## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA100nM_3.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA100nM_3.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA100nM_3.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 02:59:37 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 257 175 111 22 899575 290.595368 236.794148 16905407 FR 43 87 129 175 223 281 481 2607 8331 17289 66063 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 25 1 26 3 27 4 28 44 29 76 30 78 31 281 32 269 33 288 34 288 35 338 36 361 37 428 38 464 39 545 40 609 41 641 42 713 43 774 44 884 45 983 46 1024 47 1201 48 1251 49 1396 50 1596 51 1683 52 1819 53 2019 54 2139 55 2318 56 2497 57 2791 58 3042 59 3276 60 3501 61 3859 62 4126 63 4439 64 4667 65 5003 66 5419 67 5826 68 6266 69 6703 70 7196 71 7490 72 8190 73 8482 74 9169 75 9450 76 10254 77 10754 78 11253 79 11737 80 12666 81 13385 82 14048 83 14643 84 15554 85 15934 86 16901 87 17706 88 18238 89 19269 90 20015 91 20709 92 21851 93 22530 94 23210 95 24119 96 24484 97 25393 98 26106 99 26799 100 27926 101 28543 102 29727 103 30510 104 31183 105 31902 106 32736 107 33346 108 34218 109 34983 110 35826 111 36303 112 37327 113 37899 114 38439 115 39909 116 39724 117 40426 118 41225 119 41813 120 42141 121 42690 122 43582 123 44549 124 44949 125 45057 126 46293 127 46028 128 47027 129 47065 130 47658 131 48280 132 48672 133 49904 134 50080 135 49842 136 50563 137 51185 138 51537 139 51923 140 52264 141 52435 142 52989 143 53220 144 53380 145 53595 146 54139 147 54961 148 54585 149 54720 150 55071 151 55266 152 55207 153 55915 154 55796 155 56243 156 56406 157 56943 158 56973 159 56781 160 56942 161 57416 162 56979 163 57922 164 57627 165 58061 166 57893 167 57886 168 58436 169 58541 170 58200 171 58374 172 58472 173 58383 174 57832 175 58824 176 58372 177 58461 178 58348 179 58464 180 58536 181 58102 182 58067 183 57822 184 58582 185 58241 186 57711 187 58272 188 57984 189 57724 190 58001 191 57508 192 57283 193 57251 194 57553 195 57024 196 57354 197 56868 198 56815 199 56392 200 56762 201 56443 202 56168 203 55913 204 55080 205 55605 206 55430 207 55071 208 55141 209 54304 210 54728 211 53950 212 54165 213 53446 214 53588 215 52995 216 53014 217 52943 218 52675 219 51963 220 51818 221 51717 222 51292 223 50873 224 50941 225 50166 226 50176 227 50034 228 49506 229 49228 230 48631 231 48169 232 47951 233 47432 234 47302 235 47363 236 46598 237 46269 238 45965 239 45523 240 45849 241 44877 242 45125 243 44543 244 44235 245 43643 246 43594 247 43121 248 42870 249 42391 250 42131 251 41673 252 41005 253 40943 254 40707 255 40014 256 40058 257 39047 258 38790 259 38785 260 38165 261 37987 262 37855 263 37212 264 36762 265 36786 266 36195 267 35881 268 35261 269 35026 270 34810 271 34866 272 33989 273 33871 274 33784 275 32999 276 32670 277 32196 278 32190 279 31528 280 31405 281 31198 282 30703 283 30751 284 30427 285 29756 286 29693 287 29219 288 28773 289 28177 290 28605 291 27780 292 27754 293 27530 294 27310 295 27120 296 26587 297 26489 298 25938 299 25753 300 25452 301 25109 302 24657 303 24402 304 24360 305 24004 306 23647 307 23514 308 23278 309 22837 310 22799 311 22606 312 21912 313 22131 314 21924 315 21563 316 21021 317 20814 318 20660 319 20725 320 20355 321 19886 322 19646 323 19503 324 19336 325 19009 326 18924 327 18597 328 18575 329 17984 330 18208 331 17728 332 17519 333 17172 334 17249 335 17184 336 16803 337 16395 338 16253 339 16030 340 15812 341 15876 342 15787 343 15558 344 15198 345 14847 346 15071 347 14736 348 14586 349 14474 350 14114 351 14091 352 13749 353 13647 354 13570 355 13401 356 13246 357 13002 358 13064 359 12893 360 12613 361 12511 362 12362 363 12162 364 12037 365 11910 366 11775 367 11517 368 11494 369 11508 370 11022 371 11073 372 10942 373 10878 374 10782 375 10568 376 10450 377 10263 378 10121 379 10049 380 9983 381 9859 382 9760 383 9681 384 9423 385 9392 386 9300 387 9209 388 9231 389 9114 390 8969 391 8810 392 8695 393 8695 394 8581 395 8463 396 8464 397 8177 398 8150 399 8201 400 7946 401 7973 402 7791 403 7839 404 7583 405 7527 406 7664 407 7454 408 7439 409 7258 410 7049 411 7126 412 6973 413 6989 414 6919 415 6744 416 6822 417 6788 418 6532 419 6539 420 6465 421 6521 422 6357 423 6225 424 6187 425 6206 426 6258 427 6021 428 5936 429 5833 430 5824 431 5715 432 5862 433 5664 434 5446 435 5472 436 5429 437 5417 438 5388 439 5438 440 5320 441 5188 442 5180 443 5125 444 5014 445 5102 446 4939 447 4956 448 4755 449 4790 450 4924 451 4770 452 4612 453 4614 454 4629 455 4566 456 4491 457 4559 458 4416 459 4478 460 4368 461 4313 462 4269 463 4207 464 4206 465 4203 466 4178 467 4202 468 4077 469 4035 470 4090 471 4003 472 3933 473 3905 474 3913 475 3789 476 3807 477 3856 478 3814 479 3714 480 3668 481 3695 482 3704 483 3672 484 3633 485 3606 486 3532 487 3400 488 3439 489 3559 490 3441 491 3408 492 3437 493 3351 494 3363 495 3375 496 3264 497 3176 498 3141 499 3248 500 3304 501 3259 502 3154 503 3228 504 3167 505 3186 506 3229 507 3127 508 3194 509 3084 510 3124 511 2985 512 2989 513 2996 514 2896 515 2934 516 2788 517 2900 518 2907 519 2878 520 2827 521 2848 522 2843 523 2799 524 2791 525 2761 526 2789 527 2790 528 2733 529 2764 530 2755 531 2816 532 2693 533 2713 534 2712 535 2678 536 2700 537 2703 538 2711 539 2624 540 2550 541 2619 542 2566 543 2651 544 2574 545 2600 546 2602 547 2642 548 2559 549 2553 550 2467 551 2579 552 2547 553 2466 554 2377 555 2383 556 2420 557 2497 558 2450 559 2425 560 2360 561 2385 562 2482 563 2410 564 2304 565 2377 566 2326 567 2389 568 2400 569 2322 570 2282 571 2325 572 2286 573 2336 574 2320 575 2374 576 2307 577 2395 578 2288 579 2322 580 2362 581 2221 582 2325 583 2224 584 2242 585 2251 586 2195 587 2245 588 2277 589 2294 590 2146 591 2248 592 2282 593 2253 594 2390 595 2255 596 2254 597 2244 598 2150 599 2248 600 2172 601 2196 602 2327 603 2208 604 2165 605 2227 606 2289 607 2195 608 2101 609 2166 610 2176 611 2240 612 2153 613 2181 614 2212 615 2165 616 2181 617 2110 618 2108 619 2183 620 2130 621 2098 622 2147 623 2095 624 2177 625 2127 626 2106 627 2198 628 2164 629 2147 630 2159 631 2115 632 2162 633 2116 634 2220 635 2071 636 2177 637 2162 638 2129 639 2180 640 2105 641 2121 642 2089 643 2095 644 2191 645 2123 646 2120 647 2063 648 2087 649 2065 650 2128 651 2128 652 2076 653 2082 654 2085 655 2139 656 2122 657 2080 658 2121 659 2211 660 2111 661 2186 662 2048 663 2058 664 2117 665 2103 666 2080 667 2136 668 2097 669 2104 670 2129 671 2125 672 2082 673 2086 674 2146 675 2110 676 2106 677 2069 678 2069 679 2143 680 2075 681 2178 682 2129 683 2035 684 2124 685 2159 686 2040 687 2042 688 2083 689 2074 690 2073 691 2105 692 2100 693 2158 694 2087 695 2150 696 2128 697 2071 698 2182 699 2037 700 2060 701 2165 702 2119 703 2121 704 2046 705 2033 706 2019 707 2061 708 2050 709 2093 710 2079 711 2120 712 2042 713 2051 714 2023 715 2017 716 2099 717 2052 718 2046 719 2032 720 1972 721 1999 722 2070 723 2041 724 2029 725 1992 726 2037 727 2116 728 2055 729 2026 730 1990 731 1997 732 2077 733 1973 734 2007 735 1991 736 2007 737 2024 738 1937 739 1971 740 2054 741 1977 742 1979 743 1919 744 2046 745 1955 746 2029 747 2034 748 1885 749 2009 750 1951 751 2051 752 1906 753 1969 754 1921 755 1924 756 1891 757 1903 758 1981 759 1970 760 1982 761 1869 762 1919 763 1835 764 1857 765 1937 766 1938 767 1967 768 1912 769 1923 770 1937 771 1913 772 1929 773 1863 774 1948 775 1945 776 1909 777 1932 778 1833 779 1867 780 1813 781 1922 782 1936 783 1833 784 1834 785 1883 786 1809 787 1830 788 1849 789 1850 790 1734 791 1760 792 1794 793 1861 794 1824 795 1810 796 1843 797 1820 798 1763 799 1684 800 1728 801 1731 802 1726 803 1803 804 1875 805 1797 806 1814 807 1691 808 1683 809 1763 810 1723 811 1745 812 1781 813 1674 814 1720 815 1711 816 1682 817 1725 818 1723 819 1688 820 1610 821 1713 822 1626 823 1682 824 1627 825 1741 826 1645 827 1687 828 1680 829 1746 830 1705 831 1659 832 1665 833 1745 834 1675 835 1684 836 1633 837 1647 838 1629 839 1719 840 1611 841 1653 842 1762 843 1694 844 1700 845 1630 846 1661 847 1609 848 1618 849 1703 850 1698 851 1645 852 1621 853 1716 854 1706 855 1682 856 1641 857 1708 858 1676 859 1612 860 1668 861 1668 862 1615 863 1666 864 1703 865 1613 866 1645 867 1579 868 1612 869 1621 870 1595 871 1629 872 1579 873 1647 874 1630 875 1612 876 1610 877 1608 878 1570 879 1669 880 1582 881 1628 882 1572 883 1651 884 1590 885 1602 886 1603 887 1651 888 1592 889 1589 890 1552 891 1680 892 1638 893 1606 894 1575 895 1586 896 1581 897 1656 898 1560 899 1621 900 1635 901 1577 902 1614 903 1631 904 1593 905 1584 906 1590 907 1559 908 1613 909 1485 910 1583 911 1560 912 1636 913 1571 914 1538 915 1561 916 1586 917 1581 918 1626 919 1585 920 1547 921 1585 922 1508 923 1605 924 1619 925 1536 926 1533 927 1590 928 1576 929 1530 930 1616 931 1539 932 1584 933 1541 934 1593 935 1560 936 1546 937 1544 938 1481 939 1564 940 1559 941 1557 942 1558 943 1481 944 1530 945 1582 946 1650 947 1621 948 1574 949 1559 950 1595 951 1479 952 1470 953 1572 954 1521 955 1525 956 1535 957 1618 958 1481 959 1471 960 1562 961 1511 962 1570 963 1523 964 1496 965 1512 966 1489 967 1540 968 1531 969 1510 970 1504 971 1510 972 1519 973 1499 974 1470 975 1477 976 1456 977 1489 978 1561 979 1479 980 1522 981 1506 982 1447 983 1483 984 1483 985 1336 986 1455 987 1428 988 1437 989 1465 990 1499 991 1449 992 1462 993 1487 994 1458 995 1567 996 1387 997 1498 998 1509 999 1457 1000 1459 1001 1474 1002 1460 1003 1518 1004 1421 1005 1465 1006 1474 1007 1446 1008 1448 1009 1473 1010 1469 1011 1434 1012 1487 1013 1441 1014 1484 1015 1523 1016 1439 1017 1361 1018 1512 1019 1417 1020 1493 1021 1394 1022 1471 1023 1403 1024 1409 1025 1349 1026 1439 1027 1358 1028 1388 1029 1409 1030 1371 1031 1408 1032 1367 1033 1338 1034 1322 1035 1370 1036 1374 1037 1424 1038 1336 1039 1356 1040 1358 1041 1338 1042 1344 1043 1379 1044 1377 1045 1310 1046 1269 1047 1442 1048 1319 1049 1326 1050 1360 1051 1314 1052 1315 1053 1320 1054 1335 1055 1326 1056 1320 1057 1299 1058 1297 1059 1358 1060 1307 1061 1315 1062 1326 1063 1363 1064 1335 1065 1435 1066 1367 1067 1307 1068 1362 1069 1341 1070 1360 1071 1362 1072 1362 1073 1342 1074 1318 1075 1320 1076 1335 1077 1301 1078 1379 1079 1339 1080 1294 1081 1353 1082 1295 1083 1306 1084 1385 1085 1381 1086 1300 1087 1346 1088 1319 1089 1351 1090 1379 1091 1393 1092 1330 1093 1354 1094 1329 1095 1344 1096 1324 1097 1324 1098 1276 1099 1257 1100 1273 1101 1322 1102 1279 1103 1332 1104 1331 1105 1351 1106 1337 1107 1304 1108 1325 1109 1354 1110 1362 1111 1374 1112 1258 1113 1296 1114 1375 1115 1322 1116 1335 1117 1354 1118 1324 1119 1303 1120 1306 1121 1295 1122 1334 1123 1280 1124 1339 1125 1280 1126 1323 1127 1306 1128 1246 1129 1346 1130 1239 1131 1278 1132 1298 1133 1316 1134 1320 1135 1388 1136 1378 1137 1276 1138 1330 1139 1375 1140 1305 1141 1347 1142 1307 1143 1287 1144 1274 1145 1342 1146 1299 1147 1272 1148 1332 1149 1368 1150 1350 1151 1308 1152 1368 1153 1308 1154 1355 1155 1314 1156 1368 1157 1260 1158 1298 1159 1277 1160 1298 1161 1295 1162 1351 1163 1358 1164 1299 1165 1354 1166 1317 1167 1283 1168 1305 1169 1310 1170 1339 1171 1325 1172 1312 1173 1327 1174 1326 1175 1310 1176 1340 1177 1299 1178 1318 1179 1319 1180 1325 1181 1274 1182 1355 1183 1360 1184 1300 1185 1345 1186 1256 1187 1329 1188 1357 1189 1344 1190 1380 1191 1338 1192 1245 1193 1329 1194 1343 1195 1343 1196 1314 1197 1334 1198 1274 1199 1359 1200 1316 1201 1365 1202 1320 1203 1358 1204 1386 1205 1351 1206 1296 1207 1342 1208 1396 1209 1273 1210 1330 1211 1297 1212 1382 1213 1322 1214 1390 1215 1354 1216 1327 1217 1312 1218 1332 1219 1336 1220 1361 1221 1283 1222 1288 1223 1291 1224 1341 1225 1342 1226 1313 1227 1344 1228 1273 1229 1307 1230 1283 1231 1316 1232 1307 1233 1332 1234 1344 1235 1267 1236 1266 1237 1281 1238 1312 1239 1325 1240 1343 1241 1350 1242 1265 1243 1246 1244 1269 1245 1290 1246 1261 1247 1277 1248 1274 1249 1280 1250 1330 1251 1341 1252 1291 1253 1354 1254 1367 1255 1281 1256 1285 1257 1286 1258 1333 1259 1383 1260 1379 1261 1265 1262 1301 1263 1383 1264 1338 1265 1295 1266 1283 1267 1256 1268 1342 1269 1364 1270 1305 1271 1320 1272 1323 1273 1287 1274 1273 1275 1267 1276 1291 1277 1292 1278 1361 1279 1328 1280 1286 1281 1324 1282 1254 1283 1328 1284 1335 1285 1248 1286 1310 1287 1288 1288 1323 1289 1261 1290 1343 1291 1331 1292 1304 1293 1265 1294 1336 1295 1314 1296 1318 1297 1299 1298 1233 1299 1282 1300 1311 1301 1266 1302 1262 1303 1344 1304 1281 1305 1304 1306 1214 1307 1241 1308 1258 1309 1232 1310 1330 1311 1302 1312 1250 1313 1275 1314 1300 1315 1316 1316 1267 1317 1243 1318 1248 1319 1293 1320 1241 1321 1330 1322 1223 1323 1260 1324 1322 1325 1298 1326 1237 1327 1258 1328 1227 1329 1267 1330 1263 1331 1277 1332 1223 1333 1258 1334 1240 1335 1189 1336 1237 1337 1285 1338 1212 1339 1225 1340 1220 1341 1242 1342 1172 1343 1315 1344 1211 1345 1250 1346 1201 1347 1216 1348 1284 1349 1176 1350 1244 1351 1260 1352 1214 1353 1231 1354 1234 1355 1220 1356 1244 1357 1276 1358 1150 1359 1212 1360 1226 1361 1245 1362 1207 1363 1258 1364 1188 1365 1183 1366 1211 1367 1211