 45 2116 46 2419 47 2603 48 2828 49 3237 50 3531 51 3980 52 4453 53 4778 54 5026 55 5554 56 6163 57 6704 58 7225 59 7970 60 8632 61 9491 62 10168 63 10920 64 11833 65 12250 66 13479 67 14460 68 15164 69 15941 70 17164 71 18105 72 19095 73 20169 74 21285 75 22148 76 23343 77 24516 78 25464 79 26798 80 27721 81 28856 82 30121 83 31193 84 32034 85 33543 86 34502 87 35640 88 36208 89 37930 90 38844 91 39843 92 40606 93 41733 94 42709 95 43355 96 44016 97 45164 98 45231 99 45985 100 47264 101 47784 102 48511 103 49435 104 49242 105 49992 106 50606 107 51528 108 51433 109 52264 110 52290 111 52494 112 52848 113 53049 114 53274 115 53851 116 54342 117 53938 118 54158 119 54075 120 53697 121 53873 122 53799 123 54103 124 53959 125 54018 126 54106 127 54080 128 53928 129 53797 130 53725 131 52939 132 52925 133 52716 134 52879 135 52241 136 52290 137 51661 138 51715 139 50930 140 50647 141 50910 142 50574 143 49862 144 49431 145 49592 146 48776 147 48623 148 48384 149 48052 150 46911 151 47141 152 46422 153 46268 154 45640 155 45766 156 45054 157 44878 158 44460 159 44152 160 44001 161 43179 162 42922 163 42826 164 42307 165 41744 166 41955 167 41543 168 40997 169 40548 170 40155 171 39926 172 39522 173 39160 174 38587 175 38156 176 37812 177 37467 178 37150 179 37349 180 36889 181 36036 182 35789 183 35798 184 35053 185 35040 186 34728 187 34477 188 34164 189 33382 190 33543 191 33249 192 32659 193 32728 194 32510 195 32024 196 31727 197 31517 198 30921 199 30714 200 30506 201 30241 202 29865 203 29785 204 29337 205 29191 206 28556 207 28175 208 28160 209 27634 210 27762 211 27729 212 27201 213 26768 214 26679 215 26390 216 26024 217 25779 218 25584 219 25464 220 25238 221 25072 222 24761 223 24627 224 24121 225 24025 226 23835 227 23511 228 23379 229 22960 230 22825 231 22476 232 22297 233 21912 234 21765 235 21752 236 21494 237 21031 238 21037 239 20922 240 20735 241 20090 242 20097 243 19870 244 19497 245 19469 246 19340 247 19133 248 19100 249 18616 250 18514 251 18480 252 17983 253 17913 254 17841 255 17580 256 17357 257 17156 258 16942 259 16704 260 16811 261 16346 262 16250 263 16254 264 15986 265 15810 266 15604 267 15400 268 15357 269 15031 270 14991 271 14903 272 14657 273 14532 274 14355 275 14300 276 13999 277 13955 278 13949 279 13822 280 13409 281 13276 282 12915 283 13091 284 12986 285 12619 286 12670 287 12593 288 12278 289 12070 290 12268 291 11947 292 11768 293 11630 294 11354 295 11439 296 11433 297 11231 298 11136 299 10961 300 10790 301 10897 302 10639 303 10559 304 10388 305 10441 306 10247 307 9881 308 9974 309 9904 310 9825 311 9499 312 9701 313 9519 314 9409 315 9434 316 9092 317 9195 318 8882 319 8989 320 8914 321 8739 322 8516 323 8476 324 8371 325 8283 326 8164 327 8102 328 8244 329 7907 330 8044 331 8011 332 7738 333 7629 334 7616 335 7556 336 7422 337 7402 338 7011 339 7241 340 7108 341 7002 342 7022 343 6864 344 6846 345 6879 346 6781 347 6658 348 6499 349 6501 350 6413 351 6288 352 6240 353 6199 354 6099 355 6158 356 6126 357 5892 358 6000 359 5885 360 5689 361 5723 362 5668 363 5725 364 5644 365 5517 366 5577 367 5544 368 5509 369 5125 370 5230 371 5234 372 5067 373 5150 374 5148 375 5013 376 5013 377 4999 378 4949 379 4894 380 4866 381 4632 382 4791 383 4676 384 4657 385 4643 386 4562 387 4549 388 4449 389 4529 390 4427 391 4345 392 4291 393 4415 394 4240 395 4220 396 4204 397 4234 398 4221 399 4033 400 4141 401 4018 402 3973 403 3933 404 3885 405 3864 406 3858 407 3728 408 3743 409 3757 410 3710 411 3667 412 3655 413 3581 414 3680 415 3596 416 3435 417 3571 418 3490 419 3451 420 3410 421 3341 422 3383 423 3361 424 3391 425 3223 426 3217 427 3272 428 3230 429 3208 430 3180 431 3157 432 3154 433 3168 434 3107 435 3001 436 3105 437 2996 438 3042 439 2934 440 2852 441 2935 442 2895 443 2842 444 2950 445 2739 446 2832 447 2789 448 2828 449 2785 450 2869 451 2686 452 2751 453 2772 454 2713 455 2652 456 2606 457 2601 458 2677 459 2582 460 2707 461 2492 462 2601 463 2547 464 2602 465 2535 466 2458 467 2484 468 2497 469 2510 470 2441 471 2533 472 2403 473 2399 474 2345 475 2347 476 2334 477 2437 478 2326 479 2362 480 2362 481 2328 482 2298 483 2310 484 2291 485 2268 486 2247 487 2290 488 2216 489 2184 490 2236 491 2171 492 2173 493 2185 494 2152 495 2178 496 2145 497 2108 498 2128 499 2119 500 2113 501 2170 502 2161 503 2102 504 2192 505 2096 506 2140 507 2086 508 2073 509 2059 510 2034 511 1952 512 2095 513 2040 514 2054 515 2074 516 2010 517 2048 518 1949 519 2016 520 1976 521 1971 522 1989 523 1962 524 1976 525 1995 526 2043 527 1988 528 1888 529 1895 530 1986 531 1935 532 1931 533 1864 534 1971 535 2000 536 1970 537 1952 538 1919 539 1885 540 1890 541 1892 542 1849 543 1931 544 1888 545 1837 546 1872 547 1874 548 1871 549 1924 550 1804 551 1856 552 1811 553 1848 554 1835 555 1836 556 1764 557 1809 558 1793 559 1743 560 1840 561 1782 562 1716 563 1698 564 1779 565 1726 566 1762 567 1723 568 1683 569 1767 570 1787 571 1706 572 1734 573 1685 574 1683 575 1640 576 1690 577 1691 578 1687 579 1794 580 1741 581 1701 582 1717 583 1712 584 1693 585 1742 586 1740 587 1688 588 1668 589 1731 590 1599 591 1610 592 1706 593 1671 594 1672 595 1705 596 1687 597 1723 598 1691 599 1669 600 1713 601 1671 602 1639 603 1720 604 1685 605 1721 606 1609 607 1618 608 1642 609 1686 610 1628 611 1639 612 1717 613 1705 614 1648 615 1607 616 1686 617 1644 618 1644 619 1614 620 1626 621 1615 622 1562 623 1591 624 1622 625 1633 626 1758 627 1662 628 1596 629 1653 630 1626 631 1645 632 1653 633 1677 634 1634 635 1586 636 1750 637 1565 638 1636 639 1612 640 1644 641 1648 642 1598 643 1616 644 1648 645 1616 646 1567 647 1642 648 1562 649 1636 650 1603 651 1578 652 1576 653 1576 654 1623 655 1548 656 1633 657 1557 658 1576 659 1618 660 1697 661 1606 662 1652 663 1556 664 1616 665 1588 666 1570 667 1591 668 1604 669 1566 670 1642 671 1694 672 1589 673 1607 674 1566 675 1523 676 1561 677 1632 678 1609 679 1656 680 1590 681 1633 682 1550 683 1536 684 1550 685 1637 686 1555 687 1585 688 1578 689 1569 690 1613 691 1594 692 1647 693 1601 694 1690 695 1541 696 1590 697 1543 698 1654 699 1564 700 1549 701 1585 702 1532 703 1538 704 1625 705 1564 706 1638 707 1567 708 1539 709 1559 710 1604 711 1639 712 1555 713 1579 714 1602 715 1555 716 1606 717 1571 718 1484 719 1558 720 1596 721 1573 722 1563 723 1556 724 1583 725 1509 726 1477 727 1484 728 1509 729 1564 730 1448 731 1542 732 1504 733 1585 734 1551 735 1551 736 1529 737 1505 738 1475 739 1495 740 1552 741 1459 742 1575 743 1509 744 1466 745 1474 746 1484 747 1422 748 1468 749 1523 750 1432 751 1431 752 1459 753 1422 754 1375 755 1486 756 1450 757 1434 758 1532 759 1401 760 1459 761 1414 762 1486 763 1457 764 1480 765 1456 766 1448 767 1431 768 1418 769 1446 770 1435 771 1331 772 1387 773 1404 774 1376 775 1398 776 1428 777 1401 778 1378 779 1401 780 1375 781 1424 782 1348 783 1390 784 1351 785 1377 786 1339 787 1382 788 1292 789 1297 790 1362 791 1315 792 1350 793 1282 794 1276 795 1322 796 1401 797 1340 798 1300 799 1333 800 1292 801 1255 802 1303 803 1357 804 1368 805 1303 806 1292 807 1305 808 1311 809 1290 810 1309 811 1306 812 1288 813 1300 814 1231 815 1221 816 1302 817 1258 818 1230 819 1268 820 1237 821 1258 822 1311 823 1239 824 1318 825 1225 826 1250 827 1246 828 1237 829 1241 830 1235 831 1202 832 1223 833 1256 834 1268 835 1266 836 1232 837 1251 838 1198 839 1215 840 1292 841 1265 842 1169 843 1201 844 1208 845 1248 846 1178 847 1261 848 1202 849 1064 850 1215 851 1201 852 1214 853 1282 854 1122 855 1173 856 1212 857 1179 858 1207 859 1201 860 1273 861 1163 862 1222 863 1221 864 1186 865 1252 866 1192 867 1164 868 1161 869 1176 870 1202 871 1207 872 1214 873 1169 874 1215 875 1143 876 1240 877 1111 878 1181 879 1275 880 1243 881 1202 882 1263 883 1180 884 1222 885 1225 886 1187 887 1255 888 1207 889 1188 890 1178 891 1165 892 1190 893 1251 894 1207 895 1196 896 1194 897 1228 898 1180 899 1173 900 1180 901 1143 902 1186 903 1180 904 1166 905 1211 906 1195 907 1232 908 1150 909 1173 910 1150 911 1192 912 1167 913 1171 914 1138 915 1159 916 1091 917 1159 918 1159 919 1190 920 1100 921 1167 922 1198 923 1174 924 1095 925 1165 926 1141 927 1179 928 1141 929 1178 930 1187 931 1149 932 1173 933 1133 934 1184 935 1204 936 1154 937 1182 938 1196 939 1146 940 1141 941 1193 942 1226 943 1213 944 1148 945 1152 946 1202 947 1201 948 1205 949 1149 950 1123 951 1161 952 1111 953 1137 954 1221 955 1103 956 1104 957 1093 958 1140 959 1192 960 1133 961 1117 962 1183 963 1120 964 1118 965 1104 966 1184 967 1075 968 1161 969 1078 970 1091 971 1104 972 1151 973 1085 974 1166 975 1128 976 1134 977 1113 978 1066 979 1086 980 1078 981 1064 982 1143 983 1093 984 1124 985 1115 986 1053 987 1078 988 1076 989 1120 990 1077 991 1118 992 1131 993 1050 994 1089 995 1067 996 1114 997 1128 998 1105 999 1051 1000 1117 1001 1047 1002 1100 1003 1100 1004 1071 1005 1052 1006 1060 1007 1092 1008 1131 1009 1047 1010 1122 1011 1106 1012 1029 1013 1081 1014 1067 1015 1121 1016 1087 1017 1094 1018 1036 1019 1072 1020 993 1021 1099 1022 1039 1023 1019 1024 962 1025 1000 1026 1025 1027 1023 1028 1016 1029 1027 1030 983 1031 981 1032 1003 1033 1015 1034 1017 1035 1076 1036 1029 1037 986 1038 981 1039 977 1040 968 1041 933 1042 1001 1043 1006 1044 991 1045 1012 1046 1011 1047 1028 1048 990 1049 953 1050 1037 1051 960 1052 1038 1053 983 1054 1032 1055 1002 1056 990 1057 1009 1058 1029 1059 958 1060 1022 1061 998 1062 979 1063 1044 1064 983 1065 977 1066 1007 1067 948 1068 1057 1069 987 1070 1005 1071 980 1072 1037 1073 960 1074 949 1075 1034 1076 1015 1077 972 1078 968 1079 1033 1080 961 1081 950 1082 1001 1083 1002 1084 979 1085 1034 1086 993 1087 944 1088 1009 1089 982 1090 1000 1091 972 1092 980 1093 962 1094 1029 1095 1012 1096 977 1097 1007 1098 964 1099 970 1100 990 1101 1006 1102 990 1103 1068 1104 1032 1105 949 1106 958 1107 958 1108 1019 1109 966 1110 1004 1111 962 1112 944 1113 1000 1114 942 1115 1005 1116 939 1117 915 1118 1014 1119 993 1120 938 1121 1013 1122 987 1123 984 1124 1040 1125 981 1126 1015 1127 1003 1128 943 1129 998 1130 973 1131 988 1132 984 1133 988 1134 942 1135 1012 1136 995 1137 943 1138 985 1139 992 1140 1059 1141 990 1142 1021 1143 943 1144 1053 1145 1011 1146 1017 1147 931 1148 966 1149 977 1150 990 1151 964 1152 1002 1153 1047 1154 950 1155 911 1156 971 1157 1000 1158 1075 1159 1021 1160 1021 1161 984 1162 1013 1163 958 1164 1039 1165 993 1166 988 1167 1004 1168 988 1169 965 1170 946 1171 989 1172 977 1173 966 1174 965 1175 953 1176 958 1177 994 1178 978 1179 996 1180 976 1181 1025 1182 993 1183 1018 1184 1017 1185 977 1186 978 1187 1004 1188 1007 1189 957 1190 987 1191 980 1192 1049 1193 984 1194 951 1195 1012 1196 967 1197 1035 1198 1005 1199 964 1200 1047 1201 1020 1202 977 1203 1062 1204 992 1205 1025 1206 1084 1207 954 1208 999 1209 990 1210 988 1211 1070 1212 972 1213 1026 1214 966 1215 1045 1216 1006 1217 1032 1218 988 1219 1003 1220 1040 1221 975