## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728088.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/final_bam/hg38-GSM4728088.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728088.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Feb 19 15:30:14 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 172 19 52 2 223225126 191.899282 102.741051 16663254 FR 21 41 61 83 105 131 163 211 311 467 833 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 84 3 68 4 65 5 73 6 71 7 71 8 69 9 79 10 84 11 72 12 68 13 91 14 110 15 76 16 85 17 98 18 92 19 317371 20 89997 21 25687 22 11157 23 4374 24 1561 25 1309 26 742 27 641 28 386 29 385 30 360 31 422 32 442 33 518 34 603 35 797 36 847 37 1016 38 1204 39 1445 40 1679 41 2025 42 2296 43 2460 44 2935 45 3270 46 3878 47 4303 48 4824 49 5525 50 6153 51 6655 52 7499 53 8557 54 8707 55 9768 56 10704 57 11364 58 12281 59 13215 60 14268 61 15471 62 16230 63 17501 64 18762 65 19878 66 21098 67 22430 68 23713 69 24632 70 26144 71 27485 72 29076 73 30195 74 31712 75 33114 76 34314 77 35421 78 36855 79 38144 80 39339 81 40771 82 42281 83 44141 84 45462 85 46210 86 48053 87 49094 88 51080 89 52198 90 53368 91 54982 92 56775 93 57402 94 59392 95 60559 96 61657 97 62800 98 64293 99 64772 100 66061 101 67635 102 68975 103 69923 104 71464 105 71992 106 73072 107 74062 108 75048 109 76272 110 77057 111 78139 112 79208 113 79406 114 80876 115 80984 116 81816 117 83324 118 83250 119 84611 120 84941 121 85014 122 86088 123 86999 124 86759 125 87876 126 88239 127 88515 128 89481 129 89568 130 89808 131 90092 132 89995 133 90039 134 90229 135 90638 136 90952 137 90768 138 91373 139 91403 140 92181 141 91766 142 91194 143 91699 144 91206 145 91372 146 92041 147 90744 148 91303 149 91404 150 91855 151 91053 152 91291 153 90680 154 90367 155 89810 156 89683 157 89579 158 89678 159 89190 160 89158 161 88847 162 88402 163 88202 164 87974 165 87349 166 87122 167 86679 168 86206 169 86206 170 85319 171 85267 172 84598 173 84544 174 84145 175 83698 176 82413 177 82208 178 81823 179 81313 180 81154 181 80622 182 80202 183 80060 184 78490 185 78344 186 77524 187 77172 188 76720 189 76776 190 75220 191 74981 192 73720 193 74342 194 73217 195 72271 196 72069 197 71304 198 70463 199 69575 200 69530 201 69092 202 67798 203 66970 204 66254 205 66328 206 64945 207 64114 208 64064 209 63265 210 62437 211 61861 212 61251 213 60247 214 59679 215 59575 216 58023 217 57975 218 56863 219 56695 220 55816 221 55391 222 54408 223 53791 224 53451 225 52749 226 51847 227 51767 228 50750 229 49675 230 48893 231 48491 232 48154 233 46959 234 46872 235 46157 236 45810 237 45094 238 44457 239 43630 240 43557 241 42671 242 41772 243 41399 244 41076 245 40574 246 39809 247 39357 248 38403 249 37946 250 37783 251 36874 252 36762 253 35979 254 35528 255 34749 256 34556 257 34352 258 33687 259 33050 260 32792 261 32137 262 31987 263 31414 264 30461 265 30260 266 30137 267 30218 268 29440 269 29112 270 28669 271 28068 272 27809 273 27511 274 27255 275 26733 276 26312 277 25936 278 26131 279 25424 280 25014 281 24803 282 24284 283 24048 284 23735 285 23413 286 23207 287 22727 288 22586 289 21879 290 22151 291 21774 292 21416 293 20922 294 21068 295 20825 296 20400 297 20306 298 19929 299 19800 300 19903 301 19322 302 19101 303 18420 304 18467 305 18575 306 18232 307 17982 308 17810 309 17631 310 17364 311 17268 312 17063 313 16826 314 16198 315 16406 316 16317 317 16120 318 16061 319 15688 320 15424 321 15488 322 15249 323 15085 324 14847 325 14886 326 14676 327 14406 328 14239 329 14147 330 13907 331 13930 332 13781 333 13697 334 13476 335 13470 336 13280 337 12915 338 13071 339 12683 340 12656 341 12740 342 12690 343 12629 344 12368 345 12343 346 12094 347 12179 348 11776 349 11895 350 11808 351 11527 352 11683 353 11357 354 11416 355 11333 356 11215 357 10978 358 10836 359 10816 360 10922 361 10706 362 10515 363 10436 364 10579 365 10410 366 10326 367 10201 368 10090 369 10143 370 9977 371 9884 372 9873 373 9917 374 9767 375 9724 376 9472 377 9683 378 9592 379 9382 380 9376 381 9323 382 9246 383 8877 384 9008 385 8852 386 8982 387 8600 388 8691 389 8773 390 8668 391 8639 392 8474 393 8303 394 8399 395 8316 396 8326 397 8147 398 8010 399 7821 400 7841 401 7863 402 7766 403 7558 404 7699 405 7524 406 7645 407 7310 408 7304 409 7384 410 7286 411 7237 412 7057 413 6911 414 6949 415 6768 416 6793 417 6732 418 6660 419 6783 420 6461 421 6469 422 6440 423 6320 424 6479 425 6223 426 6222 427 6198 428 6144 429 5922 430 5950 431 5919 432 5679 433 5846 434 5780 435 5788 436 5641 437 5541 438 5512 439 5361 440 5319 441 5412 442 5266 443 5183 444 5192 445 5162 446 4976 447 5001 448 5021 449 4867 450 4793 451 4772 452 4866 453 4723 454 4550 455 4552 456 4696 457 4561 458 4550 459 4467 460 4362 461 4298 462 4415 463 4220 464 4232 465 4156 466 4097 467 4255 468 4056 469 4022 470 3880 471 3881 472 3918 473 3726 474 3843 475 3871 476 3700 477 3758 478 3557 479 3726 480 3571 481 3606 482 3522 483 3474 484 3470 485 3505 486 3452 487 3478 488 3280 489 3321 490 3295 491 3221 492 3215 493 3128 494 3206 495 3153 496 3124 497 3224 498 3138 499 3025 500 3065 501 3122 502 3006 503 2977 504 3124 505 2971 506 2967 507 2872 508 2824 509 2801 510 2852 511 2911 512 2771 513 2769 514 2701 515 2707 516 2708 517 2626 518 2708 519 2715 520 2703 521 2557 522 2589 523 2612 524 2650 525 2648 526 2482 527 2533 528 2562 529 2591 530 2410 531 2438 532 2389 533 2406 534 2329 535 2418 536 2409 537 2366 538 2259 539 2345 540 2259 541 2248 542 2310 543 2284 544 2150 545 2204 546 2178 547 2138 548 2182 549 2138 550 2110 551 2108 552 2229 553 2172 554 2025 555 2126 556 2042 557 2048 558 2110 559 2017 560 2061 561 2082 562 2008 563 2058 564 1965 565 1907 566 1999 567 2004 568 1925 569 1865 570 1900 571 1831 572 1817 573 1813 574 1802 575 1802 576 1813 577 1754 578 1788 579 1782 580 1755 581 1678 582 1767 583 1707 584 1662 585 1686 586 1648 587 1594 588 1608 589 1648 590 1626 591 1585 592 1556 593 1693 594 1509 595 1632 596 1484 597 1580 598 1564 599 1486 600 1491 601 1497 602 1436 603 1439 604 1370 605 1445 606 1535 607 1463 608 1326 609 1359 610 1392 611 1340 612 1363 613 1314 614 1301 615 1355 616 1299 617 1310 618 1275 619 1349 620 1190 621 1265 622 1168 623 1211 624 1150 625 1183 626 1192 627 1188 628 1150 629 1144 630 1161 631 1143 632 1075 633 1102 634 1028 635 1107 636 1001 637 1061 638 1007 639 1040 640 1024 641 1021 642 1006 643 1000 644 965 645 994 646 951 647 944 648 962 649 937 650 909 651 859 652 862 653 844 654 890 655 870 656 858 657 839 658 860 659 864 660 792 661 815 662 798 663 781 664 765 665 811 666 819 667 745 668 780 669 767 670 712 671 785 672 692 673 748 674 754 675 694 676 669 677 681 678 695 679 684 680 624 681 683 682 652 683 591 684 654 685 601 686 623 687 600 688 642 689 619 690 601 691 608 692 599