## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728090.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/final_bam/hg38-GSM4728090.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728090.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Feb 19 14:20:54 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 152 19 52 2 234989414 170.320279 102.246468 12696021 FR 21 41 61 81 105 131 163 235 301 459 813 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 111 3 112 4 114 5 90 6 94 7 104 8 102 9 103 10 99 11 115 12 107 13 105 14 106 15 108 16 120 17 138 18 163 19 575886 20 165348 21 47541 22 20906 23 8566 24 3092 25 2283 26 1347 27 978 28 599 29 489 30 475 31 565 32 585 33 677 34 873 35 1045 36 1261 37 1550 38 1822 39 2179 40 2583 41 3019 42 3663 43 4084 44 4618 45 5171 46 5934 47 6660 48 7321 49 8126 50 8982 51 9843 52 11080 53 12140 54 12925 55 13984 56 14905 57 16280 58 17087 59 18355 60 19760 61 21318 62 22456 63 23681 64 25239 65 26505 66 27713 67 28837 68 29937 69 31146 70 32741 71 34087 72 35808 73 36851 74 38334 75 40263 76 41142 77 41846 78 42765 79 43754 80 45274 81 46417 82 47894 83 49135 84 50218 85 51669 86 52416 87 53014 88 54018 89 54542 90 56266 91 57365 92 58314 93 58898 94 60299 95 60823 96 61706 97 62225 98 62587 99 63402 100 63688 101 64678 102 65545 103 65679 104 66644 105 67079 106 66851 107 67859 108 67540 109 68259 110 68225 111 69023 112 68802 113 69296 114 69656 115 70164 116 69731 117 70596 118 70450 119 70377 120 70601 121 70772 122 70501 123 71300 124 71319 125 70995 126 70550 127 71077 128 70388 129 70085 130 70182 131 70150 132 69499 133 69736 134 69448 135 69493 136 69364 137 69859 138 69140 139 68429 140 68021 141 68141 142 67786 143 68243 144 67922 145 67366 146 67068 147 67159 148 66604 149 65804 150 65992 151 65284 152 65009 153 64719 154 64272 155 64101 156 63378 157 63571 158 63156 159 62715 160 61807 161 62112 162 61741 163 61014 164 60634 165 60393 166 59820 167 59723 168 59348 169 58938 170 58432 171 57483 172 57411 173 56759 174 56171 175 56188 176 55886 177 55375 178 55052 179 54451 180 53826 181 53187 182 52811 183 52166 184 51506 185 51382 186 51026 187 50298 188 50025 189 49426 190 48958 191 48465 192 47815 193 47150 194 46549 195 46304 196 46202 197 45400 198 44490 199 44641 200 43824 201 43408 202 43130 203 42185 204 41786 205 41248 206 40764 207 40001 208 39851 209 39598 210 38984 211 38339 212 37869 213 37328 214 36755 215 36180 216 35682 217 35308 218 34980 219 34392 220 33506 221 33299 222 32793 223 32542 224 31550 225 31179 226 31268 227 30452 228 30065 229 29634 230 28974 231 28804 232 28312 233 28092 234 27840 235 27067 236 26750 237 26436 238 26049 239 25546 240 25457 241 24918 242 24543 243 24161 244 24000 245 23300 246 23023 247 22432 248 22232 249 21988 250 21783 251 21379 252 21294 253 20661 254 20290 255 20057 256 20082 257 19760 258 19227 259 18935 260 18689 261 18433 262 18463 263 18223 264 17717 265 17421 266 17237 267 16951 268 16991 269 16411 270 16301 271 16188 272 16090 273 15667 274 15581 275 15254 276 15034 277 14958 278 14633 279 14553 280 14140 281 14121 282 14015 283 13684 284 13590 285 13356 286 13084 287 13155 288 12834 289 12646 290 12796 291 12673 292 12240 293 12189 294 11924 295 11834 296 11898 297 11667 298 11393 299 11298 300 11402 301 11127 302 11072 303 10996 304 10819 305 10681 306 10771 307 10337 308 10398 309 10300 310 10079 311 10007 312 9932 313 9776 314 9874 315 9868 316 9607 317 9574 318 9257 319 9464 320 9068 321 9065 322 9177 323 8839 324 8748 325 8788 326 8690 327 8648 328 8672 329 8517 330 8617 331 8293 332 8462 333 8238 334 8142 335 8223 336 8239 337 8033 338 7935 339 7923 340 7676 341 7713 342 7735 343 7815 344 7475 345 7388 346 7474 347 7352 348 7167 349 7254 350 7260 351 7176 352 7189 353 7111 354 7234 355 7075 356 6891 357 7033 358 6833 359 6865 360 6640 361 6625 362 6511 363 6393 364 6652 365 6469 366 6449 367 6382 368 6382 369 6427 370 6164 371 6247 372 6126 373 6236 374 6125 375 6002 376 5999 377 6048 378 5849 379 5889 380 5833 381 5772 382 5822 383 5711 384 5564 385 5848 386 5515 387 5622 388 5485 389 5430 390 5320 391 5249 392 5398 393 5351 394 5176 395 5090 396 5117 397 5073 398 4912 399 5047 400 4952 401 4992 402 4914 403 4840 404 4746 405 4744 406 4608 407 4727 408 4568 409 4488 410 4600 411 4454 412 4408 413 4433 414 4316 415 4200 416 4195 417 4224 418 4257 419 4151 420 4048 421 4000 422 3980 423 3985 424 3893 425 3894 426 3772 427 3844 428 3771 429 3763 430 3631 431 3696 432 3534 433 3589 434 3563 435 3408 436 3443 437 3428 438 3438 439 3348 440 3265 441 3225 442 3289 443 3264 444 3167 445 3089 446 3250 447 3012 448 3056 449 3027 450 3051 451 3004 452 2975 453 2969 454 2893 455 2816 456 2855 457 2850 458 2755 459 2740 460 2730 461 2687 462 2635 463 2640 464 2656 465 2596 466 2508 467 2585 468 2441 469 2516 470 2437 471 2517 472 2367 473 2527 474 2483 475 2321 476 2464 477 2279 478 2353 479 2253 480 2292 481 2299 482 2186 483 2193 484 2122 485 2192 486 2183 487 2081 488 2112 489 2164 490 2081 491 2022 492 2037 493 2179 494 2085 495 1986 496 2042 497 1969 498 1988 499 2019 500 2033 501 2028 502 1908 503 1934 504 1938 505 1826 506 1857 507 1908 508 1849 509 1802 510 1847 511 1854 512 1799 513 1773 514 1799 515 1670 516 1720 517 1737 518 1652 519 1697 520 1624 521 1653 522 1610 523 1568 524 1613 525 1609 526 1527 527 1575 528 1529 529 1536 530 1541 531 1615 532 1513 533 1547 534 1448 535 1526 536 1433 537 1514 538 1477 539 1385 540 1454 541 1412 542 1470 543 1439 544 1392 545 1413 546 1436 547 1320 548 1329 549 1362 550 1434 551 1400 552 1276 553 1275 554 1330 555 1377 556 1344 557 1306 558 1233 559 1251 560 1216 561 1204 562 1184 563 1228 564 1204 565 1273 566 1221 567 1203 568 1212 569 1143 570 1171 571 1098 572 1147 573 1199 574 1153 575 1214 576 1199 577 1156 578 1107 579 1090 580 1116 581 1029 582 1046 583 1080 584 1075 585 979 586 1068 587 1001 588 1012 589 962 590 971 591 941 592 926 593 932 594 980 595 954 596 975 597 901 598 947 599 917 600 895 601 921 602 892 603 896 604 857 605 832 606 841 607 809 608 840 609 775 610 792 611 822 612 777 613 769 614 760 615 772 616 722 617 752 618 678 619 757 620 694 621 772 622 697 623 673 624 710 625 704 626 683 627 693 628 681 629 671 630 661 631 621 632 669 633 649 634 629 635 641 636 637 637 633 638 590 639 618 640 598 641 578 642 572 643 555 644 529 645 576 646 538 647 492 648 543 649 548 650 559 651 518 652 502 653 510 654 497 655 506 656 473 657 497 658 441 659 455 660 488 661 460 662 487 663 468 664 447 665 442 666 457 667 447 668 433 669 445 670 411 671 415 672 450