## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728092.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/final_bam/hg38-GSM4728092.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728092.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Feb 19 14:32:48 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 167 19 59 2 220176589 186.81642 110.567617 10916865 FR 23 45 67 93 119 149 187 263 329 475 803 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 433 3 389 4 392 5 409 6 408 7 414 8 453 9 423 10 430 11 395 12 379 13 396 14 421 15 393 16 413 17 466 18 466 19 474161 20 136306 21 38866 22 16824 23 6800 24 2555 25 2215 26 1397 27 1185 28 868 29 858 30 791 31 934 32 942 33 1021 34 1170 35 1330 36 1543 37 1686 38 1983 39 2141 40 2544 41 2774 42 3223 43 3594 44 3891 45 4304 46 4726 47 5242 48 5764 49 6224 50 6668 51 7340 52 8048 53 8599 54 9288 55 9894 56 10512 57 11521 58 12280 59 12953 60 13409 61 14415 62 15321 63 16120 64 16817 65 17800 66 18548 67 19393 68 20271 69 21094 70 21813 71 22832 72 23385 73 24382 74 25562 75 26162 76 26985 77 27481 78 28756 79 29402 80 30295 81 30964 82 31715 83 32316 84 33154 85 33996 86 34473 87 35383 88 35795 89 36768 90 37315 91 38323 92 38893 93 39648 94 40567 95 41087 96 41206 97 41780 98 42554 99 43221 100 43953 101 44205 102 44479 103 45415 104 45232 105 46047 106 46307 107 46735 108 46981 109 47429 110 48139 111 48485 112 48892 113 49146 114 49315 115 49698 116 49729 117 50351 118 50605 119 51044 120 51314 121 51808 122 51600 123 51166 124 51693 125 51773 126 52076 127 52080 128 52623 129 52194 130 52834 131 52937 132 52536 133 52875 134 52424 135 53003 136 52317 137 53542 138 52858 139 53243 140 53798 141 53183 142 53330 143 52801 144 53181 145 52809 146 52991 147 52756 148 52999 149 53041 150 52069 151 52543 152 52463 153 52096 154 52704 155 51826 156 51593 157 51842 158 51656 159 51254 160 51136 161 51509 162 50452 163 50873 164 50801 165 50542 166 50091 167 49859 168 50214 169 49461 170 49755 171 48882 172 48889 173 48549 174 48546 175 48472 176 47907 177 47562 178 47177 179 47225 180 46773 181 46699 182 46422 183 46286 184 45966 185 45381 186 45100 187 44849 188 44654 189 44085 190 43811 191 43408 192 43690 193 43203 194 42860 195 42491 196 42036 197 41525 198 41297 199 40688 200 40074 201 40284 202 40392 203 39729 204 39013 205 38897 206 38585 207 37927 208 38305 209 37544 210 37006 211 37060 212 36334 213 35926 214 35816 215 35637 216 34856 217 34741 218 33946 219 34079 220 33340 221 33295 222 32781 223 32410 224 32248 225 31605 226 31298 227 31078 228 30772 229 30205 230 30368 231 29555 232 29573 233 29265 234 28672 235 28575 236 27859 237 27968 238 27382 239 27267 240 26487 241 26753 242 26174 243 25923 244 25236 245 25440 246 25198 247 24965 248 24497 249 24391 250 23761 251 23360 252 23674 253 22773 254 22980 255 22627 256 22163 257 22363 258 21751 259 21580 260 21191 261 21083 262 20877 263 20341 264 20244 265 20224 266 19796 267 19629 268 19424 269 19206 270 19053 271 18731 272 18426 273 18390 274 18079 275 18210 276 17689 277 17391 278 17471 279 17147 280 16853 281 16799 282 16709 283 16586 284 16100 285 15718 286 15854 287 15750 288 15573 289 15462 290 15223 291 15030 292 14967 293 14807 294 14721 295 14429 296 14163 297 14032 298 13940 299 13659 300 13640 301 13426 302 13420 303 13066 304 13003 305 13043 306 12794 307 12533 308 12650 309 12435 310 12394 311 12016 312 12104 313 11967 314 11958 315 11628 316 11462 317 11438 318 11447 319 11283 320 11013 321 11039 322 10994 323 10872 324 10827 325 10507 326 10607 327 10385 328 10347 329 10350 330 10058 331 10052 332 10080 333 9956 334 9525 335 9727 336 9692 337 9572 338 9491 339 9450 340 9300 341 9241 342 9095 343 9093 344 8927 345 8879 346 8896 347 8905 348 8574 349 8728 350 8542 351 8326 352 8467 353 8268 354 8243 355 8195 356 7924 357 8121 358 7798 359 7954 360 7914 361 7653 362 7855 363 7540 364 7552 365 7481 366 7363 367 7367 368 7419 369 7241 370 7230 371 7028 372 7078 373 7048 374 6917 375 6867 376 6920 377 6753 378 6699 379 6536 380 6692 381 6654 382 6432 383 6439 384 6341 385 6491 386 6301 387 6271 388 6359 389 6038 390 6155 391 5984 392 5950 393 5907 394 5857 395 5895 396 5729 397 5672 398 5556 399 5614 400 5515 401 5476 402 5598 403 5395 404 5479 405 5342 406 5294 407 5226 408 5122 409 5060 410 4978 411 5076 412 5033 413 4980 414 4754 415 4816 416 4799 417 4634 418 4679 419 4588 420 4544 421 4523 422 4491 423 4403 424 4419 425 4309 426 4214 427 4223 428 4173 429 4216 430 4217 431 4074 432 4149 433 3982 434 3944 435 3893 436 3834 437 3897 438 3855 439 3859 440 3817 441 3743 442 3642 443 3517 444 3585 445 3530 446 3430 447 3451 448 3412 449 3280 450 3300 451 3289 452 3245 453 3325 454 3178 455 3135 456 3152 457 3096 458 3048 459 3048 460 3051 461 3013 462 2981 463 3069 464 2905 465 2860 466 2860 467 2855 468 2808 469 2787 470 2651 471 2711 472 2678 473 2590 474 2549 475 2606 476 2601 477 2617 478 2538 479 2477 480 2498 481 2463 482 2446 483 2362 484 2463 485 2373 486 2376 487 2342 488 2331 489 2256 490 2288 491 2210 492 2204 493 2204 494 2154 495 2293 496 2170 497 2049 498 2132 499 2158 500 2059 501 2075 502 2065 503 2062 504 2045 505 1964 506 2014 507 1970 508 2034 509 1925 510 1837 511 1842 512 1892 513 1821 514 1842 515 1828 516 1839 517 1798 518 1821 519 1744 520 1791 521 1730 522 1707 523 1740 524 1719 525 1740 526 1632 527 1631 528 1593 529 1693 530 1549 531 1612 532 1572 533 1577 534 1635 535 1556 536 1543 537 1580 538 1490 539 1493 540 1525 541 1464 542 1437 543 1464 544 1525 545 1464 546 1493 547 1466 548 1429 549 1505 550 1353 551 1417 552 1448 553 1321 554 1354 555 1366 556 1368 557 1362 558 1329 559 1353 560 1326 561 1375 562 1210 563 1224 564 1284 565 1268 566 1265 567 1275 568 1177 569 1207 570 1231 571 1214 572 1185 573 1132 574 1217 575 1180 576 1131 577 1117 578 1100 579 1098 580 1062 581 1056 582 1092 583 1049 584 1086 585 1015 586 1014 587 1025 588 1055 589 1024 590 946 591 939 592 929 593 950 594 948 595 897 596 966 597 938 598 854 599 867 600 886 601 907 602 848 603 845 604 818 605 804 606 807 607 823 608 833 609 813 610 811 611 789 612 784 613 779 614 734 615 803 616 745 617 729 618 688 619 722 620 733 621 708 622 674 623 727 624 706 625 640 626 664 627 665 628 586 629 611 630 663 631 648 632 651 633 612 634 617 635 618 636 602 637 590 638 610 639 572 640 577 641 568 642 563 643 533 644 512 645 575 646 517 647 548 648 478 649 536 650 486 651 508 652 453 653 481 654 461 655 501 656 496 657 434 658 454 659 486 660 445 661 431 662 442 663 438 664 418 665 444 666 400 667 447 668 405 669 395 670 394 671 390 672 386 673 383 674 361 675 380 676 387 677 345 678 395 679 372 680 407 681 345 682 337 683 311 684 340 685 307 686 306 687 300 688 304 689 322 690 317 691 308 692 324 693 301 694 319 695 319 696 293 697 293 698 262 699 289 700 271 701 270 702 281 703 271 704 267 705 262 706 230 707 259 708 262 709 260 710 229 711 260 712 241 713 268 714 221 715 284 716 229 717 230 718 213 719 235 720 243 721 227 722 234 723 211 724 221 725 232 726 185 727 200 728 213 729 213 730 198 731 200 732 180 733 209 734 183 735 202 736 187 737 188 738 200 739 177 740 185 741 189 742 176 743 158 744 162 745 142 746 183 747 140 748 167 749 171 750 160 751 174 752 175 753 161 754 167 755 167 756 166 757 146