## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728063.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/final_bam/hg38-GSM4728063.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/zhou/jsmits/Ananse_test_data/H3K27ac/results/qc/InsertSizeMetrics/hg38-GSM4728063.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Feb 19 10:34:39 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 186 160 45 2 216633638 206.10543 89.620217 20369126 FR 17 35 53 71 91 113 143 185 291 429 833 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 2 17 3 24 4 17 5 12 6 15 7 13 8 21 9 23 10 18 11 20 12 27 13 18 14 27 15 20 16 21 17 20 18 29 19 37779 20 10743 21 3049 22 1421 23 675 24 334 25 252 26 205 27 140 28 157 29 173 30 172 31 186 32 227 33 241 34 262 35 314 36 374 37 409 38 476 39 565 40 676 41 730 42 831 43 1011 44 1073 45 1241 46 1369 47 1563 48 1647 49 1862 50 2116 51 2271 52 2599 53 2846 54 3066 55 3329 56 3527 57 3985 58 4297 59 4609 60 4947 61 5316 62 5856 63 6285 64 6614 65 7139 66 7530 67 8263 68 8838 69 9224 70 10006 71 10532 72 11192 73 12094 74 12663 75 13303 76 14187 77 15071 78 15636 79 16656 80 17293 81 18226 82 19064 83 20414 84 21039 85 22130 86 23402 87 24318 88 25575 89 26892 90 27809 91 29171 92 30844 93 32172 94 33472 95 34971 96 36403 97 37919 98 39689 99 41207 100 42813 101 44551 102 46019 103 47849 104 49760 105 51764 106 53244 107 55416 108 57182 109 58934 110 61328 111 62992 112 64850 113 66953 114 68315 115 71374 116 73509 117 75925 118 78458 119 80660 120 83036 121 84666 122 87181 123 89301 124 91464 125 93764 126 95146 127 97755 128 99070 129 101868 130 102948 131 104935 132 107253 133 108312 134 110285 135 111881 136 113029 137 114178 138 116633 139 118500 140 120234 141 120794 142 122806 143 123660 144 125027 145 126106 146 127586 147 127795 148 129219 149 130801 150 131455 151 132578 152 132618 153 132288 154 133064 155 133294 156 133767 157 134420 158 134937 159 135230 160 136140 161 134589 162 135567 163 135327 164 134137 165 133990 166 134715 167 134072 168 133528 169 133177 170 132826 171 132471 172 131796 173 131034 174 130804 175 129404 176 129010 177 128109 178 127849 179 126885 180 126695 181 125394 182 125031 183 122880 184 122839 185 120958 186 120021 187 119512 188 119007 189 117416 190 116511 191 115450 192 114752 193 113671 194 112060 195 111162 196 109363 197 108764 198 107827 199 106250 200 105397 201 104909 202 103303 203 102121 204 101430 205 99754 206 98410 207 97468 208 96010 209 94982 210 93729 211 93404 212 91396 213 90497 214 89494 215 88942 216 87471 217 86507 218 85230 219 84130 220 83163 221 82003 222 80788 223 79883 224 78626 225 77438 226 76825 227 75429 228 74479 229 73683 230 72568 231 71305 232 70622 233 69715 234 68884 235 68006 236 66912 237 65918 238 65494 239 64754 240 63252 241 62506 242 62027 243 60627 244 60580 245 59179 246 58124 247 57647 248 56751 249 55983 250 55361 251 54118 252 53721 253 53101 254 52142 255 51547 256 50672 257 49901 258 49569 259 48628 260 48058 261 47738 262 46727 263 45987 264 45344 265 44877 266 43987 267 44031 268 43088 269 42748 270 41899 271 41419 272 41069 273 39702 274 39611 275 39264 276 38728 277 38109 278 37804 279 36953 280 36495 281 36031 282 35496 283 35410 284 34903 285 34141 286 33980 287 33657 288 32896 289 32742 290 32395 291 32097 292 31436 293 30968 294 30485 295 30204 296 29543 297 29408 298 28803 299 28599 300 28353 301 28179 302 27474 303 27269 304 26871 305 26641 306 26199 307 25944 308 25768 309 25208 310 25014 311 24620 312 24332 313 24052 314 23668 315 23380 316 23221 317 23351 318 22660 319 22472 320 22231 321 22014 322 21506 323 21440 324 21239 325 20846 326 20525 327 20468 328 20291 329 19973 330 19462 331 19775 332 19285 333 19127 334 18888 335 18836 336 18675 337 18079 338 18391 339 17934 340 17928 341 17544 342 17657 343 16840 344 16970 345 16772 346 16740 347 16422 348 16118 349 16004 350 16052 351 15584 352 15290 353 15476 354 15143 355 14862 356 14882 357 14884 358 14792 359 14493 360 14342 361 13863 362 13806 363 13989 364 13832 365 13449 366 13442 367 13360 368 13077 369 12953 370 12761 371 12713 372 12640 373 12483 374 12224 375 12251 376 12068 377 12052 378 11785 379 11583 380 11599 381 11626 382 11323 383 11185 384 11118 385 10779 386 10744 387 10670 388 10761 389 10549 390 10213 391 10180 392 10397 393 9944 394 10088 395 9738 396 9860 397 9444 398 9507 399 9271 400 9413 401 9237 402 9212 403 9030 404 8841 405 8760 406 8801 407 8441 408 8553 409 8447 410 8365 411 8340 412 8205 413 7966 414 7980 415 7949 416 7788 417 7648 418 7721 419 7532 420 7413 421 7403 422 7138 423 7205 424 7188 425 7081 426 6968 427 6741 428 6768 429 6651 430 6456 431 6467 432 6336 433 6348 434 6210 435 6236 436 6181 437 6126 438 6023 439 6017 440 6095 441 5801 442 5780 443 5736 444 5696 445 5600 446 5693 447 5489 448 5396 449 5336 450 5199 451 5208 452 5306 453 5146 454 5051 455 4999 456 4990 457 4961 458 4846 459 4990 460 4687 461 4720 462 4712 463 4642 464 4507 465 4412 466 4493 467 4520 468 4405 469 4475 470 4327 471 4276 472 4207 473 4193 474 4101 475 4152 476 4073 477 3964 478 3946 479 3891 480 3939 481 3890 482 4011 483 3762 484 3900 485 3750 486 3739 487 3656 488 3704 489 3671 490 3636 491 3595 492 3603 493 3607 494 3528 495 3585 496 3546 497 3500 498 3406 499 3436 500 3446 501 3400 502 3274 503 3334 504 3214 505 3262 506 3262 507 3211 508 3097 509 3188 510 3112 511 3158 512 3110 513 3062 514 3192 515 3036 516 2933 517 3013 518 2992 519 2962 520 2904 521 2994 522 2923 523 2882 524 2926 525 2872 526 2765 527 2838 528 2866 529 2853 530 2715 531 2804 532 2731 533 2779 534 2646 535 2772 536 2663 537 2648 538 2587 539 2488 540 2668 541 2490 542 2496 543 2574 544 2457 545 2540 546 2488 547 2463 548 2421 549 2447 550 2488 551 2393 552 2443 553 2495 554 2398 555 2386 556 2376 557 2288 558 2296 559 2400 560 2346 561 2354 562 2391 563 2258 564 2230 565 2237 566 2223 567 2078 568 2173 569 2216 570 2187 571 2163 572 2139 573 2161 574 2103 575 2044 576 2168 577 2000 578 2067 579 2072 580 1979 581 1990 582 2021 583 1981 584 1927 585 1948 586 1850 587 1957 588 1868 589 1839 590 1849 591 1841 592 1778 593 1837 594 1884 595 1749 596 1780 597 1811 598 1651 599 1775 600 1773 601 1670 602 1759 603 1696 604 1660 605 1621 606 1807 607 1628 608 1660 609 1550 610 1653 611 1560 612 1689 613 1536 614 1486 615 1594 616 1524 617 1488 618 1477 619 1469 620 1494 621 1477 622 1431 623 1369 624 1442 625 1359 626 1411 627 1380 628 1339 629 1366 630 1368 631 1300 632 1334 633 1356 634 1276 635 1325 636 1253