## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728091.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/final_bam/hg38-GSM4728091.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728091.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Feb 19 14:46:48 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 164 19 65 2 150991318 186.940016 123.422208 10857437 FR 25 49 75 101 131 167 217 291 381 539 867 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 636 3 676 4 630 5 660 6 650 7 655 8 639 9 626 10 615 11 630 12 609 13 612 14 606 15 613 16 648 17 667 18 712 19 705712 20 204102 21 58916 22 24768 23 10154 24 3872 25 3163 26 2103 27 1701 28 1351 29 1208 30 1148 31 1356 32 1423 33 1514 34 1674 35 1935 36 2158 37 2376 38 2765 39 3029 40 3453 41 3733 42 4176 43 4563 44 4999 45 5628 46 6218 47 6712 48 7222 49 7903 50 8461 51 9134 52 9784 53 10418 54 11167 55 11937 56 12712 57 13716 58 14513 59 15190 60 16464 61 17126 62 17913 63 18346 64 19225 65 20021 66 20721 67 21747 68 22726 69 23413 70 24407 71 25088 72 25729 73 26700 74 27606 75 28259 76 28839 77 29842 78 30342 79 31136 80 31928 81 32489 82 32978 83 33762 84 34001 85 34809 86 35446 87 36044 88 36995 89 37720 90 37918 91 39062 92 39019 93 39613 94 39464 95 39567 96 40692 97 40876 98 41105 99 41618 100 42483 101 43067 102 43524 103 43564 104 43785 105 43598 106 43979 107 44309 108 44339 109 44701 110 45614 111 45795 112 45530 113 46094 114 46042 115 45851 116 46163 117 46457 118 46683 119 47010 120 47197 121 47630 122 47475 123 47717 124 47447 125 47484 126 47678 127 47369 128 47716 129 47519 130 47349 131 48065 132 48111 133 47952 134 47839 135 47783 136 47646 137 47700 138 48041 139 47687 140 47670 141 47900 142 47869 143 48044 144 47578 145 47536 146 47247 147 47427 148 47198 149 47141 150 46880 151 46979 152 47097 153 46715 154 45904 155 46535 156 46518 157 46418 158 46007 159 46132 160 45917 161 45882 162 45633 163 45542 164 45437 165 45421 166 45027 167 44362 168 44571 169 44198 170 44272 171 44230 172 43616 173 43378 174 43193 175 42787 176 42769 177 42679 178 42228 179 41872 180 42059 181 41816 182 41554 183 41011 184 40624 185 40337 186 40528 187 40343 188 40042 189 39468 190 39323 191 38990 192 38809 193 38223 194 38037 195 37577 196 37627 197 36807 198 36934 199 36796 200 36251 201 35763 202 35857 203 35283 204 34931 205 34960 206 34289 207 34112 208 33796 209 33395 210 32819 211 32992 212 32090 213 31926 214 31817 215 31466 216 31058 217 30510 218 30288 219 29966 220 30013 221 29660 222 29167 223 28742 224 28704 225 28190 226 27656 227 27500 228 27392 229 27168 230 26459 231 26327 232 25970 233 25825 234 25619 235 24871 236 24989 237 24705 238 24527 239 24259 240 23783 241 23299 242 23470 243 23070 244 22829 245 22579 246 22717 247 22154 248 21757 249 21496 250 21206 251 21115 252 20913 253 20510 254 20104 255 20235 256 20064 257 19722 258 19745 259 19545 260 19135 261 18994 262 18897 263 18664 264 18553 265 18053 266 17952 267 17749 268 17778 269 17639 270 17303 271 16958 272 17020 273 16874 274 16839 275 16532 276 16371 277 16296 278 15846 279 15846 280 15709 281 15392 282 15475 283 15439 284 15180 285 15207 286 14816 287 14628 288 14622 289 14557 290 14210 291 14161 292 13950 293 14161 294 14153 295 13736 296 13659 297 13512 298 13513 299 13336 300 13425 301 13259 302 13091 303 13071 304 12898 305 12772 306 12866 307 12600 308 12365 309 12388 310 12260 311 12328 312 12144 313 12117 314 11778 315 11845 316 11779 317 11757 318 11591 319 11445 320 11510 321 11243 322 11269 323 11197 324 11032 325 11094 326 10911 327 10933 328 10841 329 10620 330 10610 331 10671 332 10448 333 10512 334 10399 335 10353 336 10165 337 10280 338 10086 339 10087 340 10003 341 9894 342 9660 343 9761 344 9840 345 9740 346 9478 347 9616 348 9466 349 9500 350 9301 351 9276 352 9304 353 9249 354 8952 355 9209 356 8913 357 8836 358 9044 359 8722 360 8739 361 8632 362 8714 363 8667 364 8537 365 8633 366 8357 367 8392 368 8354 369 8522 370 8057 371 8130 372 8130 373 7932 374 7910 375 8006 376 7637 377 7856 378 7786 379 7773 380 7621 381 7581 382 7550 383 7598 384 7242 385 7338 386 7126 387 7147 388 6983 389 6944 390 7056 391 6928 392 6954 393 6789 394 6746 395 6766 396 6649 397 6669 398 6481 399 6516 400 6211 401 6384 402 6265 403 6301 404 6301 405 6257 406 6085 407 6086 408 5938 409 5969 410 5914 411 5729 412 5787 413 5692 414 5609 415 5638 416 5498 417 5438 418 5416 419 5433 420 5297 421 5341 422 5275 423 5333 424 5220 425 5133 426 5090 427 5010 428 4934 429 4859 430 4948 431 4837 432 5031 433 4822 434 4635 435 4480 436 4616 437 4584 438 4510 439 4508 440 4456 441 4426 442 4409 443 4263 444 4226 445 4370 446 4291 447 4159 448 4228 449 4080 450 4028 451 4007 452 4051 453 3923 454 3875 455 3965 456 3951 457 3832 458 3985 459 3841 460 3628 461 3743 462 3630 463 3570 464 3579 465 3572 466 3642 467 3458 468 3417 469 3372 470 3375 471 3374 472 3332 473 3413 474 3335 475 3342 476 3308 477 3300 478 3266 479 3318 480 3266 481 3177 482 3195 483 3094 484 3076 485 2937 486 3114 487 3100 488 3078 489 3024 490 2964 491 2995 492 2958 493 2955 494 2867 495 2892 496 2824 497 2857 498 2833 499 2774 500 2785 501 2766 502 2665 503 2709 504 2644 505 2681 506 2666 507 2567 508 2627 509 2659 510 2592 511 2568 512 2599 513 2612 514 2410 515 2438 516 2391 517 2355 518 2420 519 2457 520 2455 521 2425 522 2390 523 2292 524 2284 525 2221 526 2376 527 2289 528 2300 529 2310 530 2154 531 2214 532 2168 533 2274 534 2130 535 2113 536 2102 537 2089 538 2115 539 2135 540 2064 541 2062 542 2059 543 2066 544 2090 545 1973 546 2044 547 1954 548 1941 549 1941 550 1914 551 1954 552 1907 553 1865 554 1910 555 1866 556 1910 557 1772 558 1833 559 1767 560 1785 561 1825 562 1715 563 1800 564 1778 565 1773 566 1744 567 1802 568 1647 569 1782 570 1614 571 1681 572 1643 573 1593 574 1583 575 1588 576 1588 577 1502 578 1485 579 1542 580 1490 581 1521 582 1438 583 1459 584 1447 585 1438 586 1428 587 1443 588 1429 589 1367 590 1348 591 1316 592 1312 593 1281 594 1279 595 1339 596 1321 597 1295 598 1276 599 1282 600 1180 601 1197 602 1182 603 1199 604 1151 605 1137 606 1170 607 1161 608 1080 609 1133 610 1122 611 1119 612 1101 613 1053 614 1035 615 1051 616 1067 617 1025 618 1048 619 1014 620 988 621 970 622 939 623 957 624 949 625 903 626 850 627 920 628 906 629 909 630 894 631 900 632 828 633 794 634 796 635 839 636 820 637 821 638 796 639 755 640 708 641 727 642 737 643 728 644 736 645 749 646 756 647 735 648 689 649 657 650 711 651 634 652 704 653 669 654 672 655 635 656 627 657 636 658 599 659 641 660 651 661 617 662 599 663 603 664 612 665 570 666 616 667 573 668 600 669 512 670 535 671 553 672 533 673 528 674 543 675 534 676 541 677 536 678 474 679 519 680 451 681 478 682 501 683 500 684 446 685 489 686 490 687 444 688 473 689 451 690 409 691 456 692 451 693 419 694 445 695 412 696 484 697 400 698 395 699 408 700 381 701 372 702 391 703 449 704 398 705 369 706 366 707 368 708 379 709 380 710 322 711 362 712 357 713 323 714 358 715 323 716 359 717 310 718 328 719 309 720 324 721 302 722 317 723 296 724 339 725 304 726 323 727 313 728 299 729 285 730 283 731 287 732 270 733 236 734 258 735 267 736 283 737 266 738 279 739 273 740 261 741 264 742 249 743 289 744 253 745 220 746 229 747 245 748 230 749 260 750 225 751 217 752 232 753 206 754 216 755 219 756 201 757 217 758 239 759 211 760 205 761 187 762 170 763 190 764 190 765 190 766 177 767 186 768 174 769 178 770 189 771 166 772 158 773 158 774 165 775 174 776 164 777 151 778 164 779 170 780 148 781 134 782 153 783 165 784 135 785 139 786 136 787 155 788 148 789 133 790 138 791 106 792 134 793 130 794 120 795 139 796 122 797 123 798 86 799 124 800 112 801 117 802 102 803 119 804 96 805 100 806 96 807 103 808 105 809 99 810 102 811 97 812 103 813 92 814 99