## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-GSM4728063.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/final_bam/GRCh38.p13-GSM4728063.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/qc/InsertSizeMetrics/GRCh38.p13-GSM4728063.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Wed Feb 17 11:58:26 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 186 160 45 2 216633638 206.064685 89.60781 20412203 FR 17 35 53 71 91 113 143 185 291 429 833 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 18 3 24 4 19 5 12 6 17 7 15 8 21 9 24 10 19 11 20 12 27 13 21 14 27 15 20 16 23 17 21 18 32 19 37852 20 10774 21 3062 22 1433 23 680 24 333 25 251 26 206 27 143 28 156 29 172 30 176 31 187 32 229 33 245 34 265 35 317 36 377 37 417 38 481 39 567 40 679 41 735 42 837 43 1014 44 1078 45 1247 46 1378 47 1574 48 1656 49 1866 50 2126 51 2281 52 2609 53 2862 54 3081 55 3347 56 3533 57 3999 58 4314 59 4626 60 4965 61 5334 62 5873 63 6304 64 6653 65 7168 66 7558 67 8295 68 8864 69 9255 70 10046 71 10552 72 11236 73 12137 74 12720 75 13354 76 14234 77 15107 78 15689 79 16713 80 17353 81 18282 82 19112 83 20464 84 21092 85 22177 86 23470 87 24394 88 25656 89 26977 90 27901 91 29263 92 30944 93 32289 94 33602 95 35078 96 36498 97 38023 98 39812 99 41335 100 42933 101 44681 102 46137 103 47987 104 49912 105 51920 106 53392 107 55597 108 57323 109 59135 110 61488 111 63195 112 65053 113 67123 114 68532 115 71582 116 73742 117 76097 118 78703 119 80896 120 83247 121 84904 122 87374 123 89516 124 91721 125 94005 126 95417 127 98004 128 99325 129 102120 130 103217 131 105218 132 107559 133 108559 134 110581 135 112166 136 113325 137 114496 138 116940 139 118813 140 120541 141 121109 142 123115 143 123937 144 125356 145 126451 146 127923 147 128130 148 129533 149 131135 150 131764 151 132882 152 132950 153 132662 154 133424 155 133611 156 134088 157 134751 158 135272 159 135572 160 136425 161 134910 162 135917 163 135652 164 134439 165 134258 166 135012 167 134381 168 133866 169 133475 170 133121 171 132775 172 132050 173 131355 174 131077 175 129678 176 129297 177 128415 178 128120 179 127150 180 126964 181 125653 182 125322 183 123150 184 123048 185 121234 186 120281 187 119749 188 119274 189 117643 190 116750 191 115671 192 114985 193 113894 194 112284 195 111402 196 109613 197 108986 198 108019 199 106468 200 105627 201 105128 202 103504 203 102320 204 101667 205 99946 206 98612 207 97665 208 96214 209 95145 210 93903 211 93596 212 91594 213 90667 214 89637 215 89120 216 87616 217 86672 218 85388 219 84254 220 83329 221 82133 222 80931 223 80038 224 78759 225 77598 226 76945 227 75583 228 74632 229 73801 230 72710 231 71448 232 70738 233 69839 234 69009 235 68112 236 67039 237 66007 238 65622 239 64868 240 63378 241 62610 242 62140 243 60704 244 60696 245 59274 246 58184 247 57766 248 56853 249 56085 250 55465 251 54197 252 53811 253 53207 254 52249 255 51610 256 50733 257 49960 258 49638 259 48688 260 48128 261 47812 262 46791 263 46047 264 45412 265 44945 266 44064 267 44106 268 43142 269 42805 270 41961 271 41474 272 41116 273 39751 274 39646 275 39347 276 38779 277 38150 278 37863 279 36991 280 36544 281 36100 282 35554 283 35441 284 34966 285 34177 286 34034 287 33705 288 32938 289 32781 290 32426 291 32129 292 31467 293 31003 294 30536 295 30250 296 29561 297 29453 298 28837 299 28632 300 28394 301 28215 302 27497 303 27318 304 26917 305 26679 306 26217 307 25990 308 25800 309 25242 310 25061 311 24652 312 24365 313 24091 314 23712 315 23410 316 23259 317 23376 318 22690 319 22507 320 22278 321 22053 322 21534 323 21461 324 21266 325 20882 326 20552 327 20482 328 20307 329 19992 330 19501 331 19799 332 19319 333 19156 334 18912 335 18863 336 18711 337 18100 338 18399 339 17971 340 17952 341 17555 342 17698 343 16865 344 16992 345 16798 346 16759 347 16445 348 16131 349 16022 350 16070 351 15604 352 15309 353 15493 354 15157 355 14883 356 14892 357 14914 358 14807 359 14513 360 14359 361 13872 362 13829 363 14005 364 13849 365 13471 366 13451 367 13380 368 13096 369 12962 370 12772 371 12749 372 12650 373 12512 374 12231 375 12262 376 12092 377 12070 378 11798 379 11603 380 11610 381 11631 382 11337 383 11214 384 11139 385 10789 386 10766 387 10685 388 10772 389 10555 390 10221 391 10202 392 10415 393 9960 394 10090 395 9750 396 9868 397 9458 398 9524 399 9288 400 9412 401 9256 402 9223 403 9037 404 8854 405 8777 406 8812 407 8450 408 8568 409 8457 410 8377 411 8357 412 8215 413 7980 414 7999 415 7951 416 7803 417 7663 418 7737 419 7545 420 7424 421 7404 422 7140 423 7214 424 7196 425 7089 426 6972 427 6748 428 6779 429 6656 430 6460 431 6477 432 6348 433 6357 434 6219 435 6246 436 6188 437 6139 438 6034 439 6026 440 6097 441 5814 442 5792 443 5745 444 5704 445 5607 446 5700 447 5500 448 5411 449 5346 450 5205 451 5216 452 5301 453 5157 454 5059 455 5007 456 4998 457 4969 458 4861 459 4998 460 4691 461 4726 462 4715 463 4648 464 4511 465 4424 466 4501 467 4526 468 4417 469 4479 470 4335 471 4291 472 4215 473 4202 474 4106 475 4161 476 4082 477 3966 478 3965 479 3900 480 3944 481 3898 482 4025 483 3768 484 3907 485 3753 486 3745 487 3657 488 3707 489 3675 490 3644 491 3600 492 3604 493 3616 494 3531 495 3587 496 3555 497 3510 498 3416 499 3439 500 3455 501 3407 502 3282 503 3336 504 3214 505 3264 506 3270 507 3215 508 3096 509 3191 510 3115 511 3164 512 3116 513 3066 514 3201 515 3039 516 2936 517 3016 518 2995 519 2966 520 2913 521 2996 522 2932 523 2884 524 2932 525 2876 526 2765 527 2838 528 2867 529 2853 530 2714 531 2808 532 2734 533 2784 534 2652 535 2773 536 2666 537 2653 538 2591 539 2494 540 2670 541 2490 542 2499 543 2582 544 2460 545 2545 546 2491 547 2466 548 2426 549 2449 550 2492 551 2399 552 2441 553 2495 554 2404 555 2390 556 2380 557 2291 558 2299 559 2405 560 2346 561 2354 562 2390 563 2260 564 2235 565 2240 566 2223 567 2083 568 2171 569 2218 570 2190 571 2164 572 2142 573 2166 574 2103 575 2043 576 2170 577 2002 578 2070 579 2078 580 1982 581 1993 582 2021 583 1987 584 1933 585 1950 586 1853 587 1961 588 1871 589 1845 590 1852 591 1845 592 1782 593 1836 594 1884 595 1750 596 1783 597 1813 598 1653 599 1780 600 1778 601 1673 602 1764 603 1699 604 1663 605 1625 606 1809 607 1628 608 1661 609 1556 610 1654 611 1561 612 1689 613 1539 614 1487 615 1594 616 1527 617 1490 618 1479 619 1471 620 1496 621 1480 622 1434 623 1372 624 1444 625 1363 626 1413 627 1381 628 1341 629 1370 630 1369 631 1302 632 1336 633 1357 634 1279 635 1324 636 1253