## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA1uM_3.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA1uM_3.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA1uM_3.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 03:00:42 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 239 166 98 23 922724 267.965816 207.199904 16650106 FR 41 79 117 157 197 249 469 2451 7839 16345 63759 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 23 1 25 1 26 4 27 6 28 28 29 55 30 62 31 255 32 279 33 248 34 250 35 282 36 307 37 337 38 363 39 384 40 469 41 483 42 608 43 611 44 686 45 722 46 840 47 872 48 981 49 1056 50 1192 51 1260 52 1364 53 1510 54 1577 55 1791 56 1862 57 2116 58 2277 59 2579 60 2686 61 3019 62 3323 63 3420 64 3798 65 3939 66 4280 67 4714 68 5038 69 5501 70 5784 71 6246 72 6555 73 7158 74 7504 75 7962 76 8406 77 9036 78 9658 79 10153 80 10792 81 11819 82 12286 83 12832 84 13514 85 14485 86 15052 87 15448 88 16597 89 17556 90 18143 91 19477 92 20333 93 21086 94 21727 95 22831 96 23537 97 24747 98 25304 99 26490 100 27539 101 28694 102 29794 103 30988 104 31837 105 32502 106 34038 107 34851 108 35404 109 36477 110 37712 111 38703 112 39969 113 40873 114 42028 115 42838 116 43831 117 44534 118 45228 119 46305 120 47389 121 48707 122 49288 123 50292 124 51392 125 52265 126 52859 127 53606 128 54426 129 54580 130 55353 131 56841 132 57099 133 58096 134 58768 135 59334 136 60214 137 60755 138 61118 139 61705 140 61915 141 62733 142 63074 143 63923 144 64123 145 64464 146 64851 147 65546 148 65421 149 65477 150 65739 151 66368 152 66602 153 67153 154 67395 155 67375 156 67534 157 67650 158 67870 159 67812 160 68084 161 67824 162 68174 163 68183 164 68369 165 68352 166 69129 167 68355 168 68602 169 68299 170 68246 171 67900 172 67550 173 67796 174 67630 175 67127 176 67203 177 67097 178 66915 179 66423 180 66343 181 65777 182 65657 183 65412 184 64914 185 64971 186 64552 187 64586 188 63722 189 63699 190 63331 191 62884 192 62291 193 62095 194 61986 195 61628 196 61398 197 61113 198 60543 199 60559 200 60064 201 59243 202 58305 203 58456 204 57378 205 57351 206 57223 207 56444 208 56593 209 55723 210 55636 211 54959 212 54509 213 54248 214 53572 215 52982 216 52486 217 51956 218 52041 219 51486 220 50800 221 50889 222 49777 223 49574 224 49155 225 48587 226 48009 227 47936 228 47078 229 46422 230 46086 231 45645 232 44880 233 44915 234 44380 235 43520 236 43223 237 42984 238 42607 239 41937 240 41595 241 41276 242 40274 243 40196 244 39789 245 39057 246 38962 247 38446 248 38018 249 37733 250 37209 251 36802 252 36097 253 36037 254 35440 255 35118 256 35108 257 34386 258 34279 259 33676 260 33352 261 32916 262 32587 263 32321 264 31480 265 31407 266 30602 267 30852 268 30116 269 29906 270 29480 271 29697 272 28736 273 28322 274 28223 275 27807 276 27222 277 27056 278 26839 279 26052 280 25945 281 25725 282 25419 283 25285 284 24771 285 24458 286 24410 287 23759 288 23371 289 23443 290 23087 291 22814 292 22505 293 22222 294 21933 295 21753 296 21428 297 21163 298 20698 299 20823 300 20471 301 20113 302 20061 303 19488 304 19452 305 19097 306 19013 307 18516 308 18248 309 18242 310 18025 311 17603 312 17630 313 17157 314 17231 315 16829 316 16537 317 16516 318 16298 319 16169 320 15962 321 15441 322 15540 323 15270 324 15174 325 15028 326 14592 327 14426 328 14276 329 14131 330 14013 331 13829 332 13517 333 13340 334 13351 335 13159 336 12804 337 12593 338 12526 339 12352 340 12212 341 12166 342 11854 343 11639 344 11754 345 11492 346 11388 347 11392 348 11185 349 10980 350 10986 351 10701 352 10651 353 10477 354 10245 355 10333 356 10082 357 10036 358 9736 359 9742 360 9575 361 9643 362 9412 363 9470 364 9265 365 9238 366 8899 367 8922 368 8925 369 8750 370 8745 371 8517 372 8362 373 8439 374 8269 375 7951 376 8092 377 7902 378 7809 379 7850 380 7746 381 7711 382 7461 383 7292 384 7400 385 7346 386 7318 387 7123 388 7147 389 6947 390 6799 391 6879 392 6871 393 6671 394 6746 395 6644 396 6589 397 6397 398 6418 399 6248 400 6097 401 6187 402 6156 403 6069 404 5960 405 5938 406 5827 407 5727 408 5761 409 5745 410 5612 411 5656 412 5574 413 5546 414 5550 415 5347 416 5313 417 5234 418 5248 419 5137 420 5052 421 5089 422 4916 423 4842 424 4889 425 4888 426 4776 427 4797 428 4813 429 4747 430 4495 431 4539 432 4578 433 4489 434 4468 435 4455 436 4378 437 4415 438 4316 439 4302 440 4301 441 4217 442 4235 443 4148 444 4076 445 4086 446 4160 447 4116 448 3986 449 3859 450 3949 451 3967 452 3912 453 3847 454 3697 455 3857 456 3837 457 3770 458 3692 459 3785 460 3701 461 3602 462 3592 463 3629 464 3532 465 3635 466 3484 467 3538 468 3446 469 3427 470 3385 471 3448 472 3420 473 3378 474 3330 475 3241 476 3379 477 3240 478 3243 479 3245 480 3167 481 3204 482 3196 483 3234 484 3213 485 3160 486 3248 487 3096 488 3159 489 3139 490 3039 491 3054 492 3083 493 3016 494 3029 495 2958 496 2889 497 2947 498 2981 499 2927 500 2898 501 2991 502 2870 503 2917 504 2899 505 2857 506 2886 507 2875 508 2767 509 2804 510 2790 511 2740 512 2845 513 2765 514 2765 515 2713 516 2806 517 2688 518 2788 519 2687 520 2759 521 2646 522 2642 523 2611 524 2685 525 2628 526 2567 527 2629 528 2594 529 2701 530 2585 531 2613 532 2566 533 2605 534 2574 535 2537 536 2557 537 2578 538 2448 539 2439 540 2536 541 2518 542 2512 543 2569 544 2530 545 2484 546 2404 547 2483 548 2381 549 2461 550 2582 551 2431 552 2413 553 2422 554 2463 555 2331 556 2320 557 2355 558 2376 559 2375 560 2354 561 2366 562 2488 563 2389 564 2374 565 2312 566 2377 567 2291 568 2274 569 2242 570 2369 571 2344 572 2338 573 2254 574 2251 575 2263 576 2267 577 2331 578 2237 579 2327 580 2270 581 2264 582 2206 583 2254 584 2210 585 2195 586 2286 587 2261 588 2256 589 2236 590 2153 591 2286 592 2264 593 2215 594 2274 595 2303 596 2202 597 2224 598 2244 599 2246 600 2281 601 2185 602 2347 603 2175 604 2218 605 2198 606 2134 607 2167 608 2227 609 2234 610 2237 611 2115 612 2142 613 2164 614 2194 615 2221 616 2194 617 2219 618 2127 619 2162 620 2105 621 2172 622 2146 623 2142 624 2098 625 2178 626 2160 627 2185 628 2149 629 2165 630 2136 631 2117 632 2115 633 2167 634 2195 635 2151 636 2208 637 2232 638 2212 639 2166 640 2165 641 2057 642 2266 643 2187 644 2155 645 2135 646 2135 647 2183 648 2144 649 2213 650 2192 651 2146 652 2170 653 2088 654 2091 655 2166 656 2127 657 2099 658 2054 659 2221 660 2090 661 2183 662 2106 663 2177 664 2161 665 2041 666 2205 667 2122 668 2193 669 2162 670 2185 671 2167 672 2093 673 2169 674 2115 675 2201 676 2239 677 2172 678 2119 679 2162 680 2100 681 2050 682 2111 683 2105 684 2131 685 2209 686 2126 687 2126 688 2108 689 2079 690 2146 691 2144 692 2171 693 2093 694 2193 695 2165 696 2099 697 2092 698 2171 699 2098 700 2105 701 2068 702 2125 703 2154 704 2111 705 2130 706 2074 707 2068 708 2020 709 2015 710 2104 711 2140 712 2150 713 2107 714 2085 715 2058 716 2035 717 2064 718 1964 719 2041 720 2005 721 2044 722 2080 723 2040 724 2059 725 2086 726 2132 727 2103 728 2020 729 2113 730 2157 731 2058 732 2084 733 2007 734 1982 735 2015 736 1981 737 1953 738 1943 739 1972 740 2014 741 2014 742 2056 743 2018 744 2034 745 2006 746 1941 747 1942 748 1976 749 1913 750 1979 751 1934 752 1930 753 1967 754 1954 755 1934 756 1982 757 1978 758 2007 759 2032 760 2019 761 1927 762 1901 763 1874 764 1889 765 1850 766 1848 767 1934 768 1959 769 1896 770 1896 771 1954 772 1906 773 1932 774 1936 775 1883 776 1884 777 1883 778 1889 779 1868 780 1919 781 1971 782 1919 783 1814 784 1878 785 1788 786 1861 787 1880 788 1860 789 1835 790 1862 791 1835 792 1859 793 1764 794 1858 795 1793 796 1888 797 1834 798 1794 799 1780 800 1726 801 1752 802 1783 803 1810 804 1741 805 1830 806 1814 807 1793 808 1802 809 1752 810 1721 811 1743 812 1832 813 1752 814 1737 815 1789 816 1769 817 1728 818 1769 819 1765 820 1708 821 1821 822 1809 823 1685 824 1680 825 1708 826 1677 827 1737 828 1699 829 1764 830 1698 831 1780 832 1724 833 1745 834 1703 835 1698 836 1738 837 1675 838 1717 839 1709 840 1679 841 1712 842 1708 843 1677 844 1691 845 1676 846 1657 847 1669 848 1664 849 1690 850 1616 851 1630 852 1659 853 1689 854 1646 855 1720 856 1666 857 1695 858 1671 859 1731 860 1629 861 1757 862 1710 863 1604 864 1697 865 1626 866 1675 867 1681 868 1626 869 1571 870 1597 871 1642 872 1686 873 1709 874 1655 875 1567 876 1614 877 1654 878 1650 879 1676 880 1585 881 1607 882 1559 883 1652 884 1545 885 1669 886 1632 887 1651 888 1589 889 1628 890 1642 891 1618 892 1582 893 1634 894 1618 895 1615 896 1599 897 1593 898 1601 899 1600 900 1598 901 1633 902 1634 903 1615 904 1667 905 1558 906 1558 907 1609 908 1527 909 1651 910 1600 911 1583 912 1565 913 1620 914 1548 915 1589 916 1556 917 1617 918 1574 919 1531 920 1590 921 1612 922 1661 923 1579 924 1596 925 1566 926 1668 927 1631 928 1555 929 1609 930 1601 931 1583 932 1603 933 1589 934 1606 935 1610 936 1562 937 1586 938 1582 939 1482 940 1538 941 1604 942 1551 943 1582 944 1552 945 1596 946 1574 947 1552 948 1587 949 1499 950 1555 951 1545 952 1541 953 1577 954 1560 955 1583 956 1556 957 1580 958 1549 959 1590 960 1519 961 1512 962 1568 963 1478 964 1556 965 1483 966 1497 967 1514 968 1521 969 1539 970 1524 971 1554 972 1571 973 1491 974 1531 975 1553 976 1467 977 1632 978 1485 979 1464 980 1442 981 1515 982 1424 983 1468 984 1485 985 1470 986 1480 987 1523 988 1454 989 1468 990 1466 991 1532 992 1506 993 1431 994 1474 995 1514 996 1454 997 1486 998 1459 999 1378 1000 1441 1001 1484 1002 1533 1003 1449 1004 1493 1005 1526 1006 1467 1007 1447 1008 1445 1009 1412 1010 1466 1011 1457 1012 1471 1013 1537 1014 1398 1015 1463 1016 1426 1017 1427 1018 1491 1019 1445 1020 1416 1021 1376 1022 1420 1023 1445 1024 1370 1025 1437 1026 1365 1027 1407 1028 1420 1029 1431 1030 1365 1031 1443 1032 1270 1033 1357 1034 1286 1035 1427 1036 1351 1037 1383 1038 1372 1039 1349 1040 1332 1041 1406 1042 1370 1043 1320 1044 1337 1045 1371 1046 1386 1047 1350 1048 1329 1049 1329 1050 1320 1051 1371 1052 1351 1053 1299 1054 1337 1055 1334 1056 1260 1057 1357 1058 1313 1059 1336 1060 1335 1061 1335 1062 1270 1063 1385 1064 1324 1065 1348 1066 1343 1067 1374 1068 1399 1069 1401 1070 1399 1071 1323 1072 1349 1073 1350 1074 1390 1075 1328 1076 1387 1077 1344 1078 1432 1079 1353 1080 1320 1081 1364 1082 1342 1083 1342 1084 1384 1085 1377 1086 1391 1087 1350 1088 1359 1089 1390 1090 1400 1091 1326 1092 1274 1093 1317 1094 1325 1095 1286 1096 1303 1097 1299 1098 1397 1099 1349 1100 1356 1101 1330 1102 1321 1103 1390 1104 1364 1105 1376 1106 1388 1107 1359 1108 1348 1109 1345 1110 1358 1111 1365 1112 1312 1113 1315 1114 1367 1115 1349 1116 1347 1117 1346 1118 1336 1119 1329 1120 1312 1121 1293 1122 1272 1123 1331 1124 1299 1125 1319 1126 1304 1127 1325 1128 1367 1129 1342 1130 1290 1131 1344 1132 1301 1133 1232 1134 1309 1135 1267 1136 1308 1137 1286 1138 1344 1139 1266 1140 1379 1141 1313 1142 1362 1143 1297 1144 1296 1145 1322 1146 1271 1147 1315 1148 1276 1149 1354 1150 1305 1151 1290 1152 1289 1153 1287 1154 1381 1155 1351 1156 1251 1157 1308 1158 1263 1159 1330 1160 1317 1161 1333 1162 1308 1163 1312 1164 1365 1165 1285 1166 1382 1167 1336 1168 1359 1169 1314 1170 1247 1171 1325 1172 1382 1173 1359 1174 1292 1175 1401 1176 1322 1177 1338 1178 1348 1179 1296 1180 1327 1181 1392 1182 1309 1183 1319 1184 1275 1185 1311 1186 1385 1187 1337 1188 1355 1189 1352 1190 1332 1191 1345 1192 1417 1193 1297 1194 1383 1195 1415 1196 1292 1197 1315 1198 1284 1199 1362 1200 1308 1201 1246 1202 1346 1203 1349 1204 1385 1205 1319 1206 1341 1207 1301 1208 1391 1209 1311 1210 1324 1211 1372 1212 1331 1213 1305 1214 1311 1215 1303 1216 1356 1217 1338 1218 1399 1219 1308