## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uM_1.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uM_1.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uM_1.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 04:04:01 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 275 185 127 22 823676 325.846887 287.937982 11854277 FR 53 105 153 203 255 325 919 3325 9495 18913 69399 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 23 1 24 1 27 3 28 18 29 39 30 36 31 157 32 154 33 154 34 181 35 165 36 196 37 216 38 236 39 249 40 320 41 348 42 405 43 468 44 469 45 531 46 546 47 620 48 647 49 793 50 844 51 902 52 1014 53 1093 54 1209 55 1300 56 1412 57 1536 58 1766 59 1877 60 1997 61 2172 62 2420 63 2576 64 2797 65 2893 66 3033 67 3300 68 3635 69 3785 70 4024 71 4271 72 4580 73 4839 74 5149 75 5371 76 5721 77 5968 78 6324 79 6768 80 7127 81 7439 82 7877 83 8150 84 8585 85 9078 86 9225 87 9909 88 9894 89 10401 90 10997 91 11263 92 11821 93 12152 94 12781 95 13245 96 13464 97 14047 98 14532 99 14937 100 15453 101 15871 102 16398 103 17210 104 17528 105 17888 106 18389 107 18972 108 19120 109 19844 110 20213 111 20565 112 21191 113 21664 114 21920 115 22789 116 23083 117 23201 118 24102 119 24358 120 24744 121 25175 122 25787 123 26268 124 26519 125 27107 126 27330 127 28089 128 28250 129 28610 130 29043 131 29285 132 29794 133 30595 134 31112 135 31370 136 31758 137 32344 138 32166 139 32566 140 32898 141 33240 142 33406 143 33597 144 34033 145 34447 146 35005 147 35173 148 35479 149 35655 150 35619 151 36049 152 36188 153 36497 154 36540 155 36680 156 37203 157 37512 158 37433 159 37668 160 37878 161 38023 162 37959 163 38832 164 38579 165 39088 166 39005 167 39143 168 39316 169 39246 170 39446 171 39554 172 39744 173 39590 174 39365 175 39763 176 39985 177 39925 178 39688 179 39487 180 39979 181 40014 182 39555 183 39738 184 39851 185 40103 186 39467 187 39811 188 39750 189 39970 190 39689 191 39555 192 39321 193 39337 194 39304 195 39090 196 39322 197 38960 198 38760 199 38636 200 38732 201 38451 202 38641 203 38366 204 38041 205 38298 206 37688 207 37292 208 37612 209 37432 210 36854 211 36890 212 37029 213 36667 214 36400 215 36143 216 36253 217 35722 218 35589 219 35712 220 35060 221 35176 222 34690 223 35102 224 34639 225 34308 226 34103 227 33802 228 33721 229 33477 230 33404 231 32740 232 32682 233 32474 234 32173 235 31926 236 31482 237 31682 238 31248 239 31254 240 30818 241 30079 242 29990 243 29667 244 29607 245 29302 246 29426 247 29124 248 28859 249 28567 250 28302 251 28013 252 27675 253 27715 254 27249 255 27277 256 27237 257 26824 258 26494 259 26525 260 25875 261 25553 262 25813 263 25280 264 25297 265 24977 266 24734 267 24522 268 24185 269 24071 270 23533 271 23341 272 22887 273 23096 274 22681 275 22510 276 22215 277 21939 278 21704 279 21630 280 21330 281 21258 282 20792 283 20812 284 20904 285 20336 286 20265 287 19917 288 19804 289 19503 290 19451 291 19063 292 18857 293 18736 294 18665 295 18099 296 18139 297 17789 298 17900 299 17564 300 17317 301 17280 302 17197 303 16866 304 16667 305 16581 306 16222 307 16174 308 15901 309 16003 310 15506 311 15357 312 15386 313 15304 314 15021 315 14877 316 14756 317 14543 318 14534 319 14239 320 14017 321 14061 322 13780 323 13543 324 13544 325 13372 326 13068 327 12754 328 12848 329 12757 330 12603 331 12499 332 12439 333 12142 334 12076 335 11847 336 11752 337 11529 338 11483 339 11306 340 11246 341 10958 342 11067 343 10800 344 10858 345 10662 346 10611 347 10453 348 10213 349 10171 350 10023 351 10031 352 9745 353 9981 354 9415 355 9587 356 9335 357 9287 358 9400 359 9207 360 9000 361 8775 362 8769 363 8716 364 8652 365 8499 366 8329 367 8267 368 8284 369 8179 370 8167 371 8051 372 7784 373 7723 374 7734 375 7670 376 7327 377 7427 378 7351 379 7234 380 7225 381 7111 382 7206 383 7006 384 7164 385 6631 386 6857 387 6597 388 6637 389 6553 390 6546 391 6481 392 6294 393 6347 394 6262 395 6249 396 6208 397 6059 398 6101 399 5977 400 5918 401 5777 402 5651 403 5682 404 5589 405 5587 406 5437 407 5500 408 5433 409 5322 410 5330 411 5268 412 5122 413 5211 414 5139 415 5020 416 4989 417 4966 418 4896 419 4787 420 4791 421 4723 422 4558 423 4674 424 4669 425 4440 426 4567 427 4442 428 4321 429 4392 430 4259 431 4253 432 4235 433 4308 434 4345 435 4005 436 4091 437 4037 438 4039 439 4096 440 3928 441 3966 442 3924 443 3877 444 3828 445 3829 446 3765 447 3673 448 3609 449 3667 450 3582 451 3604 452 3617 453 3497 454 3425 455 3481 456 3417 457 3302 458 3358 459 3483 460 3365 461 3327 462 3233 463 3221 464 3290 465 3171 466 3222 467 3175 468 3070 469 3147 470 2980 471 3016 472 2999 473 2932 474 2982 475 2884 476 2975 477 2910 478 2844 479 2878 480 2796 481 2854 482 2792 483 2711 484 2785 485 2797 486 2763 487 2656 488 2667 489 2741 490 2685 491 2646 492 2607 493 2567 494 2667 495 2625 496 2601 497 2590 498 2529 499 2465 500 2526 501 2462 502 2488 503 2431 504 2524 505 2465 506 2392 507 2418 508 2441 509 2500 510 2360 511 2375 512 2435 513 2322 514 2231 515 2292 516 2262 517 2308 518 2312 519 2279 520 2318 521 2190 522 2216 523 2251 524 2202 525 2186 526 2207 527 2199 528 2182 529 2213 530 2133 531 2140 532 2042 533 2185 534 2139 535 2089 536 2098 537 2100 538 2040 539 2035 540 2037 541 2066 542 2011 543 2132 544 2001 545 2077 546 2052 547 2078 548 1907 549 1975 550 2026 551 1981 552 1877 553 2073 554 1916 555 1956 556 1996 557 1954 558 1947 559 1936 560 1889 561 1930 562 1886 563 1889 564 1831 565 1878 566 1832 567 1819 568 1864 569 1872 570 1876 571 1834 572 1904 573 1759 574 1870 575 1837 576 1760 577 1851 578 1827 579 1827 580 1815 581 1858 582 1773 583 1828 584 1888 585 1855 586 1818 587 1770 588 1767 589 1806 590 1804 591 1805 592 1834 593 1803 594 1813 595 1765 596 1759 597 1780 598 1823 599 1728 600 1695 601 1808 602 1801 603 1727 604 1782 605 1695 606 1676 607 1767 608 1738 609 1745 610 1767 611 1685 612 1681 613 1658 614 1722 615 1671 616 1712 617 1656 618 1691 619 1690 620 1645 621 1706 622 1683 623 1669 624 1719 625 1689 626 1707 627 1752 628 1707 629 1677 630 1712 631 1675 632 1623 633 1697 634 1672 635 1718 636 1723 637 1666 638 1653 639 1633 640 1697 641 1666 642 1705 643 1739 644 1665 645 1699 646 1679 647 1656 648 1667 649 1671 650 1628 651 1644 652 1609 653 1706 654 1685 655 1638 656 1676 657 1629 658 1717 659 1672 660 1674 661 1636 662 1746 663 1671 664 1610 665 1733 666 1700 667 1681 668 1751 669 1640 670 1667 671 1685 672 1691 673 1681 674 1576 675 1618 676 1666 677 1643 678 1637 679 1616 680 1621 681 1722 682 1657 683 1632 684 1725 685 1691 686 1635 687 1673 688 1623 689 1683 690 1613 691 1661 692 1711 693 1718 694 1662 695 1730 696 1633 697 1691 698 1637 699 1620 700 1579 701 1634 702 1702 703 1675 704 1591 705 1699 706 1619 707 1534 708 1678 709 1576 710 1613 711 1664 712 1636 713 1599 714 1624 715 1670 716 1661 717 1543 718 1661 719 1586 720 1507 721 1641 722 1548 723 1555 724 1581 725 1537 726 1579 727 1560 728 1584 729 1578 730 1577 731 1602 732 1556 733 1537 734 1550 735 1570 736 1600 737 1537 738 1632 739 1524 740 1570 741 1574 742 1609 743 1549 744 1482 745 1632 746 1508 747 1482 748 1527 749 1535 750 1569 751 1520 752 1527 753 1519 754 1497 755 1455 756 1566 757 1557 758 1562 759 1530 760 1577 761 1569 762 1482 763 1449 764 1480 765 1509 766 1584 767 1464 768 1489 769 1471 770 1538 771 1388 772 1497 773 1490 774 1506 775 1485 776 1522 777 1535 778 1482 779 1475 780 1493 781 1458 782 1494 783 1390 784 1487 785 1438 786 1442 787 1423 788 1444 789 1451 790 1440 791 1366 792 1410 793 1470 794 1389 795 1387 796 1479 797 1397 798 1400 799 1349 800 1318 801 1359 802 1406 803 1322 804 1360 805 1395 806 1375 807 1387 808 1404 809 1324 810 1339 811 1301 812 1372 813 1305 814 1396 815 1305 816 1341 817 1361 818 1336 819 1330 820 1347 821 1325 822 1376 823 1345 824 1269 825 1327 826 1342 827 1326 828 1301 829 1311 830 1304 831 1353 832 1334 833 1311 834 1285 835 1340 836 1283 837 1242 838 1298 839 1293 840 1249 841 1303 842 1283 843 1274 844 1281 845 1290 846 1308 847 1312 848 1300 849 1273 850 1255 851 1313 852 1310 853 1236 854 1358 855 1318 856 1313 857 1335 858 1339 859 1308 860 1252 861 1285 862 1308 863 1315 864 1256 865 1321 866 1284 867 1289 868 1369 869 1277 870 1286 871 1284 872 1314 873 1268 874 1299 875 1289 876 1209 877 1228 878 1206 879 1275 880 1256 881 1259 882 1293 883 1252 884 1280 885 1308 886 1273 887 1272 888 1304 889 1264 890 1252 891 1285 892 1261 893 1223 894 1302 895 1297 896 1291 897 1248 898 1276 899 1265 900 1287 901 1277 902 1208 903 1228 904 1250 905 1261 906 1167 907 1243 908 1266 909 1247 910 1225 911 1245 912 1220 913 1196 914 1260 915 1205 916 1215 917 1306 918 1268 919 1247 920 1248 921 1273 922 1269 923 1252 924 1227 925 1183 926 1204 927 1273 928 1194 929 1235 930 1240 931 1240 932 1272 933 1243 934 1244 935 1219 936 1214 937 1205 938 1194 939 1223 940 1230 941 1260 942 1184 943 1174 944 1253 945 1337 946 1210 947 1225 948 1239 949 1153 950 1238 951 1228 952 1217 953 1169 954 1234 955 1235 956 1154 957 1203 958 1232 959 1194 960 1239 961 1177 962 1171 963 1176 964 1237 965 1207 966 1202 967 1188 968 1201 969 1203 970 1205 971 1172 972 1206 973 1126 974 1182 975 1136 976 1212 977 1137 978 1202 979 1138 980 1208 981 1107 982 1116 983 1244 984 1210 985 1188 986 1167 987 1169 988 1183 989 1180 990 1201 991 1127 992 1141 993 1161 994 1197 995 1137 996 1171 997 1220 998 1112 999 1198 1000 1115 1001 1162 1002 1157 1003 1137 1004 1122 1005 1142 1006 1113 1007 1085 1008 1110 1009 1133 1010 1088 1011 1103 1012 1119 1013 1102 1014 1148 1015 1097 1016 1151 1017 1128 1018 1158 1019 1152 1020 1029 1021 1129 1022 1060 1023 1143 1024 1083 1025 1113 1026 1040 1027 1119 1028 1063 1029 1108 1030 1090 1031 1106 1032 1072 1033 1076 1034 1108 1035 1041 1036 1145 1037 1088 1038 1134 1039 1011 1040 1025 1041 1087 1042 1017 1043 1087 1044 1056 1045 1036 1046 1048 1047 1058 1048 1028 1049 1063 1050 1094 1051 1037 1052 973 1053 1036 1054 1065 1055 1046 1056 1051 1057 1039 1058 1019 1059 1125 1060 1059 1061 1067 1062 1033 1063 1090 1064 1053 1065 988 1066 1071 1067 1072 1068 1040 1069 1053 1070 1029 1071 1079 1072 1034 1073 1090 1074 1033 1075 1036 1076 1048 1077 1041 1078 1053 1079 1065 1080 1038 1081 1099 1082 1007 1083 1074 1084 1085 1085 1032 1086 1071 1087 1049 1088 1076 1089 1065 1090 1063 1091 1019 1092 1051 1093 1032 1094 1080 1095 1067 1096 1034 1097 1047 1098 1055 1099 1053 1100 1015 1101 1070 1102 1053 1103 1025 1104 1046 1105 1027 1106 976 1107 1066 1108 1050 1109 1040 1110 1063 1111 1072 1112 1009 1113 1029 1114 1033 1115 1022 1116 981 1117 1060 1118 1058 1119 1069 1120 1026 1121 999 1122 1064 1123 1012 1124 1048 1125 1024 1126 1036 1127 1030 1128 1014 1129 1023 1130 1043 1131 1031 1132 1018 1133 1047 1134 1000 1135 950 1136 1018 1137 1007 1138 1019 1139 1045 1140 1035 1141 1066 1142 1059 1143 1036 1144 1013 1145 1069 1146 983 1147 1019 1148 1068 1149 1030 1150 1080 1151 1025 1152 1069 1153 1057 1154 984 1155 1052 1156 1001 1157 1062 1158 1069 1159 1065 1160 1053 1161 1014 1162 1079 1163 1000 1164 1012 1165 1088 1166 1045 1167 1089 1168 1065 1169 1000 1170 1026 1171 1009 1172 1067 1173 1029 1174 943 1175 1043 1176 1065 1177 996 1178 1011 1179 1061 1180 1012 1181 1030 1182 1066 1183 1051 1184 1019 1185 1026 1186 1096 1187 1058 1188 1080 1189 1077 1190 980 1191 1055 1192 1005 1193 1041 1194 1021 1195 1050 1196 1053 1197 1090 1198 1076 1199 1119 1200 998 1201 1055 1202 1003 1203 1081 1204 1083 1205 1039 1206 1024 1207 1108 1208 1051 1209 990 1210 1091 1211 1041 1212 1047 1213 1041 1214 1030 1215 1068 1216 1057 1217 1030 1218 1092 1219 1043 1220 1002 1221 1072 1222 1085 1223 1028 1224 1100 1225 962 1226 1019 1227 1033 1228 1050 1229 1045 1230 1052 1231 1058 1232 1028 1233 1011 1234 985 1235 1061 1236 1096 1237 1040 1238 1071 1239 1036 1240 1068 1241 1047 1242 1084 1243 1094 1244 1012 1245 1033 1246 1027 1247 990 1248 1036 1249 1034 1250 1050 1251 1055 1252 1014 1253 1013 1254 1059 1255 1057 1256 1048 1257 1067 1258 1024 1259 1049 1260 1038 1261 1065 1262 1088 1263 1041 1264 1064 1265 1065 1266 942 1267 1073 1268 1054 1269 1064 1270 1058 1271 1084 1272 1036 1273 994 1274 992 1275 1047 1276 1040 1277 1004 1278 992 1279 999 1280 964 1281 1020 1282 1010 1283 1047 1284 998 1285 1023 1286 1005 1287 999 1288 1043 1289 994 1290 1031 1291 1064 1292 1067 1293 993 1294 1000 1295 1019 1296 1066 1297 993 1298 1057 1299 989 1300 1052 1301 1014 1302 998 1303 1028 1304 997 1305 1017 1306 993 1307 1035 1308 1015 1309 1003 1310 979 1311 981 1312 1007 1313 936 1314 991 1315 1086 1316 1016 1317 1006 1318 1063 1319 980 1320 993 1321 954 1322 991 1323 1023 1324 940 1325 956 1326 981 1327 946 1328 942 1329 1009 1330 1018 1331 1018 1332 999 1333 1035 1334 950 1335 953 1336 992 1337 973 1338 1020 1339 1013 1340 967 1341 955 1342 925 1343 1001 1344 971 1345 999 1346 931 1347 973 1348 1029 1349 1000 1350 961 1351 986 1352 964 1353 1003 1354 958 1355 991 1356 949 1357 957 1358 893 1359 951 1360 946 1361 882 1362 978 1363 1006 1364 909 1365 998 1366 894 1367 952 1368 935 1369 908 1370 932 1371 975 1372 915 1373 916 1374 926 1375 959 1376 923 1377 908 1378 902 1379 892 1380 887 1381 910 1382 970 1383 914 1384 965 1385 950 1386 862 1387 919 1388 877 1389 918 1390 908 1391 892 1392 927 1393 951 1394 896 1395 969 1396 966 1397 927 1398 960 1399 974 1400 913 1401 917 1402 895 1403 879 1404 915 1405 946 1406 906 1407 937 1408 932 1409 892 1410 900 1411 850 1412 901 1413 881 1414 940 1415 916 1416 868 1417 884 1418 884 1419 875 1420 898 1421 957 1422 894 1423 886 1424 856 1425 859 1426 893 1427 876 1428 853 1429 912 1430 878 1431 896 1432 863 1433 890 1434 839 1435 927 1436 852 1437 854 1438 848 1439 886 1440 887 1441 909 1442 830 1443 867 1444 911 1445 842 1446 860 1447 887 1448 865 1449 817 1450 929 1451 867 1452 860 1453 904 1454 903 1455 864 1456 865 1457 804 1458 867 1459 857 1460 813 1461 871 1462 826 1463 819 1464 849 1465 808 1466 861 1467 838 1468 865 1469 838 1470 796 1471 857 1472 842 1473 805 1474 833 1475 858 1476 814 1477 834 1478 841 1479 884 1480 854 1481 802 1482 839 1483 791 1484 825 1485 887 1486 807 1487 814 1488 833 1489 819 1490 821 1491 834 1492 819 1493 811 1494 793 1495 822 1496 821 1497 800 1498 802 1499 809 1500 813 1501 887 1502 762 1503 825 1504 858 1505 817 1506 846 1507 765 1508 807 1509 814 1510 856 1511 849 1512 844 1513 879 1514 823 1515 793 1516 806 1517 824 1518 870 1519 803 1520 800 1521 831 1522 811 1523 823 1524 845 1525 845 1526 834 1527 821 1528 839 1529 809 1530 817 1531 875 1532 777 1533 811 1534 807 1535 776 1536 844 1537 789 1538 831 1539 904 1540 818 1541 794 1542 868 1543 807 1544 798 1545 833