## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728087.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/final_bam/hg38-GSM4728087.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/TF_chipseq/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728087.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Feb 19 15:48:20 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 160 19 44 2 186522413 172.980459 79.308559 12059886 FR 17 33 51 69 89 109 137 175 265 331 581 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 431 3 452 4 406 5 411 6 386 7 420 8 409 9 425 10 438 11 413 12 418 13 424 14 420 15 443 16 416 17 452 18 465 19 171562 20 48935 21 14095 22 6684 23 3194 24 1412 25 1247 26 852 27 738 28 645 29 665 30 603 31 732 32 715 33 835 34 874 35 1098 36 1150 37 1396 38 1569 39 1755 40 1892 41 2128 42 2332 43 2646 44 2962 45 3208 46 3630 47 4179 48 4418 49 4846 50 5232 51 5818 52 6452 53 6892 54 7362 55 7893 56 8798 57 9358 58 9780 59 10723 60 11386 61 12255 62 12849 63 13822 64 14678 65 15405 66 16319 67 16883 68 18100 69 19154 70 20133 71 20949 72 22394 73 22999 74 24035 75 25283 76 26404 77 27356 78 28205 79 29868 80 30891 81 31841 82 32891 83 34058 84 35322 85 36551 86 38024 87 39091 88 40293 89 41311 90 42820 91 43860 92 45238 93 46728 94 47791 95 49336 96 49350 97 51031 98 52636 99 54122 100 55180 101 56126 102 56812 103 57968 104 59177 105 60732 106 61372 107 62191 108 63510 109 64949 110 65686 111 66683 112 67778 113 68541 114 69416 115 69857 116 71099 117 71498 118 72014 119 73045 120 73663 121 74102 122 74480 123 75253 124 75725 125 76589 126 76786 127 77498 128 76960 129 77733 130 78046 131 78317 132 78436 133 79198 134 78830 135 79352 136 79145 137 79022 138 79017 139 79931 140 79000 141 79523 142 79401 143 79143 144 78537 145 78618 146 78621 147 78248 148 78020 149 78013 150 78057 151 77544 152 77188 153 77143 154 76395 155 75724 156 75516 157 75073 158 74586 159 74136 160 73206 161 73970 162 73088 163 72733 164 72945 165 71342 166 71082 167 70069 168 70223 169 69582 170 68822 171 68485 172 67038 173 66674 174 66675 175 66068 176 65095 177 64377 178 64308 179 63424 180 63011 181 61605 182 61858 183 61080 184 60218 185 59603 186 58670 187 58039 188 56912 189 57086 190 56353 191 55566 192 54619 193 54565 194 53517 195 52909 196 52785 197 51739 198 50767 199 50153 200 49801 201 49471 202 48190 203 47812 204 47545 205 46929 206 45970 207 45659 208 45101 209 44003 210 43895 211 43397 212 42350 213 41901 214 41837 215 41116 216 40716 217 39983 218 39519 219 38766 220 38171 221 37583 222 36841 223 36490 224 36258 225 35668 226 35060 227 34171 228 34022 229 33763 230 33212 231 32826 232 32321 233 31539 234 31030 235 30705 236 30549 237 29693 238 29207 239 28842 240 28507 241 28058 242 27374 243 26918 244 26681 245 26477 246 26030 247 25693 248 25320 249 25143 250 24479 251 24198 252 23755 253 23260 254 22967 255 23068 256 22371 257 22174 258 21627 259 21688 260 21188 261 20610 262 20214 263 20221 264 20100 265 19594 266 19155 267 18961 268 18701 269 18331 270 18021 271 17785 272 17627 273 17107 274 17214 275 16673 276 16426 277 16232 278 16015 279 15596 280 15670 281 15253 282 15210 283 14863 284 14685 285 14472 286 14180 287 13989 288 13864 289 13678 290 13212 291 13332 292 13102 293 12976 294 12609 295 12260 296 12221 297 12044 298 12041 299 11677 300 11718 301 11379 302 11230 303 11053 304 10926 305 10869 306 10464 307 10447 308 10376 309 10317 310 9983 311 9918 312 9728 313 9746 314 9542 315 9245 316 9243 317 9072 318 8957 319 8800 320 8733 321 8536 322 8509 323 8236 324 8029 325 8052 326 8090 327 7869 328 7585 329 7632 330 7636 331 7300 332 7417 333 7288 334 7046 335 7009 336 7018 337 6739 338 6584 339 6687 340 6560 341 6421 342 6439 343 6266 344 6114 345 6182 346 6075 347 5817 348 5958 349 5871 350 5601 351 5620 352 5423 353 5627 354 5250 355 5402 356 5216 357 5392 358 5043 359 5171 360 4884 361 5025 362 4818 363 4872 364 4803 365 4613 366 4628 367 4476 368 4540 369 4424 370 4310 371 4364 372 4324 373 4239 374 4211 375 4122 376 4032 377 3961 378 3807 379 3921 380 3791 381 3846 382 3694 383 3682 384 3604 385 3513 386 3555 387 3463 388 3391 389 3357 390 3363 391 3274 392 3268 393 3218 394 3186 395 3129 396 3150 397 3104 398 2987 399 2777 400 2919 401 2912 402 2891 403 2881 404 2794 405 2735 406 2720 407 2647 408 2540 409 2564 410 2576 411 2447 412 2501 413 2402 414 2392 415 2422 416 2381 417 2250 418 2371 419 2271 420 2218 421 2090 422 2187 423 2120 424 2109 425 1985 426 1965 427 2055 428 1980 429 1989 430 1923 431 1863 432 1929 433 1845 434 1829 435 1853 436 1807 437 1744 438 1742 439 1733 440 1711 441 1726 442 1619 443 1608 444 1640 445 1583 446 1530 447 1489 448 1520 449 1484 450 1573 451 1497 452 1407 453 1390 454 1411 455 1411 456 1321 457 1288 458 1336 459 1353 460 1292 461 1355 462 1265 463 1302 464 1272 465 1218 466 1244 467 1191 468 1210 469 1129 470 1095 471 1105 472 1130 473 1077 474 1039 475 1015 476 1047 477 986 478 1004 479 937 480 962 481 1006 482 963 483 948 484 906 485 918 486 934 487 879 488 874 489 913 490 853 491 849 492 859 493 797 494 825 495 778 496 807 497 803 498 785 499 774 500 773 501 765 502 738 503 719 504 735 505 701 506 704 507 692 508 730 509 671 510 653 511 697 512 668 513 656 514 630 515 583 516 614 517 599 518 636 519 570 520 553 521 608 522 577 523 582 524 536 525 513 526 587 527 561 528 567 529 506 530 543 531 520 532 537 533 520 534 546 535 470 536 500 537 467 538 436 539 463 540 487 541 486 542 470 543 474 544 442 545 464 546 474 547 443 548 439 549 447 550 446 551 432 552 413 553 416 554 403 555 409 556 397 557 438 558 386 559 380 560 385 561 322 562 383 563 393 564 324 565 373 566 348 567 379 568 376 569 312 570 367 571 336 572 333 573 353 574 314 575 314 576 325 577 318 578 316 579 326 580 264 581 295 582 312 583 298 584 303 585 294 586 265 587 262 588 268 589 269 590 241 591 274 592 256 593 257 594 264 595 264 596 268 597 237 598 254 599 250 600 238