## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA1uM_2.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA1uM_2.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA1uM_2.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 03:58:44 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 257 188 112 22 1064014 291.579382 241.527763 13282959 FR 43 85 129 175 225 285 519 2665 8329 17131 64729 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 23 1 25 1 26 4 27 4 28 36 29 45 30 91 31 220 32 268 33 274 34 279 35 310 36 339 37 411 38 487 39 555 40 685 41 729 42 858 43 936 44 1020 45 1095 46 1201 47 1387 48 1481 49 1642 50 1779 51 1978 52 2158 53 2438 54 2537 55 2805 56 2971 57 3290 58 3602 59 3901 60 4267 61 4531 62 4812 63 5033 64 5486 65 5660 66 6110 67 6563 68 7042 69 7283 70 7735 71 8083 72 8502 73 8884 74 9226 75 9577 76 10298 77 10425 78 10960 79 11789 80 12098 81 12697 82 13230 83 13514 84 14157 85 14906 86 15128 87 15469 88 16144 89 16778 90 17206 91 17774 92 18891 93 18765 94 19637 95 20353 96 20328 97 20759 98 21474 99 21779 100 22725 101 23350 102 23697 103 24484 104 24668 105 25170 106 26025 107 26449 108 26684 109 27286 110 27930 111 28374 112 29025 113 29269 114 29714 115 30247 116 30785 117 31172 118 31542 119 31527 120 32409 121 32931 122 33127 123 33665 124 34437 125 34767 126 34988 127 35430 128 35928 129 35765 130 36227 131 36601 132 36902 133 37819 134 38129 135 38190 136 38876 137 38739 138 39378 139 39067 140 39858 141 39588 142 40373 143 40442 144 40334 145 40852 146 40992 147 41434 148 41027 149 41751 150 41374 151 41725 152 42363 153 42247 154 42399 155 42695 156 42924 157 42634 158 43300 159 43229 160 43743 161 43546 162 43840 163 43887 164 43898 165 44071 166 44636 167 43943 168 44281 169 44560 170 44418 171 44794 172 44441 173 44443 174 44722 175 44395 176 44276 177 44469 178 44372 179 44232 180 44500 181 44517 182 44700 183 44926 184 45029 185 44524 186 44527 187 44061 188 45090 189 44109 190 44636 191 44525 192 44495 193 44154 194 44340 195 43748 196 43690 197 43840 198 44050 199 43645 200 43519 201 43255 202 43508 203 43477 204 43135 205 42817 206 43170 207 42774 208 42519 209 42446 210 42755 211 42057 212 42037 213 41763 214 41627 215 41742 216 41326 217 41538 218 41433 219 41258 220 40877 221 40438 222 40497 223 40430 224 39708 225 39731 226 39519 227 39285 228 39474 229 39012 230 38429 231 38510 232 38354 233 37728 234 37345 235 37669 236 36993 237 36725 238 36454 239 36245 240 36043 241 36410 242 35793 243 35503 244 35454 245 34776 246 34445 247 34667 248 34390 249 34010 250 33524 251 33490 252 32747 253 32836 254 32865 255 32344 256 32126 257 31700 258 31687 259 30952 260 30683 261 30699 262 30397 263 30330 264 29645 265 29849 266 29516 267 28869 268 28572 269 28664 270 28282 271 27805 272 27745 273 27238 274 26967 275 26753 276 26496 277 26139 278 26094 279 25666 280 25642 281 24948 282 24601 283 24651 284 24310 285 24203 286 23985 287 23591 288 23428 289 23133 290 22771 291 22467 292 22259 293 21921 294 21877 295 21621 296 21185 297 21177 298 20777 299 20552 300 20267 301 20319 302 19847 303 19459 304 19175 305 18916 306 18905 307 19082 308 18602 309 18267 310 18032 311 17870 312 17536 313 17164 314 17182 315 17038 316 16732 317 16651 318 16553 319 15807 320 16120 321 15822 322 15766 323 15123 324 15338 325 15047 326 14669 327 14320 328 14382 329 14256 330 14003 331 13984 332 13727 333 13726 334 13333 335 13146 336 13169 337 12867 338 12762 339 12405 340 12415 341 12088 342 12063 343 11761 344 11798 345 11457 346 11412 347 11328 348 11162 349 10896 350 10820 351 10743 352 10551 353 10369 354 10249 355 10201 356 9814 357 10044 358 9977 359 9574 360 9435 361 9318 362 9338 363 9192 364 9072 365 8809 366 8775 367 8669 368 8519 369 8397 370 8488 371 8140 372 8168 373 7955 374 7947 375 7872 376 7707 377 7706 378 7703 379 7439 380 7339 381 7237 382 7146 383 7049 384 7043 385 6795 386 6722 387 6898 388 6638 389 6531 390 6621 391 6280 392 6314 393 6286 394 6287 395 6008 396 5997 397 5915 398 5956 399 5785 400 5743 401 5705 402 5642 403 5643 404 5576 405 5476 406 5270 407 5308 408 5335 409 5149 410 5126 411 4980 412 5001 413 5041 414 4936 415 4930 416 4789 417 4795 418 4802 419 4661 420 4528 421 4433 422 4432 423 4507 424 4315 425 4192 426 4337 427 4270 428 4249 429 4199 430 4039 431 4020 432 3980 433 3968 434 3838 435 3886 436 3758 437 3701 438 3708 439 3718 440 3729 441 3614 442 3619 443 3533 444 3566 445 3469 446 3533 447 3411 448 3453 449 3390 450 3419 451 3391 452 3328 453 3274 454 3255 455 3217 456 3181 457 3065 458 3085 459 3133 460 3104 461 2964 462 3083 463 3010 464 2929 465 3093 466 2875 467 2988 468 2799 469 2845 470 2821 471 2853 472 2812 473 2688 474 2681 475 2654 476 2608 477 2697 478 2653 479 2707 480 2698 481 2624 482 2612 483 2446 484 2603 485 2561 486 2519 487 2471 488 2494 489 2513 490 2480 491 2401 492 2531 493 2448 494 2390 495 2451 496 2469 497 2395 498 2320 499 2316 500 2366 501 2416 502 2322 503 2327 504 2264 505 2288 506 2245 507 2249 508 2265 509 2193 510 2262 511 2185 512 2309 513 2161 514 2214 515 2177 516 2131 517 2146 518 2071 519 2126 520 2095 521 2137 522 2071 523 2068 524 2152 525 2083 526 2087 527 2086 528 2107 529 2065 530 2059 531 2085 532 2043 533 2028 534 2038 535 2006 536 2037 537 2055 538 1978 539 2059 540 1922 541 2030 542 2042 543 1988 544 2027 545 2023 546 1992 547 1854 548 1937 549 1826 550 1910 551 1905 552 1875 553 1994 554 1987 555 1918 556 1911 557 1905 558 1895 559 1846 560 1844 561 1868 562 1974 563 1927 564 1886 565 1843 566 1853 567 1944 568 1805 569 1755 570 1790 571 1811 572 1826 573 1850 574 1877 575 1769 576 1844 577 1834 578 1836 579 1845 580 1884 581 1834 582 1816 583 1719 584 1840 585 1745 586 1800 587 1772 588 1769 589 1767 590 1795 591 1787 592 1810 593 1791 594 1768 595 1807 596 1837 597 1731 598 1740 599 1757 600 1771 601 1808 602 1766 603 1675 604 1689 605 1716 606 1737 607 1748 608 1682 609 1733 610 1655 611 1652 612 1709 613 1760 614 1739 615 1721 616 1685 617 1769 618 1773 619 1687 620 1700 621 1668 622 1669 623 1715 624 1652 625 1769 626 1681 627 1709 628 1643 629 1731 630 1723 631 1670 632 1714 633 1670 634 1706 635 1728 636 1717 637 1685 638 1708 639 1676 640 1646 641 1715 642 1793 643 1650 644 1686 645 1708 646 1709 647 1713 648 1709 649 1718 650 1608 651 1693 652 1656 653 1719 654 1680 655 1708 656 1617 657 1721 658 1716 659 1743 660 1711 661 1681 662 1668 663 1697 664 1656 665 1691 666 1685 667 1721 668 1707 669 1709 670 1738 671 1747 672 1658 673 1783 674 1716 675 1649 676 1671 677 1741 678 1751 679 1667 680 1658 681 1710 682 1670 683 1675 684 1685 685 1712 686 1674 687 1667 688 1719 689 1693 690 1699 691 1718 692 1724 693 1764 694 1773 695 1675 696 1760 697 1673 698 1638 699 1659 700 1638 701 1719 702 1639 703 1640 704 1664 705 1547 706 1735 707 1560 708 1720 709 1660 710 1641 711 1636 712 1629 713 1628 714 1682 715 1656 716 1648 717 1650 718 1649 719 1585 720 1626 721 1666 722 1593 723 1670 724 1600 725 1617 726 1630 727 1600 728 1695 729 1671 730 1668 731 1586 732 1659 733 1620 734 1647 735 1569 736 1632 737 1596 738 1596 739 1588 740 1643 741 1620 742 1632 743 1593 744 1525 745 1592 746 1525 747 1581 748 1606 749 1595 750 1583 751 1566 752 1550 753 1567 754 1569 755 1554 756 1559 757 1609 758 1551 759 1533 760 1559 761 1573 762 1520 763 1522 764 1540 765 1494 766 1531 767 1583 768 1503 769 1539 770 1587 771 1527 772 1592 773 1528 774 1517 775 1545 776 1475 777 1501 778 1519 779 1516 780 1501 781 1466 782 1557 783 1481 784 1454 785 1511 786 1428 787 1463 788 1494 789 1480 790 1435 791 1446 792 1467 793 1417 794 1461 795 1460 796 1452 797 1386 798 1406 799 1429 800 1414 801 1410 802 1408 803 1428 804 1458 805 1437 806 1495 807 1416 808 1432 809 1425 810 1415 811 1446 812 1368 813 1260 814 1431 815 1381 816 1403 817 1425 818 1323 819 1325 820 1370 821 1407 822 1385 823 1412 824 1377 825 1338 826 1354 827 1339 828 1380 829 1321 830 1380 831 1392 832 1389 833 1321 834 1317 835 1393 836 1350 837 1343 838 1375 839 1348 840 1279 841 1302 842 1352 843 1341 844 1331 845 1364 846 1372 847 1338 848 1362 849 1289 850 1307 851 1338 852 1331 853 1337 854 1279 855 1292 856 1324 857 1282 858 1292 859 1345 860 1358 861 1313 862 1365 863 1342 864 1379 865 1332 866 1393 867 1271 868 1301 869 1313 870 1362 871 1295 872 1336 873 1308 874 1312 875 1261 876 1278 877 1335 878 1279 879 1213 880 1213 881 1258 882 1317 883 1269 884 1319 885 1272 886 1355 887 1270 888 1300 889 1310 890 1356 891 1294 892 1279 893 1277 894 1319 895 1233 896 1279 897 1241 898 1237 899 1286 900 1203 901 1283 902 1255 903 1278 904 1265 905 1297 906 1278 907 1272 908 1281 909 1232 910 1263 911 1328 912 1261 913 1240 914 1248 915 1253 916 1279 917 1261 918 1326 919 1290 920 1278 921 1288 922 1262 923 1297 924 1300 925 1252 926 1235 927 1327 928 1285 929 1277 930 1237 931 1290 932 1168 933 1282 934 1314 935 1264 936 1265 937 1284 938 1239 939 1234 940 1242 941 1203 942 1367 943 1289 944 1305 945 1237 946 1227 947 1258 948 1187 949 1281 950 1243 951 1239 952 1241 953 1245 954 1261 955 1292 956 1243 957 1193 958 1236 959 1250 960 1245 961 1166 962 1216 963 1196 964 1254 965 1249 966 1191 967 1231 968 1203 969 1212 970 1197 971 1202 972 1256 973 1178 974 1218 975 1206 976 1229 977 1154 978 1207 979 1170 980 1165 981 1274 982 1234 983 1193 984 1186 985 1142 986 1143 987 1217 988 1149 989 1215 990 1132 991 1221 992 1189 993 1150 994 1185 995 1237 996 1157 997 1177 998 1231 999 1142 1000 1188 1001 1236 1002 1180 1003 1179 1004 1182 1005 1227 1006 1176 1007 1194 1008 1162 1009 1216 1010 1199 1011 1150 1012 1225 1013 1176 1014 1149 1015 1137 1016 1175 1017 1131 1018 1163 1019 1190 1020 1136 1021 1095 1022 1080 1023 1167 1024 1148 1025 1100 1026 1126 1027 1094 1028 1093 1029 1074 1030 1095 1031 1081 1032 1170 1033 1095 1034 1167 1035 1059 1036 1143 1037 1119 1038 1095 1039 1084 1040 1063 1041 1133 1042 1141 1043 1043 1044 1111 1045 1101 1046 1056 1047 1103 1048 1145 1049 1112 1050 1118 1051 1047 1052 1066 1053 1103 1054 1061 1055 1051 1056 1069 1057 1097 1058 1033 1059 1133 1060 1010 1061 1114 1062 1067 1063 1099 1064 1017 1065 1111 1066 1136 1067 1056 1068 1057 1069 1050 1070 1050 1071 1130 1072 1030 1073 1045 1074 1080 1075 1076 1076 1118 1077 1086 1078 1020 1079 1087 1080 1108 1081 1044 1082 1098 1083 1121 1084 994 1085 1065 1086 1049 1087 1073 1088 1050 1089 1099 1090 1106 1091 1092 1092 1067 1093 1035 1094 1113 1095 1042 1096 1088 1097 1103 1098 1035 1099 1051 1100 1133 1101 1036 1102 1077 1103 1060 1104 1121 1105 1073 1106 1082 1107 1119 1108 1026 1109 1036 1110 1107 1111 1073 1112 1051 1113 1088 1114 1092 1115 1061 1116 1030 1117 1115 1118 1083 1119 1055 1120 1061 1121 1088 1122 1076 1123 1103 1124 1096 1125 1086 1126 1054 1127 1063 1128 1127 1129 1002 1130 1057 1131 1038 1132 1065 1133 1045 1134 1013 1135 1119 1136 1092 1137 1067 1138 1081 1139 1089 1140 1099 1141 1100 1142 1084 1143 1070 1144 1102 1145 1069 1146 1064 1147 1063 1148 1034 1149 1075 1150 965 1151 1053 1152 1042 1153 1009 1154 1089 1155 1054 1156 1041 1157 1094 1158 1104 1159 1031 1160 990 1161 1093 1162 1034 1163 1090 1164 1072 1165 1099 1166 1068 1167 1100 1168 1067 1169 1040 1170 1056 1171 1084 1172 1133 1173 1096 1174 1110 1175 1033 1176 1090 1177 1071 1178 1050 1179 1020 1180 1035 1181 1063 1182 1119 1183 1051 1184 1102 1185 1077 1186 1070 1187 1052 1188 1012 1189 1025 1190 1055 1191 1071 1192 1016 1193 1090 1194 1080 1195 1082 1196 1105 1197 1074 1198 1087 1199 1039 1200 1091 1201 1061 1202 1010 1203 1129 1204 1011 1205 1086 1206 1032 1207 1069 1208 1032 1209 1052 1210 1086 1211 1043 1212 1067 1213 1092 1214 1092 1215 1050 1216 1062 1217 1077 1218 1026 1219 1032 1220 1059 1221 1109 1222 1108 1223 1069 1224 1035 1225 1078 1226 1069 1227 1109 1228 997 1229 1081 1230 1011 1231 1039 1232 1117 1233 1035 1234 1071 1235 1072 1236 1129 1237 1027 1238 1022 1239 1053 1240 1050 1241 1039 1242 1067 1243 1080 1244 1090 1245 1075 1246 1092 1247 1086 1248 1023 1249 1057 1250 1068 1251 1049 1252 1096 1253 1036 1254 1076 1255 1053 1256 986 1257 1116 1258 1018 1259 1048 1260 1036 1261 1053 1262 1031 1263 1029 1264 1041 1265 1054 1266 1120 1267 1057 1268 1018 1269 1082 1270 1007 1271 1034 1272 1025 1273 1035 1274 1009 1275 1018 1276 1031 1277 1024 1278 1109 1279 1044 1280 982 1281 1040 1282 1031 1283 1032 1284 1017 1285 1068 1286 993 1287 1123 1288 1067 1289 1048 1290 1055 1291 1018 1292 1031 1293 1048 1294 1024 1295 1026 1296 971 1297 1017 1298 1099 1299 1016 1300 1035 1301 1041 1302 1004 1303 998 1304 1013 1305 988 1306 1039 1307 1055 1308 1062 1309 1009 1310 1036 1311 1056 1312 1022 1313 1054 1314 990 1315 1032 1316 1051 1317 1023 1318 996 1319 989 1320 1024 1321 1064 1322 984 1323 1024 1324 1044 1325 1022 1326 999 1327 1040 1328 989 1329 1087 1330 1015 1331 969 1332 1032 1333 1034 1334 987 1335 972 1336 1003 1337 1000 1338 1008 1339 985 1340 994 1341 1004 1342 985 1343 999 1344 1055 1345 963 1346 1010 1347 968 1348 972 1349 1020 1350 1006 1351 972 1352 969 1353 982 1354 977 1355 1007 1356 957 1357 937 1358 949 1359 976 1360 976 1361 1001 1362 937 1363 1010 1364 992 1365 944 1366 1017 1367 898 1368 909 1369 998 1370 892 1371 944 1372 988 1373 926 1374 958 1375 924 1376 965 1377 990