## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-GSM4728064.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/final_bam/GRCh38.p13-GSM4728064.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-GSM4728064.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Wed Feb 17 12:26:31 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 174 149 48 2 231617636 196.33854 96.498588 16118377 FR 19 37 55 75 97 121 153 197 311 453 785 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 17 3 6 4 9 5 16 6 16 7 17 8 14 9 9 10 12 11 16 12 23 13 18 14 20 15 11 16 13 17 21 18 40 19 61991 20 17529 21 5015 22 2246 23 997 24 409 25 344 26 254 27 211 28 196 29 238 30 254 31 329 32 357 33 430 34 561 35 618 36 751 37 803 38 1037 39 1212 40 1379 41 1661 42 1931 43 2045 44 2358 45 2693 46 3141 47 3330 48 3795 49 4330 50 4829 51 5327 52 5765 53 6232 54 6814 55 7486 56 7992 57 8920 58 9391 59 10229 60 11005 61 11922 62 12769 63 13510 64 14629 65 15305 66 16272 67 17117 68 18029 69 19397 70 20484 71 21397 72 22588 73 24054 74 24629 75 26161 76 27193 77 27936 78 29183 79 30539 80 31379 81 32735 82 33961 83 35229 84 36488 85 37896 86 38566 87 39861 88 41574 89 42803 90 43945 91 45466 92 46730 93 48172 94 49284 95 51122 96 51723 97 53442 98 54705 99 55945 100 57576 101 58801 102 59895 103 61480 104 63068 105 64073 106 64791 107 65953 108 66984 109 68380 110 69681 111 71221 112 72724 113 73679 114 75107 115 76585 116 77588 117 78645 118 80055 119 81755 120 82919 121 84429 122 85501 123 86661 124 87901 125 89172 126 89460 127 89994 128 91259 129 92013 130 92648 131 92859 132 94581 133 94658 134 95284 135 95963 136 96244 137 96851 138 97756 139 98086 140 98350 141 99198 142 99539 143 99820 144 100278 145 100244 146 100639 147 100927 148 101095 149 101249 150 100660 151 101082 152 100757 153 100758 154 100875 155 100364 156 100130 157 100071 158 100087 159 99471 160 98990 161 98947 162 98327 163 97622 164 96483 165 96866 166 95721 167 95455 168 94715 169 93719 170 93375 171 92916 172 91899 173 91275 174 90166 175 89562 176 88705 177 88140 178 87196 179 86501 180 85442 181 84654 182 84158 183 83543 184 82157 185 81789 186 80988 187 80014 188 78885 189 78442 190 77269 191 76680 192 75878 193 75196 194 73915 195 73812 196 72155 197 71362 198 70752 199 69988 200 69119 201 68066 202 67587 203 66250 204 66029 205 64480 206 64175 207 63040 208 62289 209 61538 210 60759 211 60068 212 59030 213 58157 214 57310 215 56766 216 55918 217 55751 218 54716 219 54062 220 53823 221 52789 222 51699 223 50774 224 50121 225 49699 226 49447 227 48283 228 47444 229 47608 230 46585 231 46087 232 45821 233 44397 234 44162 235 43160 236 42752 237 42397 238 41437 239 41136 240 40474 241 40285 242 39715 243 38917 244 38765 245 38059 246 37402 247 36912 248 36202 249 36189 250 35813 251 35011 252 34635 253 34082 254 33731 255 33193 256 32763 257 32426 258 32212 259 31584 260 31677 261 30790 262 30598 263 30102 264 29879 265 29555 266 28855 267 28773 268 27953 269 27990 270 27552 271 27462 272 27090 273 26494 274 26116 275 25834 276 25529 277 25502 278 25144 279 25209 280 24616 281 24450 282 24176 283 23913 284 23475 285 23483 286 23012 287 22958 288 22582 289 21940 290 21981 291 21647 292 21434 293 21128 294 21073 295 21002 296 20744 297 20202 298 20098 299 19888 300 19996 301 19619 302 19212 303 19288 304 19052 305 18744 306 18706 307 18299 308 18376 309 18180 310 18047 311 17770 312 17660 313 17411 314 17337 315 17020 316 16966 317 16925 318 16734 319 16153 320 16299 321 16254 322 16211 323 15832 324 15796 325 15570 326 15559 327 15354 328 15212 329 15043 330 14944 331 14845 332 14787 333 14455 334 14445 335 14236 336 14090 337 13974 338 14101 339 13980 340 13737 341 13503 342 13424 343 13097 344 13315 345 13089 346 12851 347 13001 348 12831 349 12634 350 12585 351 12353 352 12490 353 12515 354 12254 355 11972 356 11884 357 11829 358 11753 359 11581 360 11655 361 11628 362 11148 363 11122 364 11100 365 10698 366 10759 367 11063 368 10804 369 10554 370 10476 371 10594 372 10401 373 10157 374 10046 375 9982 376 9990 377 9975 378 9899 379 9711 380 9659 381 9515 382 9395 383 9446 384 9286 385 9144 386 8956 387 8886 388 8968 389 8739 390 8568 391 8597 392 8546 393 8320 394 8228 395 8351 396 8238 397 7951 398 8048 399 7773 400 7797 401 7782 402 7750 403 7465 404 7533 405 7301 406 7293 407 7131 408 7228 409 7021 410 6924 411 7068 412 6805 413 6669 414 6658 415 6734 416 6550 417 6417 418 6437 419 6237 420 6214 421 6325 422 6115 423 5956 424 6087 425 5973 426 5964 427 5801 428 5672 429 5877 430 5639 431 5649 432 5620 433 5467 434 5347 435 5223 436 5322 437 5136 438 5136 439 5139 440 4991 441 5002 442 4944 443 4964 444 4973 445 4715 446 4800 447 4711 448 4566 449 4634 450 4459 451 4561 452 4361 453 4410 454 4387 455 4301 456 4363 457 4259 458 4271 459 4287 460 4130 461 4086 462 4013 463 4033 464 3987 465 3869 466 3954 467 3863 468 3962 469 3891 470 3846 471 3841 472 3677 473 3763 474 3669 475 3617 476 3610 477 3663 478 3527 479 3429 480 3392 481 3511 482 3430 483 3479 484 3359 485 3318 486 3207 487 3404 488 3324 489 3244 490 3303 491 3203 492 3176 493 3151 494 3239 495 3188 496 3091 497 3032 498 3111 499 2869 500 3035 501 3013 502 2990 503 2983 504 2930 505 3006 506 2916 507 2923 508 2864 509 2872 510 2928 511 2743 512 2717 513 2723 514 2777 515 2750 516 2697 517 2669 518 2699 519 2653 520 2647 521 2693 522 2577 523 2541 524 2569 525 2568 526 2552 527 2520 528 2529 529 2445 530 2534 531 2413 532 2393 533 2360 534 2357 535 2294 536 2285 537 2333 538 2243 539 2284 540 2228 541 2190 542 2191 543 2174 544 2141 545 2163 546 2079 547 2105 548 2112 549 2058 550 2076 551 2010 552 2062 553 2052 554 2002 555 2035 556 1996 557 1977 558 1892 559 1999 560 1918 561 1899 562 1864 563 1874 564 1874 565 1927 566 1792 567 1783 568 1824 569 1725 570 1752 571 1752 572 1781 573 1738 574 1719 575 1660 576 1640 577 1674 578 1612 579 1682 580 1560 581 1564 582 1536 583 1551 584 1540 585 1547 586 1528 587 1509 588 1523 589 1492 590 1444 591 1405 592 1437 593 1383 594 1358 595 1359 596 1332 597 1286 598 1359 599 1299 600 1302 601 1346 602 1249 603 1229 604 1226 605 1273 606 1244 607 1171 608 1204 609 1183 610 1129 611 1122 612 1156 613 1092 614 1087 615 1127 616 1041 617 1109 618 1053 619 1099 620 1016 621 1092 622 1004 623 1027 624 977 625 1012 626 935 627 958 628 914 629 985 630 917 631 930 632 856 633 881 634 844 635 880 636 794 637 839 638 847 639 812 640 814 641 806 642 783 643 797 644 781 645 720 646 718 647 761 648 739 649 689 650 701 651 736 652 715 653 724 654 699