## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728064.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/final_bam/hg38-GSM4728064.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728064.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Feb 19 10:30:27 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 174 149 48 2 231617636 196.386209 96.501103 16103761 FR 19 37 55 75 97 121 153 197 311 453 785 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 17 3 7 4 9 5 15 6 16 7 17 8 13 9 9 10 10 11 16 12 21 13 18 14 20 15 11 16 13 17 21 18 40 19 61866 20 17485 21 4998 22 2226 23 991 24 407 25 345 26 255 27 210 28 193 29 235 30 253 31 329 32 358 33 426 34 562 35 615 36 749 37 799 38 1031 39 1206 40 1374 41 1658 42 1931 43 2039 44 2350 45 2689 46 3137 47 3321 48 3788 49 4321 50 4815 51 5318 52 5754 53 6208 54 6798 55 7474 56 7977 57 8906 58 9375 59 10208 60 10986 61 11901 62 12751 63 13484 64 14597 65 15276 66 16237 67 17088 68 17987 69 19360 70 20451 71 21364 72 22563 73 24017 74 24585 75 26129 76 27167 77 27896 78 29139 79 30469 80 31328 81 32687 82 33878 83 35158 84 36400 85 37824 86 38521 87 39795 88 41513 89 42708 90 43865 91 45392 92 46647 93 48105 94 49197 95 51026 96 51641 97 53362 98 54590 99 55816 100 57489 101 58681 102 59800 103 61334 104 62922 105 63982 106 64708 107 65835 108 66860 109 68268 110 69545 111 71103 112 72611 113 73548 114 74980 115 76470 116 77463 117 78529 118 79956 119 81613 120 82802 121 84282 122 85387 123 86536 124 87776 125 89012 126 89344 127 89894 128 91120 129 91862 130 92504 131 92741 132 94427 133 94503 134 95148 135 95857 136 96124 137 96691 138 97599 139 97922 140 98207 141 99052 142 99368 143 99747 144 100089 145 100111 146 100518 147 100765 148 100961 149 101098 150 100542 151 100933 152 100634 153 100588 154 100739 155 100219 156 100026 157 99916 158 99986 159 99369 160 98874 161 98839 162 98202 163 97537 164 96367 165 96727 166 95615 167 95336 168 94564 169 93609 170 93297 171 92838 172 91781 173 91194 174 90076 175 89473 176 88637 177 88051 178 87121 179 86424 180 85376 181 84596 182 84099 183 83485 184 82091 185 81728 186 80918 187 79939 188 78823 189 78402 190 77199 191 76618 192 75792 193 75141 194 73897 195 73763 196 72075 197 71282 198 70693 199 69906 200 69076 201 68029 202 67530 203 66234 204 66017 205 64441 206 64130 207 63008 208 62257 209 61503 210 60743 211 60039 212 59011 213 58123 214 57294 215 56750 216 55904 217 55732 218 54699 219 54049 220 53801 221 52757 222 51712 223 50758 224 50117 225 49680 226 49425 227 48291 228 47416 229 47583 230 46561 231 46064 232 45831 233 44391 234 44157 235 43149 236 42768 237 42400 238 41438 239 41135 240 40502 241 40282 242 39710 243 38936 244 38752 245 38066 246 37409 247 36937 248 36219 249 36199 250 35812 251 35027 252 34640 253 34087 254 33762 255 33175 256 32774 257 32424 258 32204 259 31598 260 31689 261 30806 262 30605 263 30101 264 29891 265 29556 266 28859 267 28779 268 27983 269 27993 270 27562 271 27455 272 27110 273 26517 274 26098 275 25850 276 25526 277 25520 278 25165 279 25218 280 24611 281 24456 282 24174 283 23933 284 23485 285 23500 286 23007 287 22970 288 22598 289 21942 290 22004 291 21646 292 21451 293 21134 294 21072 295 21005 296 20725 297 20206 298 20099 299 19900 300 20002 301 19601 302 19224 303 19298 304 19052 305 18763 306 18718 307 18307 308 18386 309 18172 310 18069 311 17768 312 17679 313 17426 314 17336 315 17027 316 16962 317 16921 318 16728 319 16153 320 16288 321 16256 322 16213 323 15833 324 15815 325 15557 326 15573 327 15365 328 15215 329 15062 330 14942 331 14850 332 14786 333 14453 334 14439 335 14241 336 14106 337 13977 338 14109 339 13995 340 13738 341 13496 342 13426 343 13106 344 13330 345 13077 346 12854 347 13010 348 12837 349 12637 350 12592 351 12360 352 12477 353 12524 354 12262 355 11959 356 11883 357 11826 358 11745 359 11582 360 11652 361 11624 362 11150 363 11114 364 11103 365 10701 366 10768 367 11075 368 10807 369 10549 370 10480 371 10592 372 10395 373 10159 374 10047 375 9980 376 9991 377 9967 378 9885 379 9725 380 9657 381 9522 382 9380 383 9451 384 9283 385 9152 386 8943 387 8886 388 8964 389 8727 390 8561 391 8600 392 8534 393 8323 394 8233 395 8343 396 8229 397 7945 398 8046 399 7771 400 7794 401 7774 402 7743 403 7461 404 7536 405 7294 406 7286 407 7126 408 7239 409 7012 410 6914 411 7063 412 6799 413 6654 414 6654 415 6732 416 6546 417 6413 418 6427 419 6231 420 6221 421 6321 422 6107 423 5947 424 6079 425 5961 426 5963 427 5802 428 5667 429 5875 430 5639 431 5647 432 5613 433 5457 434 5350 435 5221 436 5320 437 5140 438 5128 439 5130 440 4993 441 4996 442 4940 443 4954 444 4970 445 4716 446 4801 447 4708 448 4560 449 4618 450 4447 451 4560 452 4359 453 4408 454 4385 455 4301 456 4359 457 4258 458 4268 459 4280 460 4123 461 4086 462 4015 463 4030 464 3986 465 3862 466 3954 467 3861 468 3957 469 3891 470 3847 471 3837 472 3674 473 3758 474 3664 475 3614 476 3607 477 3663 478 3523 479 3426 480 3389 481 3509 482 3425 483 3476 484 3359 485 3315 486 3200 487 3406 488 3319 489 3237 490 3305 491 3199 492 3179 493 3149 494 3238 495 3189 496 3093 497 3032 498 3110 499 2865 500 3033 501 3011 502 2988 503 2982 504 2926 505 3004 506 2914 507 2919 508 2862 509 2868 510 2928 511 2739 512 2715 513 2723 514 2775 515 2746 516 2696 517 2670 518 2699 519 2649 520 2645 521 2686 522 2573 523 2540 524 2569 525 2568 526 2553 527 2515 528 2528 529 2439 530 2533 531 2408 532 2390 533 2361 534 2353 535 2292 536 2283 537 2332 538 2239 539 2284 540 2225 541 2187 542 2192 543 2170 544 2139 545 2161 546 2075 547 2106 548 2113 549 2055 550 2075 551 2005 552 2060 553 2051 554 2002 555 2035 556 1995 557 1973 558 1890 559 2001 560 1918 561 1896 562 1864 563 1872 564 1873 565 1926 566 1791 567 1784 568 1821 569 1723 570 1748 571 1752 572 1780 573 1736 574 1716 575 1657 576 1638 577 1673 578 1610 579 1680 580 1558 581 1562 582 1532 583 1550 584 1539 585 1545 586 1527 587 1504 588 1519 589 1492 590 1440 591 1406 592 1438 593 1383 594 1359 595 1355 596 1331 597 1284 598 1359 599 1299 600 1301 601 1344 602 1246 603 1229 604 1228 605 1270 606 1242 607 1170 608 1204 609 1182 610 1128 611 1123 612 1156 613 1092 614 1087 615 1125 616 1042 617 1108 618 1053 619 1099 620 1016 621 1092 622 1004 623 1023 624 976 625 1010 626 932 627 957 628 912 629 983 630 917 631 929 632 855 633 880 634 845 635 879 636 794 637 836 638 846 639 811 640 812 641 805 642 782 643 797 644 782 645 720 646 717 647 757 648 739 649 687 650 702 651 736 652 713 653 722 654 698