## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA1uM_1.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA1uM_1.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA1uM_1.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 03:25:21 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 257 178 106 18 1027919 285.733711 222.228602 15754744 FR 41 83 125 167 213 269 427 2485 8179 17019 64395 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 18 1 22 2 23 2 24 1 25 4 26 1 27 7 28 35 29 41 30 74 31 302 32 289 33 291 34 264 35 291 36 377 37 395 38 445 39 462 40 549 41 600 42 720 43 751 44 815 45 853 46 869 47 992 48 1103 49 1211 50 1255 51 1420 52 1520 53 1552 54 1692 55 1906 56 1966 57 2218 58 2435 59 2583 60 2892 61 3004 62 3292 63 3523 64 3670 65 4075 66 4299 67 4610 68 4889 69 5041 70 5433 71 5939 72 6480 73 6654 74 7073 75 7354 76 7903 77 8277 78 8501 79 9067 80 9755 81 10407 82 10828 83 11287 84 11859 85 12524 86 12883 87 13419 88 14080 89 15025 90 15424 91 16117 92 16756 93 17630 94 18122 95 18469 96 19196 97 19957 98 20371 99 21007 100 22075 101 22748 102 23729 103 24621 104 24797 105 25590 106 26559 107 27107 108 28009 109 28294 110 29151 111 30533 112 30685 113 31498 114 32559 115 32903 116 33628 117 34098 118 34916 119 35578 120 36007 121 37080 122 37727 123 38276 124 38722 125 40061 126 39709 127 40851 128 41377 129 41669 130 42634 131 43007 132 43884 133 44404 134 44559 135 45205 136 45955 137 46551 138 46905 139 47080 140 47818 141 48034 142 48526 143 49009 144 49677 145 50048 146 50237 147 50767 148 51237 149 50991 150 51599 151 51637 152 51839 153 52605 154 53183 155 53240 156 53661 157 53959 158 54039 159 54104 160 54474 161 54654 162 54668 163 55594 164 55374 165 55650 166 56371 167 56129 168 55785 169 56315 170 56073 171 56251 172 56544 173 56138 174 56551 175 56702 176 56705 177 56882 178 57067 179 56703 180 56609 181 56665 182 56729 183 56919 184 56560 185 56680 186 56445 187 57061 188 56398 189 56515 190 56143 191 56307 192 56360 193 55959 194 56254 195 56015 196 55746 197 55624 198 55883 199 55407 200 55253 201 55106 202 55427 203 55556 204 54418 205 54429 206 54315 207 53846 208 53771 209 53336 210 53048 211 53307 212 52501 213 52901 214 52525 215 52215 216 51680 217 51482 218 51096 219 51030 220 51239 221 50831 222 50116 223 50569 224 50064 225 49400 226 49154 227 48512 228 48320 229 48438 230 47696 231 47591 232 47261 233 46846 234 46419 235 46289 236 46274 237 45521 238 44962 239 44787 240 44156 241 43976 242 43807 243 43421 244 43077 245 43048 246 42319 247 41871 248 41591 249 41018 250 41093 251 40873 252 40032 253 39873 254 39498 255 39033 256 38923 257 38606 258 38010 259 37754 260 37417 261 37206 262 36957 263 36074 264 36001 265 35623 266 35276 267 34594 268 34416 269 34146 270 33891 271 33343 272 33228 273 32898 274 32152 275 32298 276 31505 277 31594 278 31233 279 31274 280 30815 281 30103 282 29965 283 29644 284 29440 285 29172 286 28731 287 28105 288 27864 289 27716 290 27264 291 27062 292 26703 293 26376 294 26202 295 25609 296 25567 297 25385 298 24999 299 24999 300 24680 301 24335 302 24182 303 23513 304 23478 305 22816 306 22721 307 22635 308 22568 309 22292 310 21946 311 21365 312 21188 313 21021 314 20790 315 20584 316 20171 317 20281 318 20091 319 19717 320 19627 321 19305 322 18800 323 18520 324 18449 325 18351 326 18457 327 17790 328 17550 329 17152 330 17141 331 17026 332 16784 333 16473 334 16486 335 16130 336 15969 337 15604 338 15649 339 15301 340 15300 341 14891 342 14821 343 14853 344 14486 345 14289 346 14040 347 13890 348 13914 349 13624 350 13441 351 13276 352 13322 353 13094 354 12759 355 12549 356 12602 357 12311 358 12286 359 12205 360 12143 361 11815 362 11754 363 11445 364 11360 365 11221 366 11188 367 11007 368 10912 369 10849 370 10618 371 10464 372 10293 373 10081 374 10229 375 10040 376 9710 377 9501 378 9546 379 9621 380 9402 381 9234 382 9087 383 8959 384 8985 385 9057 386 8831 387 8614 388 8413 389 8523 390 8371 391 8278 392 8332 393 8051 394 7894 395 7939 396 7719 397 7757 398 7766 399 7459 400 7639 401 7432 402 7170 403 7117 404 7081 405 7004 406 6927 407 7000 408 6664 409 6703 410 6545 411 6634 412 6356 413 6470 414 6413 415 6330 416 6308 417 6183 418 6110 419 6051 420 6032 421 5874 422 5965 423 5787 424 5783 425 5633 426 5638 427 5425 428 5460 429 5393 430 5385 431 5231 432 5172 433 5124 434 5148 435 4961 436 4999 437 4960 438 4735 439 4857 440 4789 441 4708 442 4745 443 4765 444 4594 445 4535 446 4492 447 4520 448 4340 449 4342 450 4429 451 4403 452 4197 453 4338 454 4169 455 4114 456 4193 457 4180 458 4095 459 3920 460 3993 461 3940 462 3810 463 3892 464 3851 465 3835 466 3750 467 3780 468 3820 469 3698 470 3780 471 3520 472 3692 473 3553 474 3472 475 3500 476 3485 477 3499 478 3454 479 3464 480 3382 481 3408 482 3513 483 3275 484 3384 485 3278 486 3280 487 3206 488 3250 489 3161 490 3128 491 3186 492 3092 493 3170 494 3041 495 3103 496 3167 497 2929 498 3017 499 3020 500 2963 501 2955 502 2998 503 2926 504 2864 505 2863 506 2799 507 2862 508 2785 509 2772 510 2780 511 2763 512 2828 513 2708 514 2716 515 2733 516 2704 517 2739 518 2723 519 2645 520 2631 521 2615 522 2571 523 2613 524 2645 525 2616 526 2542 527 2509 528 2578 529 2512 530 2610 531 2478 532 2510 533 2565 534 2462 535 2412 536 2486 537 2436 538 2522 539 2367 540 2493 541 2496 542 2395 543 2461 544 2500 545 2314 546 2387 547 2412 548 2401 549 2326 550 2378 551 2261 552 2371 553 2355 554 2240 555 2273 556 2290 557 2288 558 2239 559 2223 560 2223 561 2212 562 2185 563 2182 564 2202 565 2143 566 2237 567 2141 568 2158 569 2130 570 2220 571 2083 572 2147 573 2195 574 2152 575 2173 576 2077 577 2167 578 2171 579 2134 580 2134 581 2075 582 2109 583 2113 584 2129 585 2113 586 2126 587 2051 588 2114 589 2111 590 2021 591 2119 592 2118 593 2002 594 2077 595 2085 596 2049 597 1991 598 2058 599 2027 600 2009 601 2094 602 1992 603 2004 604 2020 605 1999 606 1951 607 2003 608 2101 609 1973 610 1895 611 2013 612 1947 613 2004 614 2008 615 1945 616 1964 617 1945 618 1948 619 1995 620 1915 621 1949 622 1935 623 2005 624 1913 625 1975 626 1915 627 2037 628 1923 629 1924 630 1983 631 2038 632 2035 633 1937 634 2000 635 1910 636 1976 637 1935 638 2028 639 1849 640 1959 641 1944 642 1939 643 1923 644 1957 645 1924 646 1935 647 1902 648 1864 649 1945 650 1973 651 1922 652 1955 653 1926 654 1919 655 1890 656 1904 657 1912 658 1936 659 1942 660 1890 661 1920 662 1980 663 1906 664 1903 665 1981 666 1883 667 1955 668 1841 669 1909 670 1923 671 1885 672 1921 673 1876 674 1887 675 1871 676 1909 677 1891 678 1875 679 1878 680 1875 681 1945 682 1899 683 1877 684 1851 685 1902 686 1920 687 1881 688 1934 689 1895 690 1961 691 1860 692 2007 693 1921 694 1848 695 1956 696 1906 697 1832 698 1869 699 1881 700 1921 701 1883 702 1926 703 1897 704 1890 705 1874 706 1916 707 1937 708 1837 709 1921 710 1824 711 1960 712 1831 713 1848 714 1772 715 1854 716 1787 717 1865 718 1754 719 1805 720 1874 721 1812 722 1756 723 1816 724 1888 725 1807 726 1808 727 1871 728 1832 729 1826 730 1864 731 1807 732 1762 733 1869 734 1833 735 1803 736 1788 737 1793 738 1796 739 1743 740 1735 741 1776 742 1794 743 1781 744 1814 745 1824 746 1754 747 1778 748 1747 749 1765 750 1754 751 1716 752 1704 753 1774 754 1771 755 1840 756 1718 757 1746 758 1740 759 1785 760 1800 761 1790 762 1676 763 1698 764 1690 765 1795 766 1791 767 1654 768 1681 769 1767 770 1712 771 1675 772 1738 773 1661 774 1724 775 1719 776 1705 777 1706 778 1662 779 1721 780 1706 781 1682 782 1760 783 1701 784 1667 785 1672 786 1610 787 1707 788 1612 789 1655 790 1625 791 1685 792 1677 793 1567 794 1593 795 1638 796 1693 797 1524 798 1624 799 1540 800 1619 801 1605 802 1616 803 1593 804 1567 805 1594 806 1617 807 1586 808 1588 809 1574 810 1599 811 1608 812 1555 813 1543 814 1607 815 1545 816 1517 817 1617 818 1551 819 1530 820 1508 821 1530 822 1519 823 1568 824 1559 825 1552 826 1568 827 1576 828 1532 829 1483 830 1517 831 1513 832 1513 833 1528 834 1575 835 1528 836 1548 837 1531 838 1455 839 1521 840 1484 841 1445 842 1477 843 1596 844 1476 845 1508 846 1468 847 1563 848 1377 849 1503 850 1448 851 1551 852 1471 853 1449 854 1534 855 1471 856 1393 857 1540 858 1553 859 1555 860 1488 861 1556 862 1421 863 1469 864 1506 865 1447 866 1451 867 1493 868 1484 869 1504 870 1435 871 1506 872 1480 873 1509 874 1458 875 1470 876 1462 877 1464 878 1424 879 1409 880 1465 881 1426 882 1478 883 1427 884 1470 885 1493 886 1456 887 1480 888 1473 889 1420 890 1435 891 1488 892 1517 893 1479 894 1436 895 1456 896 1505 897 1514 898 1509 899 1481 900 1464 901 1470 902 1426 903 1458 904 1372 905 1402 906 1392 907 1382 908 1477 909 1442 910 1437 911 1385 912 1417 913 1465 914 1417 915 1390 916 1408 917 1388 918 1458 919 1482 920 1416 921 1358 922 1430 923 1420 924 1418 925 1406 926 1442 927 1422 928 1413 929 1428 930 1455 931 1408 932 1412 933 1382 934 1438 935 1380 936 1387 937 1417 938 1443 939 1465 940 1423 941 1442 942 1387 943 1420 944 1445 945 1406 946 1447 947 1364 948 1375 949 1375 950 1394 951 1312 952 1442 953 1341 954 1392 955 1377 956 1389 957 1365 958 1440 959 1360 960 1372 961 1401 962 1320 963 1365 964 1356 965 1360 966 1416 967 1386 968 1364 969 1308 970 1383 971 1327 972 1419 973 1319 974 1436 975 1375 976 1293 977 1300 978 1427 979 1357 980 1341 981 1359 982 1324 983 1364 984 1337 985 1356 986 1289 987 1373 988 1279 989 1368 990 1310 991 1360 992 1348 993 1274 994 1371 995 1279 996 1337 997 1224 998 1305 999 1368 1000 1364 1001 1313 1002 1370 1003 1265 1004 1308 1005 1291 1006 1319 1007 1345 1008 1352 1009 1308 1010 1333 1011 1335 1012 1294 1013 1294 1014 1309 1015 1274 1016 1324 1017 1309 1018 1282 1019 1288 1020 1321 1021 1217 1022 1238 1023 1268 1024 1292 1025 1223 1026 1208 1027 1242 1028 1216 1029 1288 1030 1234 1031 1249 1032 1253 1033 1242 1034 1231 1035 1217 1036 1227 1037 1243 1038 1182 1039 1211 1040 1203 1041 1166 1042 1245 1043 1214 1044 1243 1045 1197 1046 1263 1047 1267 1048 1224 1049 1231 1050 1174 1051 1241 1052 1235 1053 1208 1054 1230 1055 1262 1056 1204 1057 1172 1058 1217 1059 1192 1060 1249 1061 1229 1062 1194 1063 1145 1064 1241 1065 1210 1066 1218 1067 1138 1068 1251 1069 1209 1070 1239 1071 1156 1072 1245 1073 1215 1074 1184 1075 1230 1076 1193 1077 1186 1078 1237 1079 1203 1080 1254 1081 1225 1082 1239 1083 1137 1084 1173 1085 1258 1086 1235 1087 1215 1088 1244 1089 1207 1090 1176 1091 1204 1092 1141 1093 1181 1094 1234 1095 1217 1096 1262 1097 1205 1098 1237 1099 1221 1100 1182 1101 1223 1102 1231 1103 1243 1104 1184 1105 1223 1106 1244 1107 1229 1108 1225 1109 1217 1110 1189 1111 1187 1112 1168 1113 1204 1114 1233 1115 1173 1116 1195 1117 1229 1118 1209 1119 1145 1120 1244 1121 1224 1122 1157 1123 1223 1124 1162 1125 1181 1126 1157 1127 1228 1128 1280 1129 1255 1130 1195 1131 1131 1132 1231 1133 1196 1134 1109 1135 1227 1136 1196 1137 1160 1138 1245 1139 1228 1140 1125 1141 1287 1142 1185 1143 1187 1144 1225 1145 1230 1146 1243 1147 1172 1148 1194 1149 1160 1150 1191 1151 1184 1152 1116 1153 1189 1154 1248 1155 1227 1156 1146 1157 1239 1158 1145 1159 1258 1160 1245 1161 1168 1162 1190 1163 1231 1164 1217 1165 1225 1166 1157 1167 1151 1168 1165 1169 1215 1170 1198 1171 1207 1172 1212 1173 1191 1174 1230 1175 1215 1176 1222 1177 1223 1178 1162 1179 1196 1180 1240 1181 1197 1182 1205 1183 1210 1184 1233 1185 1242 1186 1211 1187 1222 1188 1214 1189 1194 1190 1175 1191 1195 1192 1091 1193 1204 1194 1162 1195 1224 1196 1227 1197 1207 1198 1217 1199 1259 1200 1174 1201 1199 1202 1196 1203 1179 1204 1230 1205 1200 1206 1254 1207 1230 1208 1217 1209 1241 1210 1170 1211 1186 1212 1273 1213 1240 1214 1229 1215 1179 1216 1191 1217 1174 1218 1168 1219 1195 1220 1186 1221 1165 1222 1200 1223 1173 1224 1186 1225 1156 1226 1183 1227 1227 1228 1189 1229 1214 1230 1220 1231 1083 1232 1203 1233 1245 1234 1179 1235 1261 1236 1201 1237 1230 1238 1180 1239 1223 1240 1182 1241 1189 1242 1235 1243 1189 1244 1116 1245 1203 1246 1221 1247 1165 1248 1181 1249 1217 1250 1164 1251 1164 1252 1225 1253 1200 1254 1227 1255 1184 1256 1256 1257 1165 1258 1257 1259 1176 1260 1220 1261 1154 1262 1207 1263 1238 1264 1176 1265 1167 1266 1199 1267 1199 1268 1202 1269 1226 1270 1227 1271 1214 1272 1199 1273 1133 1274 1196 1275 1161 1276 1168 1277 1182 1278 1178 1279 1181 1280 1206 1281 1178 1282 1174 1283 1136 1284 1161 1285 1178 1286 1178 1287 1149 1288 1189 1289 1183 1290 1156 1291 1192 1292 1176 1293 1198 1294 1125 1295 1134 1296 1143 1297 1223 1298 1299 1299 1178 1300 1190 1301 1185 1302 1232 1303 1170 1304 1172 1305 1152 1306 1139 1307 1168 1308 1177 1309 1167 1310 1155 1311 1216 1312 1157 1313 1163 1314 1127 1315 1121 1316 1209 1317 1143