## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA100nM_2.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA100nM_2.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA100nM_2.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 03:10:53 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 243 167 116 22 823726 284.437466 255.473845 15942737 FR 45 89 135 183 233 295 569 2615 8159 17017 67033 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 23 6 24 2 25 1 26 2 27 5 28 100 29 161 30 229 31 607 32 637 33 619 34 705 35 770 36 898 37 1023 38 1280 39 1488 40 1726 41 2061 42 2268 43 2556 44 2817 45 3012 46 3385 47 3792 48 4211 49 4632 50 5216 51 5747 52 6266 53 6765 54 7211 55 7818 56 8577 57 9077 58 9755 59 10667 60 11259 61 12120 62 12772 63 13636 64 14229 65 15253 66 15819 67 16445 68 17357 69 18420 70 19383 71 19817 72 20885 73 21546 74 22445 75 22993 76 23665 77 24543 78 25203 79 26421 80 27236 81 27748 82 28823 83 29636 84 30314 85 31230 86 31393 87 32185 88 32723 89 33597 90 34301 91 35233 92 36139 93 36373 94 37199 95 37483 96 37911 97 38333 98 38879 99 39084 100 39370 101 40594 102 41096 103 41381 104 42159 105 42206 106 42962 107 43454 108 43608 109 44015 110 44225 111 44658 112 45092 113 45702 114 46070 115 46445 116 46361 117 46470 118 47192 119 47112 120 47278 121 47873 122 48355 123 48596 124 49104 125 49163 126 49358 127 49230 128 49719 129 49812 130 49521 131 50121 132 50088 133 50915 134 50959 135 51146 136 51150 137 51475 138 51686 139 51685 140 51667 141 51273 142 51685 143 51725 144 51664 145 51722 146 52281 147 51967 148 52002 149 51930 150 52109 151 52223 152 51742 153 52417 154 52314 155 52383 156 52198 157 52522 158 52315 159 52285 160 52656 161 52128 162 52182 163 52241 164 52480 165 52203 166 52436 167 52732 168 52201 169 52560 170 52069 171 52130 172 51750 173 51680 174 51930 175 51816 176 51337 177 51795 178 51831 179 51324 180 50940 181 51245 182 50883 183 50816 184 50238 185 50536 186 50016 187 50471 188 50152 189 49483 190 49575 191 49732 192 49462 193 49313 194 48915 195 48743 196 48636 197 48825 198 48093 199 48161 200 47800 201 47652 202 47567 203 47450 204 47026 205 46643 206 46723 207 46550 208 46122 209 45756 210 45927 211 45794 212 45263 213 44773 214 44689 215 44115 216 43753 217 43559 218 43704 219 43363 220 42968 221 42779 222 42710 223 42413 224 41764 225 41407 226 41330 227 41098 228 40866 229 40259 230 39959 231 39575 232 39251 233 39421 234 38752 235 38368 236 38221 237 37997 238 37711 239 36867 240 37052 241 36706 242 35978 243 36229 244 35710 245 35128 246 34869 247 34615 248 34517 249 34148 250 33584 251 33572 252 33199 253 32800 254 32452 255 32391 256 31880 257 31424 258 31330 259 30940 260 30548 261 30372 262 30126 263 29802 264 29322 265 29307 266 28467 267 28372 268 28320 269 28051 270 27727 271 27423 272 26843 273 26638 274 26283 275 26164 276 26273 277 25541 278 25459 279 25045 280 24687 281 24346 282 24062 283 23882 284 23908 285 23470 286 23188 287 22961 288 22377 289 22357 290 21959 291 21968 292 21695 293 21378 294 21081 295 20866 296 20679 297 20437 298 20306 299 19854 300 19878 301 19463 302 19363 303 19100 304 18772 305 18589 306 18337 307 18121 308 17851 309 17816 310 17648 311 17246 312 16977 313 16790 314 16664 315 16508 316 16352 317 15882 318 15965 319 15790 320 15667 321 15344 322 14908 323 15036 324 14537 325 14369 326 14418 327 14078 328 14278 329 14052 330 13699 331 13562 332 13484 333 13071 334 12915 335 12913 336 12561 337 12758 338 12405 339 12393 340 12058 341 12067 342 11697 343 11695 344 11382 345 11549 346 11275 347 11124 348 11196 349 10924 350 10794 351 10656 352 10612 353 10307 354 10140 355 9965 356 10182 357 9961 358 9617 359 9789 360 9617 361 9413 362 9360 363 9321 364 9182 365 9124 366 9071 367 8906 368 8636 369 8600 370 8622 371 8441 372 8434 373 8121 374 8242 375 7971 376 7878 377 7739 378 8007 379 7820 380 7529 381 7497 382 7438 383 7364 384 7262 385 7283 386 7140 387 7088 388 6962 389 6836 390 6863 391 6741 392 6554 393 6644 394 6634 395 6406 396 6490 397 6353 398 6308 399 6235 400 6160 401 6061 402 5996 403 5931 404 5861 405 5960 406 5645 407 5572 408 5553 409 5644 410 5504 411 5587 412 5390 413 5413 414 5452 415 5248 416 5339 417 5149 418 5186 419 5026 420 5054 421 5058 422 5043 423 4893 424 4864 425 4819 426 4770 427 4710 428 4544 429 4554 430 4479 431 4480 432 4442 433 4497 434 4325 435 4496 436 4457 437 4363 438 4263 439 4182 440 4225 441 4256 442 4033 443 4149 444 4147 445 4104 446 4124 447 3981 448 4015 449 3896 450 3933 451 3841 452 3768 453 3765 454 3745 455 3766 456 3683 457 3669 458 3694 459 3530 460 3682 461 3553 462 3537 463 3547 464 3521 465 3480 466 3439 467 3320 468 3454 469 3329 470 3481 471 3361 472 3266 473 3322 474 3397 475 3245 476 3334 477 3275 478 3225 479 3203 480 3278 481 3190 482 3137 483 3149 484 3150 485 3125 486 3054 487 3020 488 2992 489 2977 490 3019 491 3024 492 2971 493 3001 494 3009 495 3047 496 2868 497 2898 498 2918 499 2913 500 2927 501 2966 502 2906 503 2915 504 2832 505 2922 506 2813 507 2815 508 2804 509 2811 510 2735 511 2740 512 2825 513 2813 514 2676 515 2730 516 2698 517 2686 518 2698 519 2629 520 2717 521 2707 522 2592 523 2592 524 2656 525 2664 526 2556 527 2586 528 2562 529 2599 530 2631 531 2640 532 2624 533 2519 534 2571 535 2517 536 2572 537 2463 538 2551 539 2538 540 2542 541 2498 542 2450 543 2511 544 2430 545 2472 546 2490 547 2495 548 2420 549 2480 550 2501 551 2440 552 2383 553 2425 554 2415 555 2406 556 2426 557 2420 558 2415 559 2350 560 2342 561 2437 562 2295 563 2272 564 2344 565 2290 566 2352 567 2319 568 2359 569 2324 570 2328 571 2338 572 2336 573 2272 574 2276 575 2300 576 2284 577 2339 578 2296 579 2271 580 2251 581 2262 582 2307 583 2221 584 2263 585 2259 586 2246 587 2331 588 2156 589 2248 590 2222 591 2209 592 2332 593 2269 594 2271 595 2277 596 2180 597 2192 598 2179 599 2227 600 2210 601 2257 602 2271 603 2234 604 2188 605 2194 606 2208 607 2157 608 2201 609 2227 610 2142 611 2200 612 2224 613 2174 614 2156 615 2149 616 2163 617 2052 618 2169 619 2229 620 2169 621 2151 622 2215 623 2195 624 2183 625 2208 626 2134 627 2224 628 2084 629 2087 630 2223 631 2103 632 2152 633 2146 634 2218 635 2208 636 2194 637 2150 638 2164 639 2116 640 2192 641 2209 642 2224 643 2204 644 2180 645 2175 646 2196 647 2197 648 2153 649 2181 650 2104 651 2163 652 2202 653 2170 654 2110 655 2152 656 2105 657 2099 658 2223 659 2235 660 2096 661 2129 662 2174 663 2183 664 2144 665 2089 666 2021 667 2244 668 2106 669 2056 670 2151 671 2218 672 2139 673 2162 674 2117 675 2122 676 2123 677 2165 678 2187 679 2247 680 2197 681 2160 682 2193 683 2161 684 2050 685 2195 686 2194 687 2164 688 2072 689 2149 690 2145 691 2157 692 2218 693 2164 694 2249 695 2199 696 2131 697 2147 698 2143 699 2084 700 2181 701 2146 702 2156 703 2239 704 2095 705 2166 706 2166 707 2062 708 2149 709 2062 710 2095 711 2136 712 2109 713 2150 714 2119 715 2091 716 2133 717 2145 718 2075 719 2090 720 2063 721 2025 722 2058 723 2137 724 2078 725 2104 726 2048 727 2111 728 2119 729 2037 730 2101 731 2134 732 2055 733 2037 734 1999 735 2079 736 2037 737 1992 738 2091 739 2035 740 2062 741 1951 742 2058 743 2004 744 1985 745 2035 746 2043 747 2021 748 1975 749 2001 750 1942 751 2009 752 2001 753 2026 754 1958 755 2023 756 2038 757 1984 758 1997 759 1969 760 1974 761 1871 762 1971 763 1918 764 2012 765 2015 766 1970 767 1923 768 2021 769 1926 770 1922 771 1915 772 1946 773 1993 774 1886 775 1899 776 1886 777 1859 778 1861 779 1927 780 1831 781 1849 782 1918 783 1886 784 1966 785 1906 786 1892 787 1916 788 1884 789 1837 790 1841 791 1881 792 1819 793 1778 794 1837 795 1733 796 1817 797 1779 798 1882 799 1787 800 1802 801 1811 802 1803 803 1786 804 1745 805 1883 806 1782 807 1739 808 1748 809 1771 810 1844 811 1734 812 1801 813 1773 814 1706 815 1741 816 1764 817 1788 818 1682 819 1780 820 1731 821 1768 822 1717 823 1754 824 1752 825 1685 826 1756 827 1796 828 1728 829 1744 830 1670 831 1716 832 1690 833 1726 834 1664 835 1695 836 1623 837 1692 838 1656 839 1606 840 1710 841 1682 842 1784 843 1701 844 1662 845 1713 846 1712 847 1718 848 1662 849 1631 850 1647 851 1626 852 1742 853 1734 854 1673 855 1679 856 1719 857 1645 858 1660 859 1704 860 1677 861 1667 862 1693 863 1613 864 1685 865 1646 866 1719 867 1702 868 1704 869 1658 870 1709 871 1567 872 1674 873 1740 874 1593 875 1686 876 1628 877 1691 878 1669 879 1641 880 1610 881 1574 882 1617 883 1642 884 1585 885 1623 886 1591 887 1676 888 1678 889 1625 890 1636 891 1602 892 1624 893 1587 894 1619 895 1602 896 1646 897 1652 898 1571 899 1642 900 1588 901 1581 902 1573 903 1582 904 1572 905 1603 906 1576 907 1507 908 1580 909 1594 910 1630 911 1573 912 1551 913 1590 914 1537 915 1552 916 1575 917 1627 918 1573 919 1629 920 1541 921 1572 922 1571 923 1660 924 1607 925 1501 926 1575 927 1545 928 1480 929 1592 930 1520 931 1511 932 1553 933 1584 934 1544 935 1526 936 1507 937 1574 938 1538 939 1561 940 1569 941 1548 942 1538 943 1561 944 1567 945 1550 946 1593 947 1559 948 1487 949 1517 950 1522 951 1545 952 1488 953 1532 954 1582 955 1588 956 1558 957 1504 958 1520 959 1573 960 1534 961 1521 962 1558 963 1505 964 1497 965 1497 966 1551 967 1489 968 1519 969 1523 970 1481 971 1531 972 1503 973 1450 974 1467 975 1526 976 1436 977 1447 978 1456 979 1460 980 1461 981 1486 982 1405 983 1460 984 1473 985 1453 986 1470 987 1497 988 1452 989 1426 990 1403 991 1446 992 1483 993 1374 994 1435 995 1512 996 1481 997 1502 998 1481 999 1430 1000 1416 1001 1508 1002 1458 1003 1500 1004 1459 1005 1424 1006 1435 1007 1424 1008 1464 1009 1435 1010 1500 1011 1438 1012 1459 1013 1450 1014 1408 1015 1419 1016 1398 1017 1417 1018 1396 1019 1367 1020 1403 1021 1431 1022 1445 1023 1477 1024 1348 1025 1434 1026 1403 1027 1374 1028 1453 1029 1407 1030 1385 1031 1418 1032 1391 1033 1313 1034 1409 1035 1450 1036 1385 1037 1323 1038 1342 1039 1339 1040 1344 1041 1367 1042 1330 1043 1367 1044 1348 1045 1340 1046 1387 1047 1378 1048 1375 1049 1348 1050 1336 1051 1313 1052 1339 1053 1303 1054 1361 1055 1350 1056 1302 1057 1334 1058 1256 1059 1342 1060 1328 1061 1363 1062 1329 1063 1377 1064 1392 1065 1344 1066 1320 1067 1331 1068 1277 1069 1318 1070 1374 1071 1336 1072 1303 1073 1266 1074 1316 1075 1302 1076 1375 1077 1378 1078 1364 1079 1376 1080 1335 1081 1295 1082 1307 1083 1300 1084 1364 1085 1351 1086 1349 1087 1389 1088 1332 1089 1354 1090 1329 1091 1400 1092 1253 1093 1326 1094 1326 1095 1285 1096 1341 1097 1400 1098 1305 1099 1339 1100 1343 1101 1312 1102 1314 1103 1305 1104 1281 1105 1345 1106 1284 1107 1304 1108 1306 1109 1294 1110 1328 1111 1295 1112 1355 1113 1395 1114 1397 1115 1318 1116 1386 1117 1336 1118 1286 1119 1245 1120 1332 1121 1357 1122 1293 1123 1348 1124 1382 1125 1286 1126 1305 1127 1317 1128 1297 1129 1258 1130 1317 1131 1298 1132 1268 1133 1372 1134 1381 1135 1332 1136 1385 1137 1296 1138 1363 1139 1367 1140 1293 1141 1435 1142 1352 1143 1367 1144 1315 1145 1372 1146 1353 1147 1350 1148 1367 1149 1323 1150 1330 1151 1314 1152 1318 1153 1318 1154 1352 1155 1330 1156 1339 1157 1292 1158 1330 1159 1384 1160 1359 1161 1279 1162 1372 1163 1398 1164 1362 1165 1406 1166 1297 1167 1364 1168 1304 1169 1262 1170 1289 1171 1310 1172 1285 1173 1360 1174 1322 1175 1322 1176 1342 1177 1261 1178 1349 1179 1349 1180 1328 1181 1304 1182 1304 1183 1333 1184 1312 1185 1344 1186 1285 1187 1369 1188 1345 1189 1375 1190 1309 1191 1326 1192 1331 1193 1353 1194 1384 1195 1342 1196 1369 1197 1367 1198 1304 1199 1281 1200 1344 1201 1285 1202 1380 1203 1404 1204 1371 1205 1349 1206 1371 1207 1392 1208 1371 1209 1316 1210 1307 1211 1327 1212 1399 1213 1312 1214 1356 1215 1372 1216 1331 1217 1413 1218 1307 1219 1307 1220 1325 1221 1354 1222 1309 1223 1358 1224 1307 1225 1310 1226 1356 1227 1351 1228 1305 1229 1314 1230 1327 1231 1301 1232 1348 1233 1344 1234 1261 1235 1269 1236 1325 1237 1302 1238 1328 1239 1347 1240 1291 1241 1312 1242 1310 1243 1330 1244 1287 1245 1329 1246 1337 1247 1327 1248 1336 1249 1307 1250 1294 1251 1312 1252 1307 1253 1278 1254 1307 1255 1259 1256 1336 1257 1320 1258 1308 1259 1272 1260 1332 1261 1277 1262 1297 1263 1296 1264 1311 1265 1360 1266 1358 1267 1253 1268 1251 1269 1265 1270 1347 1271 1296 1272 1301 1273 1298 1274 1249 1275 1319 1276 1237 1277 1309 1278 1330 1279 1275 1280 1298 1281 1255 1282 1293 1283 1295 1284 1268 1285 1289 1286 1248 1287 1304 1288 1323 1289 1294 1290 1295 1291 1324 1292 1336 1293 1307 1294 1316 1295 1300 1296 1262 1297 1266 1298 1305 1299 1308 1300 1280 1301 1265 1302 1278 1303 1293 1304 1289 1305 1238 1306 1236 1307 1303 1308 1150 1309 1286 1310 1259 1311 1274 1312 1247 1313 1328 1314 1299 1315 1243 1316 1305 1317 1300 1318 1259 1319 1192 1320 1231 1321 1251 1322 1234 1323 1248 1324 1263 1325 1271 1326 1198 1327 1207 1328 1279 1329 1282 1330 1224 1331 1265 1332 1269 1333 1237 1334 1237 1335 1243 1336 1273 1337 1228 1338 1227 1339 1251 1340 1228 1341 1201 1342 1162 1343 1157 1344 1246 1345 1209 1346 1287 1347 1190 1348 1146 1349 1204 1350 1206 1351 1173 1352 1277 1353 1247 1354 1272 1355 1253 1356 1233 1357 1214 1358 1252 1359 1235 1360 1233 1361 1195 1362 1203 1363 1218 1364 1217 1365 1206 1366 1241 1367 1129 1368 1190 1369 1236 1370 1241 1371 1208 1372 1106 1373 1147 1374 1133 1375 1149 1376 1207 1377 1161 1378 1126 1379 1097 1380 1205 1381 1135 1382 1219 1383 1149 1384 1217 1385 1216 1386 1120 1387 1186 1388 1163 1389 1144 1390 1142 1391 1154 1392 1081 1393 1190 1394 1206 1395 1185 1396 1143 1397 1163 1398 1176 1399 1209 1400 1205 1401 1161 1402 1119 1403 1208