## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728089.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/final_bam/hg38-GSM4728089.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728089.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Feb 19 15:02:57 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 154 19 54 2 232739367 175.654696 109.283063 15794426 FR 21 41 63 85 109 135 171 257 333 507 887 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 113 3 99 4 105 5 96 6 126 7 114 8 114 9 106 10 126 11 92 12 133 13 95 14 102 15 99 16 123 17 142 18 183 19 707403 20 204755 21 58124 22 25902 23 10828 24 3890 25 2801 26 1665 27 1243 28 736 29 605 30 559 31 651 32 678 33 838 34 1085 35 1300 36 1572 37 1854 38 2231 39 2725 40 3268 41 3888 42 4396 43 5476 44 5994 45 6476 46 7473 47 8248 48 9242 49 10183 50 11387 51 12707 52 13641 53 15089 54 16672 55 17686 56 19024 57 20241 58 21612 59 22920 60 24829 61 26474 62 27995 63 29194 64 31336 65 32454 66 34290 67 35205 68 36879 69 38763 70 40224 71 42023 72 43903 73 45608 74 47529 75 49064 76 50118 77 51278 78 52730 79 54146 80 55180 81 57135 82 58967 83 60151 84 61266 85 62569 86 63811 87 65206 88 66001 89 66877 90 68797 91 68900 92 70348 93 71652 94 72957 95 74310 96 74404 97 74910 98 75685 99 76418 100 77484 101 78101 102 78630 103 80535 104 80325 105 81364 106 81402 107 82003 108 81814 109 82330 110 82713 111 83348 112 83195 113 83331 114 83974 115 84413 116 84562 117 84944 118 84684 119 85071 120 85188 121 84679 122 85045 123 85331 124 85318 125 85472 126 85581 127 85271 128 84646 129 83820 130 84559 131 84567 132 84293 133 84482 134 83708 135 84441 136 83632 137 83571 138 83109 139 82516 140 81965 141 82020 142 81608 143 81359 144 81491 145 81150 146 81111 147 80968 148 79915 149 79799 150 79600 151 78803 152 78173 153 78041 154 77890 155 77758 156 76913 157 76540 158 76277 159 75743 160 75369 161 74703 162 73866 163 73247 164 73224 165 73224 166 72040 167 72200 168 71134 169 71487 170 70873 171 69904 172 69367 173 68619 174 68227 175 67712 176 67561 177 67199 178 66261 179 65899 180 65149 181 64588 182 64213 183 63179 184 63146 185 62362 186 61922 187 61525 188 60552 189 60609 190 59087 191 59357 192 58376 193 57910 194 56917 195 56472 196 56227 197 55617 198 54743 199 54300 200 53771 201 52824 202 52315 203 51802 204 51010 205 50644 206 50321 207 49252 208 49465 209 48121 210 47383 211 46996 212 46195 213 45931 214 45274 215 44475 216 44106 217 43186 218 42686 219 42637 220 41731 221 41217 222 40369 223 40289 224 39568 225 38597 226 38574 227 37961 228 37629 229 36762 230 36520 231 36007 232 35355 233 34819 234 34208 235 33624 236 33085 237 32748 238 32922 239 31544 240 31715 241 31241 242 30379 243 30362 244 29675 245 29304 246 29104 247 28519 248 27832 249 27635 250 27512 251 26869 252 27034 253 26107 254 25916 255 25663 256 25010 257 24844 258 24298 259 23967 260 23899 261 23392 262 23381 263 22989 264 22387 265 22010 266 22025 267 21447 268 21190 269 20886 270 20758 271 20785 272 20174 273 20458 274 19799 275 19538 276 19355 277 18813 278 18911 279 18672 280 18407 281 18061 282 17903 283 17578 284 17652 285 17348 286 16883 287 17023 288 16910 289 16391 290 16446 291 16199 292 16217 293 15956 294 15639 295 15351 296 15108 297 15242 298 15057 299 14822 300 14656 301 14627 302 14538 303 14283 304 14065 305 14017 306 13818 307 13926 308 13685 309 13508 310 13411 311 13100 312 13202 313 13040 314 12973 315 12762 316 12648 317 12434 318 12507 319 12247 320 12297 321 12011 322 12158 323 11829 324 11800 325 11761 326 11653 327 11622 328 11389 329 11440 330 11308 331 11194 332 11147 333 11155 334 10761 335 10716 336 10778 337 10923 338 10668 339 10678 340 10665 341 10408 342 10377 343 10375 344 10229 345 10127 346 10220 347 9965 348 9834 349 9861 350 9962 351 9709 352 9589 353 9464 354 9655 355 9814 356 9352 357 9277 358 9444 359 9358 360 9262 361 9225 362 9088 363 9134 364 8911 365 8895 366 8814 367 8818 368 8888 369 8716 370 8625 371 8552 372 8597 373 8623 374 8495 375 8315 376 8297 377 8372 378 8219 379 8219 380 7892 381 8053 382 7916 383 7848 384 7780 385 7715 386 7649 387 7575 388 7778 389 7659 390 7378 391 7536 392 7617 393 7276 394 7392 395 7381 396 7146 397 7110 398 6979 399 7012 400 6908 401 6819 402 6950 403 6819 404 6574 405 6609 406 6445 407 6664 408 6498 409 6450 410 6299 411 6397 412 6372 413 6158 414 6275 415 6092 416 6164 417 5869 418 5938 419 5876 420 5805 421 5812 422 5753 423 5714 424 5635 425 5634 426 5443 427 5475 428 5419 429 5296 430 5307 431 5443 432 5193 433 5150 434 5219 435 4995 436 4945 437 4960 438 4947 439 4946 440 4969 441 4709 442 4803 443 4715 444 4533 445 4644 446 4517 447 4535 448 4425 449 4581 450 4510 451 4383 452 4399 453 4235 454 4253 455 4272 456 4225 457 4092 458 4082 459 4011 460 4061 461 3965 462 4030 463 3986 464 3907 465 3867 466 3792 467 3864 468 3762 469 3713 470 3789 471 3774 472 3629 473 3721 474 3558 475 3534 476 3586 477 3398 478 3532 479 3379 480 3534 481 3427 482 3364 483 3290 484 3284 485 3333 486 3321 487 3296 488 3330 489 3341 490 3134 491 3147 492 3136 493 3062 494 3180 495 3116 496 3176 497 2989 498 2938 499 3021 500 2907 501 2955 502 2950 503 2967 504 2925 505 2804 506 2969 507 2867 508 2917 509 2744 510 2749 511 2745 512 2798 513 2773 514 2738 515 2705 516 2762 517 2734 518 2807 519 2721 520 2634 521 2628 522 2668 523 2607 524 2667 525 2586 526 2563 527 2493 528 2506 529 2506 530 2563 531 2630 532 2555 533 2421 534 2473 535 2461 536 2551 537 2436 538 2334 539 2379 540 2361 541 2329 542 2315 543 2344 544 2261 545 2308 546 2227 547 2192 548 2237 549 2170 550 2231 551 2183 552 2138 553 2195 554 2052 555 2196 556 2082 557 2113 558 1981 559 2056 560 2062 561 2087 562 2041 563 2027 564 2085 565 1955 566 2030 567 2004 568 1979 569 1957 570 1923 571 1919 572 1915 573 1956 574 1931 575 1894 576 1854 577 1787 578 1840 579 1708 580 1786 581 1788 582 1766 583 1740 584 1721 585 1719 586 1787 587 1715 588 1689 589 1591 590 1676 591 1705 592 1668 593 1569 594 1610 595 1558 596 1617 597 1578 598 1535 599 1600 600 1448 601 1528 602 1462 603 1489 604 1496 605 1468 606 1387 607 1508 608 1381 609 1403 610 1408 611 1358 612 1372 613 1323 614 1340 615 1273 616 1372 617 1268 618 1294 619 1255 620 1285 621 1255 622 1241 623 1221 624 1240 625 1188 626 1226 627 1183 628 1161 629 1121 630 1146 631 1112 632 1076 633 1106 634 1086 635 1096 636 1043 637 1137 638 1097 639 1061 640 1029 641 1071 642 1056 643 1005 644 933 645 969 646 973 647 942 648 989 649 938 650 987 651 925 652 901 653 921 654 928 655 856 656 827 657 873 658 881 659 834 660 835 661 816 662 829 663 835 664 819 665 798 666 818 667 811 668 794 669 784 670 796 671 797 672 767 673 757 674 765 675 710 676 725 677 681 678 747 679 684 680 705 681 690 682 732 683 634 684 691 685 680 686 679 687 653 688 623 689 614 690 632 691 663 692 625 693 600 694 618