## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uM_3.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uM_3.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uM_3.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 03:54:36 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 250 154 114 22 931538 287.056692 245.83829 13641178 FR 45 89 135 179 229 285 501 2587 8213 17109 66033 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 24 2 26 2 27 2 28 55 29 74 30 112 31 311 32 274 33 301 34 299 35 349 36 400 37 447 38 494 39 596 40 725 41 748 42 872 43 992 44 1065 45 1128 46 1270 47 1443 48 1587 49 1828 50 2008 51 2127 52 2335 53 2548 54 2815 55 2949 56 3291 57 3554 58 3820 59 4273 60 4667 61 5009 62 5443 63 5732 64 6216 65 6633 66 7116 67 7566 68 8052 69 8533 70 9217 71 9773 72 10314 73 11088 74 11614 75 12096 76 12881 77 13174 78 13941 79 14606 80 15746 81 16164 82 16809 83 17653 84 18524 85 18868 86 19560 87 20427 88 21056 89 21668 90 22468 91 23212 92 24111 93 24601 94 25679 95 25666 96 26750 97 27311 98 27903 99 28799 100 29146 101 30037 102 30781 103 31316 104 31955 105 32332 106 33207 107 33435 108 34069 109 34570 110 35296 111 35858 112 36607 113 36929 114 37607 115 37810 116 38311 117 38684 118 39075 119 39013 120 39540 121 39985 122 40497 123 40918 124 41502 125 41558 126 41693 127 42670 128 42566 129 42066 130 42811 131 43447 132 43305 133 43859 134 44015 135 44384 136 44784 137 44626 138 44370 139 44934 140 44940 141 44980 142 45341 143 45418 144 45672 145 45960 146 45850 147 45853 148 45994 149 45782 150 46062 151 46185 152 45893 153 46216 154 46657 155 46239 156 46442 157 46350 158 46410 159 46038 160 46196 161 46322 162 46420 163 46066 164 46201 165 46394 166 46351 167 46331 168 46038 169 46633 170 46190 171 45823 172 46029 173 45852 174 45605 175 45466 176 45632 177 45490 178 45442 179 45698 180 45443 181 44933 182 44805 183 44998 184 44845 185 44640 186 44692 187 44715 188 44127 189 44524 190 44351 191 43998 192 43967 193 43971 194 43692 195 43246 196 43275 197 42987 198 42535 199 42943 200 43147 201 42125 202 42417 203 42286 204 41769 205 41793 206 41672 207 41156 208 41573 209 41113 210 40656 211 40653 212 40313 213 39868 214 39810 215 39896 216 39405 217 39186 218 39261 219 38785 220 38717 221 38509 222 38243 223 37827 224 37401 225 37888 226 37285 227 36808 228 36289 229 36635 230 36264 231 35752 232 35352 233 35808 234 34976 235 34911 236 34469 237 34518 238 33852 239 33639 240 33598 241 33339 242 32764 243 32769 244 32279 245 32133 246 31996 247 31812 248 31553 249 31047 250 30884 251 30772 252 30224 253 29914 254 29792 255 29508 256 29221 257 29136 258 28796 259 28419 260 28142 261 27664 262 27761 263 27257 264 27170 265 27167 266 26789 267 26513 268 26052 269 25877 270 25380 271 25263 272 25151 273 24786 274 24491 275 24102 276 23814 277 23794 278 23505 279 23480 280 23468 281 22930 282 22909 283 22397 284 21905 285 22108 286 21868 287 21612 288 21086 289 20923 290 20910 291 20750 292 20239 293 20234 294 19999 295 19726 296 19500 297 19321 298 19281 299 19045 300 18718 301 18443 302 18285 303 17723 304 17825 305 17762 306 17591 307 17375 308 17237 309 16900 310 16744 311 16517 312 16288 313 16352 314 15929 315 15740 316 15665 317 15380 318 15277 319 14969 320 15071 321 14665 322 14564 323 14447 324 14393 325 13848 326 13887 327 13762 328 13664 329 13144 330 13288 331 13188 332 12966 333 13139 334 12826 335 12763 336 12424 337 12369 338 12334 339 12096 340 11761 341 11685 342 11644 343 11491 344 11286 345 10824 346 11077 347 11025 348 10607 349 10783 350 10624 351 10463 352 10384 353 10006 354 10203 355 10000 356 9873 357 9875 358 9436 359 9520 360 9507 361 9444 362 9127 363 9030 364 8985 365 8966 366 8741 367 8655 368 8732 369 8539 370 8390 371 8312 372 8300 373 8037 374 7905 375 8028 376 7843 377 7563 378 7657 379 7663 380 7379 381 7238 382 7300 383 7258 384 6953 385 7061 386 6930 387 6848 388 7035 389 6667 390 6684 391 6640 392 6452 393 6392 394 6411 395 6317 396 6361 397 6282 398 6079 399 6054 400 6086 401 5972 402 5953 403 5904 404 5810 405 5761 406 5538 407 5469 408 5465 409 5460 410 5224 411 5360 412 5457 413 5245 414 5231 415 5006 416 5067 417 5010 418 4986 419 4981 420 4863 421 4805 422 4842 423 4658 424 4849 425 4622 426 4659 427 4551 428 4444 429 4461 430 4390 431 4284 432 4357 433 4354 434 4226 435 4171 436 4153 437 4121 438 4144 439 4086 440 3988 441 3976 442 3841 443 3827 444 3851 445 3809 446 3852 447 3790 448 3714 449 3651 450 3720 451 3620 452 3674 453 3587 454 3498 455 3517 456 3495 457 3455 458 3431 459 3328 460 3311 461 3321 462 3192 463 3184 464 3202 465 3235 466 3239 467 3141 468 3144 469 2907 470 3056 471 3007 472 3073 473 2989 474 2930 475 2866 476 2854 477 2905 478 2863 479 2999 480 2959 481 2786 482 2745 483 2891 484 2775 485 2833 486 2753 487 2684 488 2679 489 2641 490 2684 491 2605 492 2667 493 2679 494 2702 495 2639 496 2636 497 2574 498 2645 499 2595 500 2548 501 2501 502 2452 503 2542 504 2548 505 2499 506 2466 507 2455 508 2397 509 2329 510 2354 511 2446 512 2344 513 2319 514 2440 515 2368 516 2240 517 2273 518 2322 519 2344 520 2318 521 2274 522 2277 523 2201 524 2267 525 2332 526 2204 527 2113 528 2300 529 2161 530 2152 531 2220 532 2174 533 2118 534 2172 535 2136 536 2203 537 2159 538 2117 539 2109 540 2056 541 2099 542 2202 543 2075 544 2110 545 2030 546 2143 547 2114 548 2039 549 2055 550 2016 551 2073 552 2016 553 1984 554 1988 555 1989 556 1901 557 2021 558 1980 559 2006 560 1977 561 1983 562 1915 563 1927 564 1934 565 1960 566 1840 567 2034 568 1916 569 1892 570 1934 571 1874 572 1913 573 1852 574 1884 575 1881 576 1882 577 1858 578 1898 579 1905 580 1938 581 1854 582 1876 583 1832 584 1848 585 1858 586 1834 587 1854 588 1836 589 1763 590 1900 591 1877 592 1872 593 1826 594 1825 595 1882 596 1765 597 1761 598 1815 599 1781 600 1812 601 1795 602 1737 603 1815 604 1803 605 1758 606 1825 607 1835 608 1762 609 1796 610 1721 611 1815 612 1797 613 1733 614 1722 615 1750 616 1733 617 1751 618 1758 619 1733 620 1734 621 1637 622 1783 623 1833 624 1771 625 1725 626 1748 627 1800 628 1732 629 1776 630 1784 631 1725 632 1802 633 1771 634 1793 635 1775 636 1782 637 1797 638 1760 639 1790 640 1793 641 1725 642 1798 643 1764 644 1698 645 1775 646 1705 647 1781 648 1790 649 1793 650 1708 651 1770 652 1764 653 1725 654 1751 655 1734 656 1760 657 1796 658 1777 659 1737 660 1800 661 1735 662 1784 663 1739 664 1736 665 1755 666 1712 667 1759 668 1795 669 1718 670 1754 671 1715 672 1756 673 1688 674 1710 675 1785 676 1676 677 1703 678 1686 679 1768 680 1765 681 1768 682 1688 683 1754 684 1760 685 1790 686 1757 687 1812 688 1757 689 1743 690 1863 691 1765 692 1756 693 1821 694 1754 695 1846 696 1795 697 1809 698 1740 699 1717 700 1668 701 1769 702 1800 703 1722 704 1751 705 1722 706 1682 707 1688 708 1770 709 1682 710 1655 711 1720 712 1722 713 1683 714 1720 715 1666 716 1748 717 1682 718 1670 719 1737 720 1663 721 1680 722 1688 723 1725 724 1727 725 1769 726 1684 727 1717 728 1719 729 1757 730 1646 731 1666 732 1646 733 1670 734 1655 735 1653 736 1599 737 1647 738 1696 739 1678 740 1573 741 1606 742 1719 743 1660 744 1615 745 1648 746 1569 747 1644 748 1594 749 1629 750 1565 751 1600 752 1639 753 1660 754 1649 755 1603 756 1639 757 1566 758 1568 759 1578 760 1623 761 1681 762 1658 763 1600 764 1601 765 1654 766 1583 767 1589 768 1584 769 1572 770 1581 771 1633 772 1564 773 1563 774 1522 775 1564 776 1547 777 1580 778 1539 779 1576 780 1558 781 1536 782 1507 783 1532 784 1535 785 1512 786 1536 787 1541 788 1454 789 1419 790 1442 791 1483 792 1533 793 1577 794 1527 795 1484 796 1482 797 1416 798 1532 799 1470 800 1494 801 1381 802 1473 803 1470 804 1493 805 1500 806 1456 807 1388 808 1443 809 1459 810 1446 811 1438 812 1381 813 1361 814 1452 815 1366 816 1409 817 1406 818 1407 819 1369 820 1451 821 1406 822 1405 823 1331 824 1378 825 1409 826 1375 827 1384 828 1379 829 1342 830 1347 831 1395 832 1388 833 1374 834 1406 835 1370 836 1351 837 1416 838 1379 839 1390 840 1388 841 1366 842 1369 843 1305 844 1352 845 1364 846 1379 847 1415 848 1429 849 1414 850 1306 851 1349 852 1336 853 1371 854 1421 855 1361 856 1381 857 1399 858 1359 859 1361 860 1347 861 1385 862 1370 863 1407 864 1405 865 1366 866 1341 867 1363 868 1364 869 1418 870 1321 871 1289 872 1259 873 1294 874 1364 875 1310 876 1324 877 1321 878 1319 879 1296 880 1379 881 1269 882 1348 883 1352 884 1294 885 1323 886 1298 887 1326 888 1302 889 1343 890 1360 891 1336 892 1254 893 1326 894 1341 895 1311 896 1319 897 1307 898 1329 899 1329 900 1307 901 1294 902 1304 903 1298 904 1264 905 1318 906 1303 907 1334 908 1313 909 1301 910 1311 911 1257 912 1295 913 1288 914 1242 915 1281 916 1273 917 1307 918 1322 919 1273 920 1311 921 1294 922 1351 923 1322 924 1287 925 1280 926 1353 927 1341 928 1298 929 1290 930 1264 931 1290 932 1390 933 1267 934 1296 935 1227 936 1288 937 1293 938 1253 939 1325 940 1323 941 1327 942 1284 943 1260 944 1296 945 1251 946 1251 947 1260 948 1247 949 1320 950 1236 951 1292 952 1230 953 1237 954 1243 955 1266 956 1325 957 1291 958 1282 959 1223 960 1170 961 1187 962 1235 963 1202 964 1228 965 1189 966 1204 967 1197 968 1282 969 1209 970 1274 971 1200 972 1235 973 1225 974 1248 975 1263 976 1253 977 1209 978 1272 979 1217 980 1354 981 1237 982 1266 983 1193 984 1130 985 1236 986 1220 987 1235 988 1226 989 1209 990 1150 991 1238 992 1226 993 1197 994 1209 995 1231 996 1169 997 1199 998 1192 999 1213 1000 1166 1001 1225 1002 1217 1003 1173 1004 1221 1005 1238 1006 1216 1007 1132 1008 1191 1009 1217 1010 1179 1011 1204 1012 1160 1013 1168 1014 1190 1015 1164 1016 1127 1017 1186 1018 1135 1019 1153 1020 1223 1021 1204 1022 1192 1023 1223 1024 1148 1025 1140 1026 1211 1027 1152 1028 1108 1029 1140 1030 1170 1031 1104 1032 1084 1033 1129 1034 1201 1035 1181 1036 1127 1037 1100 1038 1068 1039 1087 1040 1069 1041 1109 1042 1120 1043 1141 1044 1078 1045 1144 1046 1118 1047 1128 1048 1054 1049 1104 1050 1062 1051 1080 1052 1090 1053 1097 1054 1075 1055 1091 1056 1090 1057 1120 1058 1155 1059 1083 1060 1027 1061 1111 1062 1041 1063 1077 1064 1120 1065 1093 1066 1091 1067 1116 1068 1064 1069 1092 1070 1110 1071 1116 1072 1075 1073 1067 1074 1096 1075 1122 1076 1072 1077 1096 1078 1045 1079 1118 1080 1141 1081 1084 1082 1085 1083 1093 1084 1115 1085 1123 1086 1075 1087 1085 1088 1004 1089 1101 1090 1133 1091 1078 1092 1085 1093 1113 1094 1089 1095 1081 1096 1084 1097 1049 1098 1091 1099 1081 1100 1052 1101 1094 1102 1052 1103 1105 1104 1116 1105 1154 1106 1053 1107 1067 1108 1049 1109 1088 1110 1076 1111 1118 1112 1108 1113 1101 1114 1131 1115 1082 1116 1095 1117 1118 1118 1069 1119 1041 1120 1055 1121 1108 1122 1057 1123 1068 1124 1132 1125 1000 1126 1175 1127 1117 1128 1111 1129 1061 1130 1069 1131 1106 1132 1062 1133 1075 1134 1126 1135 1025 1136 1060 1137 1093 1138 1078 1139 1090 1140 1073 1141 1073 1142 1070 1143 1125 1144 1109 1145 1080 1146 1182 1147 1049 1148 1119 1149 1098 1150 1095 1151 1124 1152 1077 1153 1059 1154 1122 1155 1079 1156 1028 1157 1094 1158 1102 1159 1084 1160 1079 1161 1073 1162 1098 1163 1062 1164 1123 1165 1053 1166 1065 1167 1064 1168 1084 1169 1106 1170 1054 1171 1091 1172 1054 1173 1058 1174 1097 1175 1039 1176 1031 1177 1098 1178 1077 1179 1031 1180 1094 1181 1065 1182 1089 1183 1074 1184 1118 1185 1104 1186 1182 1187 1077 1188 1099 1189 1084 1190 1089 1191 1131 1192 1091 1193 1057 1194 1089 1195 1130 1196 1075 1197 1111 1198 1083 1199 1109 1200 1125 1201 1095 1202 1094 1203 1106 1204 1104 1205 1116 1206 1117 1207 1107 1208 1157 1209 1115 1210 1085 1211 1125 1212 1114 1213 1117 1214 1098 1215 1038 1216 1126 1217 1072 1218 1068 1219 1147 1220 1103 1221 1094 1222 1109 1223 1007 1224 1095 1225 1078 1226 1174 1227 1125 1228 1108 1229 1076 1230 1114 1231 1068 1232 1041 1233 1057 1234 1112 1235 1084 1236 1125 1237 1108 1238 1093 1239 1105 1240 1072 1241 1046 1242 1072 1243 1050 1244 1058 1245 1140 1246 1037 1247 1059 1248 1039 1249 1077 1250 1042 1251 1111 1252 1128 1253 1043 1254 1054 1255 1119 1256 1106 1257 1081 1258 1057 1259 1093 1260 1004 1261 1117 1262 1088 1263 1068 1264 1138 1265 1069 1266 1055 1267 1029 1268 1104 1269 1031 1270 1090 1271 1010 1272 1012 1273 1127 1274 1054 1275 1074 1276 1134 1277 1028 1278 1101 1279 1078 1280 1085 1281 1058 1282 1074 1283 1102 1284 1085 1285 1052 1286 1040 1287 1077 1288 1065 1289 1089 1290 1049 1291 1093 1292 1061 1293 1076 1294 1058 1295 1067 1296 1078 1297 1026 1298 1079 1299 1101 1300 1079 1301 1038 1302 1038 1303 999 1304 1026 1305 1071 1306 1065 1307 982 1308 1081 1309 1015 1310 1032 1311 1047 1312 1016 1313 1056 1314 1026 1315 1116 1316 1018 1317 1067 1318 1054 1319 1001 1320 1034 1321 1001 1322 1033 1323 1051 1324 998 1325 1011 1326 1088 1327 1007 1328 1017 1329 1017 1330 942 1331 1052 1332 1021 1333 999 1334 1040 1335 934 1336 1023 1337 1068 1338 1027 1339 1034 1340 1015 1341 1031 1342 1106 1343 999 1344 1022 1345 1013 1346 1009 1347 1017 1348 1052 1349 1026 1350 969 1351 996 1352 1052 1353 970 1354 1013 1355 1015 1356 972 1357 953 1358 965 1359 946 1360 970 1361 958 1362 1000 1363 970 1364 940 1365 981 1366 1032 1367 995 1368 988 1369 995 1370 982 1371 952 1372 892 1373 993 1374 982 1375 982 1376 921 1377 958 1378 939 1379 997 1380 990 1381 938 1382 955 1383 957 1384 961 1385 1000 1386 956 1387 1013 1388 930 1389 934 1390 994