## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA100nM_1.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/final_bam/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA100nM_1.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/ghe/2023_s2s_run/results_no_replicates/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-D12_supernatant_RU1uMTA100nM_1.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Oct 06 04:06:13 CEST 2023 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 235 164 96 23 901248 257.75942 192.38667 12083065 FR 39 77 115 151 193 241 339 1947 7169 15323 59331 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 23 3 24 2 25 1 26 1 27 2 28 57 29 97 30 175 31 391 32 411 33 409 34 416 35 471 36 522 37 558 38 689 39 740 40 881 41 976 42 1092 43 1187 44 1256 45 1280 46 1514 47 1621 48 1685 49 1887 50 2052 51 2217 52 2305 53 2631 54 2711 55 2923 56 3076 57 3262 58 3634 59 3822 60 4051 61 4505 62 4805 63 4916 64 5351 65 5541 66 5741 67 6229 68 6428 69 6895 70 7249 71 7672 72 7965 73 8335 74 8894 75 9269 76 9717 77 9922 78 10492 79 11146 80 11616 81 11997 82 12851 83 13060 84 13587 85 14172 86 14887 87 14984 88 15602 89 16222 90 16858 91 17525 92 18505 93 18980 94 19637 95 20056 96 20701 97 21435 98 21627 99 22336 100 22883 101 23967 102 24200 103 25215 104 26049 105 26347 106 27060 107 27741 108 28090 109 28933 110 29299 111 30432 112 31205 113 31682 114 32370 115 33143 116 33830 117 34302 118 34719 119 35658 120 35967 121 36715 122 37161 123 37697 124 38619 125 39213 126 39383 127 39631 128 40388 129 40524 130 41520 131 41650 132 42329 133 42754 134 43793 135 43600 136 44469 137 44717 138 44957 139 45019 140 45151 141 45821 142 46095 143 46583 144 46281 145 46958 146 47413 147 47378 148 47469 149 47307 150 47231 151 47737 152 48082 153 47994 154 47920 155 48100 156 48304 157 48609 158 48500 159 48428 160 48677 161 48660 162 48632 163 48465 164 49076 165 48682 166 48629 167 48564 168 48427 169 48610 170 48301 171 48116 172 47745 173 47754 174 47125 175 47306 176 47089 177 47130 178 47085 179 46755 180 46914 181 46544 182 46115 183 46058 184 45899 185 45478 186 45150 187 45351 188 44798 189 44681 190 44668 191 44013 192 43678 193 43878 194 43802 195 42951 196 42722 197 42543 198 42485 199 41932 200 42140 201 41600 202 41182 203 40950 204 40817 205 40522 206 40149 207 39898 208 39240 209 39329 210 38914 211 38500 212 38510 213 38001 214 37957 215 37739 216 37309 217 36751 218 36480 219 36174 220 36375 221 35768 222 35453 223 35307 224 34868 225 34349 226 34509 227 34112 228 33880 229 33589 230 33064 231 32874 232 32329 233 32402 234 32057 235 31720 236 31583 237 31385 238 30754 239 30520 240 30285 241 30065 242 29662 243 29453 244 29121 245 28676 246 28423 247 28135 248 28108 249 27650 250 27485 251 27137 252 26927 253 26858 254 26745 255 26306 256 25812 257 25554 258 25433 259 25241 260 24802 261 24320 262 24179 263 24212 264 24050 265 23569 266 23416 267 23118 268 22904 269 22968 270 22536 271 22181 272 22088 273 21681 274 21557 275 21012 276 20644 277 20816 278 20867 279 20531 280 20099 281 19803 282 19769 283 19287 284 19438 285 19122 286 18638 287 18762 288 18655 289 18243 290 18049 291 17619 292 17745 293 17350 294 17263 295 17023 296 16894 297 16648 298 16510 299 16211 300 16286 301 16015 302 15771 303 15594 304 15434 305 15346 306 15176 307 14998 308 14805 309 14701 310 14473 311 14381 312 14190 313 13832 314 13991 315 13730 316 13430 317 13247 318 13154 319 13023 320 12790 321 12781 322 12413 323 12458 324 12253 325 11950 326 12055 327 11953 328 11755 329 11640 330 11426 331 11161 332 11257 333 11107 334 10936 335 10678 336 10758 337 10587 338 10364 339 10258 340 10280 341 10043 342 9696 343 10013 344 9735 345 9503 346 9294 347 9272 348 9069 349 9273 350 8987 351 8929 352 8960 353 8609 354 8621 355 8592 356 8545 357 8395 358 8445 359 8136 360 8093 361 8050 362 7900 363 7725 364 7744 365 7613 366 7433 367 7552 368 7448 369 7253 370 7163 371 7181 372 7252 373 6975 374 6824 375 6925 376 6837 377 6688 378 6688 379 6471 380 6420 381 6355 382 6268 383 6251 384 6149 385 6066 386 6112 387 6234 388 5715 389 5667 390 5837 391 5645 392 5652 393 5463 394 5629 395 5425 396 5438 397 5294 398 5323 399 5149 400 5232 401 5070 402 5139 403 5019 404 5008 405 4833 406 4738 407 4775 408 4738 409 4888 410 4584 411 4486 412 4633 413 4567 414 4632 415 4429 416 4361 417 4326 418 4288 419 4263 420 4281 421 4214 422 4076 423 3974 424 4049 425 3976 426 3918 427 3852 428 3882 429 3825 430 3842 431 3685 432 3689 433 3671 434 3665 435 3644 436 3533 437 3553 438 3523 439 3433 440 3483 441 3396 442 3280 443 3300 444 3295 445 3290 446 3242 447 3163 448 3129 449 3116 450 3143 451 3175 452 3058 453 3043 454 2977 455 2958 456 3011 457 2985 458 2909 459 2865 460 2837 461 2723 462 2825 463 2823 464 2795 465 2744 466 2689 467 2716 468 2653 469 2589 470 2595 471 2648 472 2568 473 2504 474 2711 475 2490 476 2401 477 2481 478 2394 479 2457 480 2435 481 2421 482 2363 483 2361 484 2414 485 2437 486 2384 487 2377 488 2375 489 2236 490 2195 491 2175 492 2288 493 2182 494 2237 495 2155 496 2126 497 2201 498 2106 499 2101 500 2077 501 2032 502 2102 503 2045 504 2091 505 2135 506 2058 507 2013 508 2069 509 1965 510 2039 511 1985 512 2049 513 2021 514 1906 515 2014 516 1987 517 1824 518 1949 519 1947 520 1933 521 1850 522 1866 523 1787 524 1884 525 1781 526 1832 527 1782 528 1820 529 1830 530 1784 531 1848 532 1766 533 1781 534 1782 535 1729 536 1702 537 1724 538 1717 539 1749 540 1728 541 1702 542 1720 543 1760 544 1693 545 1711 546 1647 547 1710 548 1650 549 1738 550 1639 551 1693 552 1653 553 1611 554 1650 555 1634 556 1651 557 1621 558 1593 559 1545 560 1621 561 1525 562 1548 563 1541 564 1565 565 1530 566 1630 567 1521 568 1593 569 1487 570 1574 571 1520 572 1508 573 1539 574 1524 575 1516 576 1532 577 1509 578 1537 579 1522 580 1473 581 1445 582 1505 583 1466 584 1486 585 1440 586 1429 587 1470 588 1427 589 1419 590 1517 591 1467 592 1500 593 1476 594 1505 595 1495 596 1458 597 1451 598 1449 599 1473 600 1457 601 1492 602 1446 603 1486 604 1492 605 1447 606 1395 607 1420 608 1371 609 1390 610 1444 611 1379 612 1442 613 1408 614 1418 615 1378 616 1379 617 1398 618 1377 619 1421 620 1431 621 1431 622 1397 623 1450 624 1418 625 1423 626 1391 627 1466 628 1404 629 1382 630 1369 631 1402 632 1436 633 1411 634 1359 635 1461 636 1415 637 1434 638 1355 639 1338 640 1309 641 1359 642 1400 643 1362 644 1341 645 1384 646 1363 647 1403 648 1355 649 1345 650 1351 651 1377 652 1321 653 1392 654 1367 655 1331 656 1359 657 1352 658 1355 659 1313 660 1352 661 1359 662 1338 663 1334 664 1361 665 1393 666 1389 667 1340 668 1330 669 1312 670 1387 671 1308 672 1344 673 1337 674 1333 675 1372 676 1360 677 1298 678 1317 679 1361 680 1384 681 1341 682 1353 683 1361 684 1348 685 1317 686 1319 687 1344 688 1304 689 1363 690 1397 691 1355 692 1345 693 1323 694 1367 695 1353 696 1315 697 1327 698 1352 699 1385 700 1397 701 1327 702 1321 703 1314 704 1313 705 1309 706 1318 707 1286 708 1343 709 1341 710 1309 711 1378 712 1386 713 1266 714 1341 715 1308 716 1279 717 1278 718 1318 719 1383 720 1287 721 1327 722 1294 723 1355 724 1288 725 1248 726 1268 727 1262 728 1298 729 1289 730 1300 731 1290 732 1257 733 1259 734 1320 735 1303 736 1276 737 1281 738 1278 739 1231 740 1221 741 1295 742 1291 743 1325 744 1291 745 1203 746 1271 747 1195 748 1239 749 1239 750 1258 751 1265 752 1180 753 1310 754 1237 755 1206 756 1217 757 1239 758 1213 759 1314 760 1319 761 1197 762 1170 763 1248 764 1219 765 1187 766 1256 767 1235 768 1192 769 1201 770 1185 771 1213 772 1257 773 1234 774 1203 775 1088 776 1135 777 1207 778 1152 779 1234 780 1183 781 1249 782 1224 783 1173 784 1167 785 1202 786 1217 787 1122 788 1086 789 1184 790 1045 791 1113 792 1148 793 1129 794 1163 795 1169 796 1130 797 1114 798 1196 799 1113 800 1119 801 1120 802 1173 803 1116 804 1173 805 1074 806 1152 807 1115 808 1146 809 1085 810 1146 811 1094 812 1102 813 1142 814 1112 815 1110 816 1191 817 1129 818 1060 819 1059 820 1161 821 1060 822 1070 823 1034 824 1056 825 1073 826 1043 827 1096 828 1084 829 1068 830 1079 831 1067 832 1045 833 1066 834 1058 835 1075 836 1068 837 1068 838 1092 839 1027 840 1067 841 1078 842 1034 843 1025 844 1065 845 1071 846 1086 847 1127 848 1009 849 1089 850 1053 851 1054 852 1025 853 1024 854 1081 855 1047 856 1047 857 1051 858 1078 859 1033 860 1010 861 1057 862 1007 863 1075 864 1060 865 993 866 1012 867 1079 868 1033 869 982 870 1055 871 1030 872 933 873 1039 874 983 875 978 876 1050 877 1013 878 1022 879 1062 880 1080 881 1018 882 1084 883 1037 884 1051 885 1107 886 1005 887 1070 888 999 889 989 890 1077 891 957 892 1022 893 1010 894 1014 895 1084 896 1045 897 988 898 1046 899 999 900 1030 901 1020 902 1028 903 992 904 1051 905 1006 906 1006 907 990 908 984 909 1040 910 946 911 1023 912 1048 913 1021 914 1034 915 997 916 1021 917 1000 918 1044 919 1054 920 975 921 1027 922 980 923 984 924 1035 925 1009 926 997 927 991 928 995 929 959 930 948 931 1004 932 952 933 961 934 943 935 1029 936 952 937 995 938 969 939 1000 940 977 941 1025 942 1002 943 1020 944 1054 945 965 946 1050 947 998 948 1042 949 970 950 949 951 1015 952 977 953 962 954 974 955 994 956 979 957 938 958 981 959 935 960 942 961 963 962 936 963 934 964 1001 965 966 966 953 967 970 968 948 969 975 970 1055 971 984 972 911 973 928 974 959 975 964 976 947 977 972 978 955 979 961 980 959 981 954 982 944 983 945 984 910 985 883 986 913 987 968 988 985 989 981 990 934 991 954 992 974 993 907 994 959 995 960 996 990 997 899 998 927 999 972 1000 987 1001 921 1002 964 1003 982 1004 892 1005 930 1006 898 1007 879 1008 919 1009 911 1010 944 1011 912 1012 933 1013 937 1014 917 1015 952 1016 930 1017 908 1018 909 1019 913 1020 952 1021 900 1022 902 1023 915 1024 882 1025 901 1026 915 1027 917 1028 878 1029 927 1030 920 1031 829 1032 883 1033 877 1034 861 1035 871 1036 856 1037 887 1038 856 1039 937 1040 856 1041 904 1042 857 1043 839 1044 847 1045 927 1046 866 1047 893 1048 873 1049 892 1050 873 1051 896 1052 858 1053 886 1054 871 1055 877 1056 883 1057 895 1058 896 1059 861 1060 841 1061 884 1062 837 1063 839 1064 848 1065 860 1066 813 1067 882 1068 894 1069 871 1070 887 1071 894 1072 863 1073 843 1074 914 1075 851 1076 879 1077 925 1078 816 1079 837 1080 847 1081 865 1082 822 1083 866 1084 843 1085 897 1086 868 1087 920 1088 892 1089 863 1090 865 1091 859 1092 865 1093 880 1094 834 1095 890 1096 901 1097 815 1098 860 1099 868 1100 918 1101 940 1102 830 1103 858 1104 870 1105 840 1106 894 1107 842 1108 904 1109 875 1110 793 1111 895 1112 811 1113 882 1114 880 1115 862 1116 839 1117 833 1118 868 1119 919 1120 838 1121 830 1122 913 1123 819 1124 900 1125 890 1126 859 1127 791 1128 870 1129 809 1130 842 1131 862 1132 819 1133 792 1134 868 1135 815 1136 851 1137 871 1138 865 1139 840 1140 837 1141 856 1142 856 1143 855 1144 849 1145 834 1146 850 1147 817 1148 850 1149 857 1150 857 1151 839 1152 886 1153 815 1154 866 1155 794 1156 857 1157 863 1158 803 1159 815 1160 823 1161 836 1162 831 1163 803 1164 882 1165 922 1166 864 1167 861 1168 871 1169 860 1170 803 1171 856 1172 849 1173 886 1174 836 1175 837 1176 848 1177 828 1178 863 1179 851 1180 923 1181 851 1182 857 1183 865 1184 886 1185 835 1186 884 1187 859 1188 857 1189 871 1190 881 1191 930 1192 853 1193 871 1194 845 1195 891